seq1 = pF1KB5747.tfa, 2421 bp
seq2 = pF1KB5747/gi568815597r_113714908.tfa (gi568815597r:113714908_113971623), 256716 bp

>pF1KB5747 2421
>gi568815597r:113714908_113971623 (Chr1)

(complement)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-196  (112164-112272)   100% ->
197-273  (112546-112622)   100% ->
274-369  (113051-113146)   100% ->
370-408  (113848-113886)   100% ->
409-480  (115005-115076)   100% ->
481-540  (115183-115242)   100% ->
541-683  (116575-116717)   100% ->
684-750  (117087-117153)   100% ->
751-828  (119520-119597)   100% ->
829-915  (122998-123084)   100% ->
916-992  (133004-133080)   100% ->
993-1810  (133217-134034)   100% ->
1811-1894  (136631-136714)   98% ->
1895-2025  (137185-137315)   99% ->
2026-2053  (138486-138513)   100% ->
2054-2134  (141595-141675)   100% ->
2135-2250  (141917-142032)   100% ->
2251-2281  (146452-146482)   100% ->
2282-2359  (151970-152047)   100% ->
2360-2421  (156655-156716)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCAAAGAGAAATTCTGCAGAAGTTCCTGGATGAGGCCCAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCAAAGAGAAATTCTGCAGAAGTTCCTGGATGAGGCCCAAAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAATTACTAAAGAGGAGTTTGCCAATGAATTTCTG         AAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GAAAATTACTAAAGAGGAGTTTGCCAATGAATTTCTGGTG...CAGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAAAGGCAATCTACCAAGTACAAGGCAGACAAAACCTATCCTACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112168 TGAAAAGGCAATCTACCAAGTACAAGGCAGACAAAACCTATCCTACAACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGCTGAGAAGCCCAAGAATATCAAGAAAAACAGATATAAGGATATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112218 GTGGCTGAGAAGCCCAAGAATATCAAGAAAAACAGATATAAGGATATTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCCT         ATGATTATAGCCGGGTAGAACTATCCCTGATAACCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112268 GCCCTGTA...TAGATGATTATAGCCGGGTAGAACTATCCCTGATAACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGATGAGGATTCCAGCTACATCAATGCCAACTTCATTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112582 CTGATGAGGATTCCAGCTACATCAATGCCAACTTCATTAAGGTA...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGAGTTTATGGACCCAAGGCTTATATTGCCACCCAGGGTCCTTTATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113051 GGAGTTTATGGACCCAAGGCTTATATTGCCACCCAGGGTCCTTTATCTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AACCCTCCTGGACTTCTGGAGGATGATTTGGGAATATAGTGTCCTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 113101 AACCCTCCTGGACTTCTGGAGGATGATTTGGGAATATAGTGTCCTTGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370      ATCATTGTTATGGCATGCATGGAGTATGAAATGGGAAAG      
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113151 ..CAGATCATTGTTATGGCATGCATGGAGTATGAAATGGGAAAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409    AAAAAGTGTGAGCGCTACTGGGCTGAGCCAGGAGAGATGCAGCTGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115002 CAGAAAAAGTGTGAGCGCTACTGGGCTGAGCCAGGAGAGATGCAGCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTTGGCCCTTTCTCTGTATCCTGT         GAAGCTGAAAAAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115052 ATTTGGCCCTTTCTCTGTATCCTGTGTA...TAGGAAGCTGAAAAAAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AATCTGATTATATAATCAGGACTCTAAAAGTTAAGTTCAATAGT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115199 AATCTGATTATATAATCAGGACTCTAAAAGTTAAGTTCAATAGTGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    541    GAAACTCGAACTATCTACCAGTTTCATTACAAGAATTGGCCAGACCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116572 TAGGAAACTCGAACTATCTACCAGTTTCATTACAAGAATTGGCCAGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGATGTACCTTCATCTATAGACCCTATTCTTGAGCTCATCTGGGATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116622 TGATGTACCTTCATCTATAGACCCTATTCTTGAGCTCATCTGGGATGTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTTGTTACCAAGAGGATGACAGTGTTCCCATATGCATTCACTGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 