seq1 = pF1KB5749.tfa, 2424 bp
seq2 = pF1KB5749/gi568815592r_52164591.tfa (gi568815592r:52164591_52384674), 220084 bp

>pF1KB5749 2424
>gi568815592r:52164591_52384674 (Chr6)

(complement)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-191  (101269-101381)   100% ->
192-400  (101814-102022)   100% ->
401-531  (102500-102630)   100% ->
532-770  (105076-105314)   100% ->
771-879  (105825-105933)   100% ->
880-1033  (106987-107140)   100% ->
1034-1165  (107477-107608)   100% ->
1166-1374  (108199-108407)   100% ->
1375-1549  (110759-110933)   100% ->
1550-1676  (111319-111445)   100% ->
1677-1827  (112224-112374)   100% ->
1828-1968  (115449-115589)   100% ->
1969-2072  (116707-116810)   100% ->
2073-2158  (117979-118064)   100% ->
2159-2228  (118531-118600)   100% ->
2229-2424  (119889-120084)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGTACCGTGGTGCTGGACGATGTGGAGCTGCGGGAGGCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGTACCGTGGTGCTGGACGATGTGGAGCTGCGGGAGGCTCAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATTACCTGGACTTCCTGGACGACGAG         GAAGACCAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 AGATTACCTGGACTTCCTGGACGACGAGGTG...CAGGAAGACCAGGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTATCAGAGCAAAGTTCGGGAGCTGATCAGTGACAACCAATACCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101282 TTTATCAGAGCAAAGTTCGGGAGCTGATCAGTGACAACCAATACCGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGTCAATGTGAATGACCTGCGCAGGAAAAACGAGAAGAGGGCTAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101332 ATTGTCAATGTGAATGACCTGCGCAGGAAAAACGAGAAGAGGGCTAACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          GCTTCTGAACAATGCCTTTGAGGAGCTGGTTGCCTTCCAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101382 GTG...CAGGCTTCTGAACAATGCCTTTGAGGAGCTGGTTGCCTTCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGCCTTAAAGGATTTTGTGGCCTCCATTGATGCTACCTATGCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101855 GGGCCTTAAAGGATTTTGTGGCCTCCATTGATGCTACCTATGCCAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGAGGAGTTCTACGTAGGACTGGAAGGCAGCTTTGGCTCCAAGCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101905 TATGAGGAGTTCTACGTAGGACTGGAAGGCAGCTTTGGCTCCAAGCACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCCCGCGGACTCTTACCTCCTGCTTCCTCAGCTGTGTGGTCTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101955 CTCCCCGCGGACTCTTACCTCCTGCTTCCTCAGCTGTGTGGTCTGTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGGCATTGTCACTAAAT         GTTCTCTAGTTCGTCCCAAAGTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102005 AGGGCATTGTCACTAAATGTA...TAGGTTCTCTAGTTCGTCCCAAAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCGCAGTGTCCACTACTGTCCTGCTACTAAGAAGACCATAGAGCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102523 GTCCGCAGTGTCCACTACTGTCCTGCTACTAAGAAGACCATAGAGCGACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTATTCTGATCTCACCACCCTGGTGGCCTTTCCCTCCAGCTCTGTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102573 TTATTCTGATCTCACCACCCTGGTGGCCTTTCCCTCCAGCTCTGTCTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTACCAAG         GATGAGGAGAACAATCCCCTTGAGACAGAATAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102623 CTACCAAGGTA...TAGGATGAGGAGAACAATCCCCTTGAGACAGAATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCCTTTCTGTCTACAAGGATCACCAGACCATCACCATCCAGGAGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105109 GGCCTTTCTGTCTACAAGGATCACCAGACCATCACCATCCAGGAGATGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGAAGGCCCCAGCCGGCCAGCTCCCCCGCTCTGTGGACGTCATTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105159 GGAGAAGGCCCCAGCCGGCCAGCTCCCCCGCTCTGTGGACGTCATTCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGATGACTTGGTGGATAAAGCGAAGCCTGGTGACCGGGTTCAGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105209 