seq1 = pF1KB5739.tfa, 2367 bp
seq2 = pF1KB5739/gi568815578r_34903149.tfa (gi568815578r:34903149_35192781), 289633 bp

>pF1KB5739 2367
>gi568815578r:34903149_35192781 (Chr20)

(complement)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-297  (114608-114736)   100% ->
298-414  (123370-123486)   99% ->
415-472  (135211-135268)   100% ->
473-528  (137751-137806)   100% ->
529-657  (142788-142916)   100% ->
658-865  (148070-148277)   100% ->
866-1051  (157474-157659)   100% ->
1052-1194  (171450-171592)   100% ->
1195-1326  (176643-176774)   100% ->
1327-1385  (179716-179774)   100% ->
1386-1487  (182494-182595)   100% ->
1488-1571  (184035-184118)   100% ->
1572-1662  (185142-185232)   100% ->
1663-1803  (186207-186347)   100% ->
1804-1912  (186979-187087)   100% ->
1913-2025  (188212-188324)   100% ->
2026-2232  (189166-189372)   100% ->
2233-2367  (189499-189633)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGCCGGTAGCGGCTGGGTCTGGAGCCGGCCGAGGGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCGCCGGTAGCGGCTGGGTCTGGAGCCGGCCGAGGGAGACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCGGCAGCCACAGTGGCGGCTTGGGGCGGATGGGGCGGCCGGCCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCGGCAGCCACAGTGGCGGCTTGGGGCGGATGGGGCGGCCGGCCGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGTAACATTCTGCTGCAGCTGCGGCAGGGCCAGCTGACCGGCCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGTAACATTCTGCTGCAGCTGCGGCAGGGCCAGCTGACCGGCCGGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGTCCGGGCGGTGCAG         TTCACTGAGACTTTTTTGACGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGTCCGGGCGGTGCAGGTA...CAGTTCACTGAGACTTTTTTGACGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGGACAAACAATCCAAGTGGAGTGGAATTCCTCAGCTGCTCCTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114631 GAGGGACAAACAATCCAAGTGGAGTGGAATTCCTCAGCTGCTCCTCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCACACCACCAGCCACCTCCACAGTGACTTTGTTGAGTGTCAAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114681 TGCACACCACCAGCCACCTCCACAGTGACTTTGTTGAGTGTCAAAACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCAAG         GAAATTTCTCCTCTTCTCTCCATGGAGGCTATGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114731 CTCAAGGTA...TAGGAAATTTCTCCTCTTCTCTCCATGGAGGCTATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTTGTTACTGAAGAGAGGAAACTTACCCAAGAAACCACTTATCCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123405 ATTTGTTACTGAAGAGAGGAAACTTACCCAAGAAACCACTTATCCAAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTATATTTTTGACTTGTTTGGAGGTGTTGAT         CTTCTTGTA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 123455 CTTACATTTTTGACTTGTTTGGAGGTGTTGATGTA...TAGCTTCTTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAATTCTTATGAGGCCTACGATCTCTATCCGGGGACAGAAACTGAAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 135220 GAAATTCTTATGAGGCCTACGATCTCTATCCGGGGACAGAAACTGAAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         TAAGTGATGAAATGTCCAAGGACTGCTTGAGTATCCTGTATA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135270 TA...CAGTAAGTGATGAAATGTCCAAGGACTGCTTGAGTATCCTGTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATACCTGTGTCTGT         ACAGAGGGAGTTACAAAGCGTTTGGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 137793 ATACCTGTGTCTGTGTA...CAGACAGAGGGAGTTACAAAGCGTTTGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAAAGAATGACTTTGTGATCTTCCTGTTTACATTGATGACAAGTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142815 GAAAAGAATGACTTTGTGATCTTCCTGTTTACATTGATGACAAGTAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GACATTCTTACAAACAGCAACCCTCATTGAAGATATTTTGGGTGTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142865 GACATTCTTACAAACAGCAACCCTCATTGAAGATATTTTGGGTGTTAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AG         GAAATGATCCGACTAGATGAAGTCCCCAATCTGAGTTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142915 AGGTG...TAGGAAATGATCCGACTAGATGAAGTCCCCAATCTGAGTTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTAGTATCCAATTTCGATCAGCAGCAGCTCGCTAATTTCTGCCGGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148109 TTAGTATCCAATTTCGATCAGCAGCAGCTCGCTAATTTCTGCCGGATTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCTGTCACCATTTCAGAGATGGATACAGGGAATGATGACAAGCACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148159 GGCTGTCACCATTTCAGAGATGGATACAGGGAATGATGACAAGCACACGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCTTGCCAAAAATGCTCAACAGAAGAAGAGCTTGAGTTTGGGGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148209 TTCTTGCCAAAAATGCTCAACAGAAGAAGAGCTTGAGTTTGGGGCCTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCAGCTGAAATCAATCAAG         CGGCCCTTCTCAGCATTCCTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 148259 GCAGCTGAAATCAATCAAGGTA...CAGCGGCCCTTCTCAGCATTCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTTTGTTGAGCGGCTTTGCAAACTGGCGACTCGAAAGGTGTCAGAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157496 