116672 GTTGTTACCAAGAGGATGACAGTGTTCCCATATGCATTCACTGCAGGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    684      TGCTGGCTGTGGAAGGACTGGTGTTATTTGTGCTATTGATTATAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116722 ..CAGTGCTGGCTGTGGAAGGACTGGTGTTATTTGTGCTATTGATTATAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ATGGATGTTGCTAAAAGATGGG         ATAATTCCTGAGAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117132 ATGGATGTTGCTAAAAGATGGGGTG...TAGATAATTCCTGAGAACTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GTGTTTTCAGTTTGATCCGGGAAATGCGGACACAGAGGCCTTCATTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119539 GTGTTTTCAGTTTGATCCGGGAAATGCGGACACAGAGGCCTTCATTAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CAAACGCAG         GAACAATATGAACTGGTCTACAATGCTGTATT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 119589 CAAACGCAGGTA...CAGGAACAATATGAACTGGTCTACAATGCTGTATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AGAACTATTTAAGAGACAGATGGATGTTATCAGAGATAAACATTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123030 AGAACTATTTAAGAGACAGATGGATGTTATCAGAGATAAACATTCTGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CAGAG         AGTCAAGCAAAGCATTGTATTCCTGAGAAAAATCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123080 CAGAGGTA...AAGAGTCAAGCAAAGCATTGTATTCCTGAGAAAAATCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 ACTCTCCAAGCAGACTCTTATTCTCCTAATTTACCAAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 133040 ACTCTCCAAGCAGACTCTTATTCTCCTAATTTACCAAAAAGGTG...TAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TACCACAAAAGCAGCAAAAATGATGAACCAACAAAGGACAAAAATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133217 TACCACAAAAGCAGCAAAAATGATGAACCAACAAAGGACAAAAATGGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TCAAAGAATCTTCTTCCTTTGACTTTAGGACTTCTGAAATAAGTGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133267 TCAAAGAATCTTCTTCCTTTGACTTTAGGACTTCTGAAATAAGTGCAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GAAGAGCTAGTTTTGCACCCTGCTAAATCAAGCACTTCTTTTGACTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133317 GAAGAGCTAGTTTTGCACCCTGCTAAATCAAGCACTTCTTTTGACTTTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GGAGCTAAATTACAGTTTTGACAAAAATGCTGACACAACCATGAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133367 GGAGCTAAATTACAGTTTTGACAAAAATGCTGACACAACCATGAAATGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGACAAAGGCATTTCCAATAGTTGGGGAGCCTCTTCAGAAGCATCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133417 AGACAAAGGCATTTCCAATAGTTGGGGAGCCTCTTCAGAAGCATCAAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TTGGATTTGGGCTCTCTTTTGTTTGAGGGATGTTCTAATTCTAAACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133467 TTGGATTTGGGCTCTCTTTTGTTTGAGGGATGTTCTAATTCTAAACCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AAATGCAGCAGGAAGATATTTTAATTCAAAGGTGCCAATAACACGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133517 AAATGCAGCAGGAAGATATTTTAATTCAAAGGTGCCAATAACACGGACCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AATCAACTCCTTTTGAATTGATACAGCAGAGAGAAACCAAGGAGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133567 AATCAACTCCTTTTGAATTGATACAGCAGAGAGAAACCAAGGAGGTGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AGCAAGGAAAACTTTTCTTATTTGGAATCTCAACCACATGATTCTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133617 AGCAAGGAAAACTTTTCTTATTTGGAATCTCAACCACATGATTCTTGTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGTAGAGATGCAGGCTCAAAAAGTAATGCATGTTTCTTCAGCAGAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133667 TGTAGAGATGCAGGCTCAAAAAGTAATGCATGTTTCTTCAGCAGAACTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATTATTCACTGCCATATGACTCTAAACACCAAATACGTAATGCCTCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133717 ATTATTCACTGCCATATGACTCTAAACACCAAATACGTAATGCCTCTAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTAAAGCACCATGACTCTAGTGCTCTTGGTGTATATTCTTACATACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133767 