ATGATGACTTGGTGGATAAAGCGAAGCCTGGTGACCGGGTTCAGGTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAACCTACCGTTGCCTTCCTGGAAAGAAGGGAGGCTACACCTCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105259 GGAACCTACCGTTGCCTTCCTGGAAAGAAGGGAGGCTACACCTCTGGGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTCAG         GACTGTCCTGATTGCCTGTAATGTTAAGCAGATGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105309 CTTCAGGTA...CAGGACTGTCCTGATTGCCTGTAATGTTAAGCAGATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCAAGGATGCTCAGCCCTCTTTCTCTGCTGAGGATATAGCCAAGATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105860 GCAAGGATGCTCAGCCCTCTTTCTCTGCTGAGGATATAGCCAAGATCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGTTCAGTAAAACCCGATCCAAG         GATATCTTTGACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105910 AAGTTCAGTAAAACCCGATCCAAGGTC...TAGGATATCTTTGACCAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGCCAAGTCATTGGCCCCAAGTATCCATGGGCATGACTATGTCAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107004 GGCCAAGTCATTGGCCCCAAGTATCCATGGGCATGACTATGTCAAGAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAATCCTCTGCTTGCTCTTGGGAGGGGTGGAACGAGACCTAGAAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107054 CAATCCTCTGCTTGCTCTTGGGAGGGGTGGAACGAGACCTAGAAAATGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGCCACATCCGTGGGGACATCAATATTCTTCTAATAG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107104 AGCCACATCCGTGGGGACATCAATATTCTTCTAATAGGTA...CAGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCCATCCGTTGCCAAGTCTCAGCTTCTGCGGTATGTGCTTTGCACTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107481 CCCATCCGTTGCCAAGTCTCAGCTTCTGCGGTATGTGCTTTGCACTGCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCCGAGCTATCCCCACCACTGGCCGGGGCTCCTCTGGAGTGGGTCTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107531 CCCGAGCTATCCCCACCACTGGCCGGGGCTCCTCTGGAGTGGGTCTGACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCTGCTGTCACCACAGACCAGGAAACAG         GAGAGCGCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107581 GCTGCTGTCACCACAGACCAGGAAACAGGTA...CAGGAGAGCGCCGTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAAGCAGGGGCCATGGTCCTGGCTGACCGAGGCGTGGTTTGCATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108212 GGAAGCAGGGGCCATGGTCCTGGCTGACCGAGGCGTGGTTTGCATTGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AATTTGACAAAATGTCTGACATGGATCGCACAGCCATCCATGAAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108262 AATTTGACAAAATGTCTGACATGGATCGCACAGCCATCCATGAAGTGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GAGCAGGGTCGAGTGACCATTGCCAAGGCTGGCATCCATGCTCGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108312 GAGCAGGGTCGAGTGACCATTGCCAAGGCTGGCATCCATGCTCGGCTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGCCCGCTGCAGTGTTTTGGCAGCTGCCAACCCTGTCTACGGCAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108362 TGCCCGCTGCAGTGTTTTGGCAGCTGCCAACCCTGTCTACGGCAGGGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375      TATGACCAGTATAAGACTCCAATGGAGAACATTGGGCTACAGGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108412 ..CAGTATGACCAGTATAAGACTCCAATGGAGAACATTGGGCTACAGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCACTGCTGTCACGATTTGACTTGCTCTTCATCATGCTGGATCAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110804 TCACTGCTGTCACGATTTGACTTGCTCTTCATCATGCTGGATCAGATGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCCTGAGCAGGATCGGGAGATCTCAGACCATGTCCTTCGGATGCACCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110854 TCCTGAGCAGGATCGGGAGATCTCAGACCATGTCCTTCGGATGCACCGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACAGAGCACCTGGGGAGCAGGATGGCGATG         CTATGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110904 