GTAAAGCACCATGACTCTAGTGCTCTTGGTGTATATTCTTACATACCTTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGTGGAAAATCCTTATTTTTCATCATGGCCTCCAAGTGGTACCAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133817 AGTGGAAAATCCTTATTTTTCATCATGGCCTCCAAGTGGTACCAGTTCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGATGTCTCTTGATTTACCTGAGAAGCAAGATGGAACTGTTTTTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133867 AGATGTCTCTTGATTTACCTGAGAAGCAAGATGGAACTGTTTTTCCTTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TCTCTGTTGCCAACATCCTCTACATCCCTCTTCTCTTATTACAATTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133917 TCTCTGTTGCCAACATCCTCTACATCCCTCTTCTCTTATTACAATTCACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TGATTCTTTATCACTGAATTCTCCAACCAATATTTCCTCACTATTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133967 TGATTCTTTATCACTGAATTCTCCAACCAATATTTCCTCACTATTGAACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AGGAGTCAGCTGTACTAG         CAACTGCTCCAAGGATAGATGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 134017 AGGAGTCAGCTGTACTAGGTA...TAGCAACTGCTCCAAGGATAGATGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GAAATCCCCCCTCCACTTCCTGTACGGACACCTGAATCATTTATTGTGGT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 136654 GAAATCCCCCCTCCACTTCCTGTATGGACACCTGAATCATTTATTGTGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TGAGGAAGCTG         GAGAATTCTCACCAAATGTTCCCAAATCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 136704 TGAGGAAGCTGGTG...CAGGAGAATTCTCACCAAATGTTCCCAAATCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TATCCTCAGCTGTGAAGGTAAAAATTGGAACATCACTGGAATGGGGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 137215 TATCCTCAGCTGTGAAGGTAAAAATTGGAACATCACTGGAATGGGGTGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ACATCTGAACCAAAGAAATTTGATGACTCTGTGATACTTAGACCAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137265 ACATCTGAACCAAAGAAATTTGATGACTCTGTGATACTTAGACCAAGCAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 G         AGTGTAAAACTCCGAAGTCCTAAATCAG         AAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 137315 GGTC...TAGAGTGTAAAACTCCGAAGTCCTAAATCAGGTA...CAGAAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TACATCAAGATCGTTCTTCTCCCCCACCTCCTCTCCCAGAAAGAACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141598 TACATCAAGATCGTTCTTCTCCCCCACCTCCTCTCCCAGAAAGAACTCTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GAGTCCTTCTTTCTTGCCGATGAAGATT         GTATGCAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 141648 GAGTCCTTCTTTCTTGCCGATGAAGATTGTA...AAGGTATGCAGGCCCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 ATCTATAGAAACATATTCTACTAGCTATCCTGACACCATGGAAAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141930 ATCTATAGAAACATATTCTACTAGCTATCCTGACACCATGGAAAATTCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 CATCTTCAAAACAGACACTGAAGACTCCTGGAAAAAGTTTCACAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141980 CATCTTCAAAACAGACACTGAAGACTCCTGGAAAAAGTTTCACAAGGAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 AAG         AGTTTGAAAATTTTGCGAAACATGAAAAAGA       
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 142030 AAGGTA...TAGAGTTTGAAAATTTTGCGAAACATGAAAAAGAGTA...T

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2282   GTATCTGTAATTCTTGCCCACCAAACAAGCCTGCAGAATCTGTTCAGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151968 AGGTATCTGTAATTCTTGCCCACCAAACAAGCCTGCAGAATCTGTTCAGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 CAAATAACTCCAGCTCATTTCTGAATTTTG         GTTTTGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 152018 CAAATAACTCCAGCTCATTTCTGAATTTTGGTA...CAGGTTTTGCAAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 CGTTTTTCAAAACCCAAAGGACCAAGGAATCCACCACCAACTTGGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156666 CGTTTTTCAAAACCCAAAGGACCAAGGAATCCACCACCAACTTGGAATAT

   2600 
   2421 T
        |
 156716 T