ACAGAGCACCTGGGGAGCAGGATGGCGATGGTG...CAGCTATGCCCTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GGTAGTGCTGTGGATATCCTGGCCACAGATGATCCCAACTTTAGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111330 GGTAGTGCTGTGGATATCCTGGCCACAGATGATCCCAACTTTAGCCAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGATCAGCAGGACACCCAGATTTATGAGAAGCATGACAACCTTCTACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111380 AGATCAGCAGGACACCCAGATTTATGAGAAGCATGACAACCTTCTACATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GGACCAAGAAGAAAAA         GGAGAAGATGGTGAGTGCAGCATTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111430 GGACCAAGAAGAAAAAGTG...CAGGGAGAAGATGGTGAGTGCAGCATTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ATGAAGAAGTACATCCATGTGGCCAAAATCATCAAGCCTGTCCTGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112249 ATGAAGAAGTACATCCATGTGGCCAAAATCATCAAGCCTGTCCTGACACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGAGTCGGCCACCTACATTGCAGAAGAGTATTCACGCCTGCGCAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112299 GGAGTCGGCCACCTACATTGCAGAAGAGTATTCACGCCTGCGCAGCCAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ATAGCATGAGCTCAGACACCGCCAGG         ACATCTCCAGTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 112349 ATAGCATGAGCTCAGACACCGCCAGGGTG...TAGACATCTCCAGTTACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GCCCGAACACTGGAAACTCTGATTCGACTGGCCACAGCCCATGCGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115464 GCCCGAACACTGGAAACTCTGATTCGACTGGCCACAGCCCATGCGAAGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CCGCATGAGCAAGACTGTGGACCTGCAGGATGCAGAGGAAGCTGTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115514 CCGCATGAGCAAGACTGTGGACCTGCAGGATGCAGAGGAAGCTGTGGAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TGGTCCAGTATGCTTACTTTAAGAAG         GTTCTGGAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115564 TGGTCCAGTATGCTTACTTTAAGAAGGTG...TAGGTTCTGGAGAAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AAGAAACGTAAGAAGCGAAGTGAGGATGAATCAGAGACAGAAGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116722 AAGAAACGTAAGAAGCGAAGTGAGGATGAATCAGAGACAGAAGATGAAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GGAGAAAAGCCAAGAGGACCAGGAGCAGAAGAGGAAGAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 116772 GGAGAAAAGCCAAGAGGACCAGGAGCAGAAGAGGAAGAGGTA...TAGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 GGAAGACTCGCCAGCCAGATGCCAAAGATGGGGATTCATACGACCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117981 GGAAGACTCGCCAGCCAGATGCCAAAGATGGGGATTCATACGACCCCTAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GACTTCAGTGACACAGAGGAGGAAATGCCTCAAG         TACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118031 GACTTCAGTGACACAGAGGAGGAAATGCCTCAAGGTG...AAGTACACAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TCCAAAGACGGCAGACTCACAGGAGACCAAGGAATCCCAGAAAGTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118538 TCCAAAGACGGCAGACTCACAGGAGACCAAGGAATCCCAGAAAGTGGAGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 TGAGTGAATCCAG         GTTGAAGGCATTCAAGGTGGCCCTCTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 118588 TGAGTGAATCCAGGTG...CAGGTTGAAGGCATTCAAGGTGGCCCTCTTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GATGTGTTCCGGGAAGCTCATGCGCAGTCAATCGGCATGAATCGCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119917 GATGTGTTCCGGGAAGCTCATGCGCAGTCAATCGGCATGAATCGCCTCAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 AGAATCCATCAACCGGGACAGCGAAGAGCCCTTCTCTTCAGTTGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119967 AGAATCCATCAACCGGGACAGCGAAGAGCCCTTCTCTTCAGTTGAGATCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AGGCTGCTCTGAGCAAGATGCAGGATGACAATCAGGTCATGGTGTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120017 AGGCTGCTCTGAGCAAGATGCAGGATGACAATCAGGTCATGGTGTCTGAG

   2550     .    :    .
   2407 GGCATCATCTTCCTCATC
        ||||||||||||||||||
 120067 GGCATCATCTTCCTCATC