CTTTGTTGAGCGGCTTTGCAAACTGGCGACTCGAAAGGTGTCAGAGTCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CGGGCACAGCCAGCTTCCTTCAGGAGTTGGAAGAGTGGTACACATGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157546 CGGGCACAGCCAGCTTCCTTCAGGAGTTGGAAGAGTGGTACACATGGCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACAATGCTTTGGTGCTAGATGCCCTGATGCGAGTGGCCAATGAGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157596 GACAATGCTTTGGTGCTAGATGCCCTGATGCGAGTGGCCAATGAGGAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAGCACAATCAAG         GGGCTTCTGAGGAGAATGGCCTGCCTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 157646 AGAGCACAATCAAGGTA...CAGGGGCTTCTGAGGAGAATGGCCTGCCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACACGTCAGCCAGAACCCAGCTGCCCCAGTCAATGAAGATTATGCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171477 ACACGTCAGCCAGAACCCAGCTGCCCCAGTCAATGAAGATTATGCATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCATGTACAAACTGGAAGTGCTCTATGTCCTCTGCGTGCTGCTGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171527 ATCATGTACAAACTGGAAGTGCTCTATGTCCTCTGCGTGCTGCTGATGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCGTCAGCGAAACCAG         GTTCACAGAATGATTGCAGAGTTCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 171577 GCGTCAGCGAAACCAGGTG...CAGGTTCACAGAATGATTGCAGAGTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCTGATCCCTGGACTTAATAATTTGTTTGACAAACTGATTTGGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176668 AGCTGATCCCTGGACTTAATAATTTGTTTGACAAACTGATTTGGAGGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CATTCAGCATCTGCCCTTGTCCTCCATGGTCACAACCAGAACTGTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176718 CATTCAGCATCTGCCCTTGTCCTCCATGGTCACAACCAGAACTGTGACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TAGCCCG         GACATCACCTTGAAGATACAGTTTTTGAGGCTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176768 TAGCCCGGTA...CAGGACATCACCTTGAAGATACAGTTTTTGAGGCTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTCAGAGCTTCAGTGACCACCACGA         GAACAAGTACTTGTTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 179750 TTCAGAGCTTCAGTGACCACCACGAGTA...CAGGAACAAGTACTTGTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTCAACAACCAGGAGCTGAATGAACTCAGTGCCATCTCTCTCAAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182510 CTCAACAACCAGGAGCTGAATGAACTCAGTGCCATCTCTCTCAAGGCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CATCCCTGAGGTGGAAGCTGTCCTCAACACCGACAG         GAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 182560 CATCCCTGAGGTGGAAGCTGTCCTCAACACCGACAGGTG...CAGGAGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGGTGTGTGATGGGAAGAGGGGCTTATTAACTCGTCTGCTGCAGGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184040 TGGTGTGTGATGGGAAGAGGGGCTTATTAACTCGTCTGCTGCAGGTCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AAGAAGGAGCCAGCAGAGTCGTCTTTCAG         GTTTTGGCAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 184090 AAGAAGGAGCCAGCAGAGTCGTCTTTCAGGTG...CAGGTTTTGGCAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TCGGGCTGTGGAGAGTTTCCTCCGAGGGACCACCTCCTATGCAGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185154 TCGGGCTGTGGAGAGTTTCCTCCGAGGGACCACCTCCTATGCAGACCAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGTTCCTGCTGAAGCGAGGCCTCTTGGAG         CACATCCTTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 185204 TGTTCCTGCTGAAGCGAGGCCTCTTGGAGGTA...CAGCACATCCTTTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TGCATTGTGGACAGCGAGTGTAAGTCAAGGGATGTGCTCCAGAGTTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186219 TGCATTGTGGACAGCGAGTGTAAGTCAAGGGATGTGCTCCAGAGTTACTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGACCTCCTGGGGGAGCTGATGAAGTTCAACGTTGATGCATTCAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186269 TGACCTCCTGGGGGAGCTGATGAAGTTCAACGTTGATGCATTCAAGAGAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TCAATAAATATATCAACACCGATGCAAAG         TTCCAGGTATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 186319 TCAATAAATATATCAACACCGATGCAAAGGTA...TAGTTCCAGGTATTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CTGAAGCAGATCAACAGCTCCCTGGTGGACTCCAACATGCTGGTGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186991 CTGAAGCAGATCAACAGCTCCCTGGTGGACTCCAACATGCTGGTGCGCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TGTCACTCTGTCCCTGGACCGATTTGAAAACCAGGTGGATATGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 187041 TGTCACTCTGTCCCTGGACCGATTTGAAAACCAGGTGGATATGAAAGGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1913       TTGCCGAGGTACTGTCTGAATGCCGCCTGCTCGCCTACATATCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187091 ...CAGTTGCCGAGGTACTGTCTGAATGCCGCCTGCTCGCCTACATATCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CAGGTGCCCACGCAGATGTCCTTCCTCTTCCGCCTCATCAACATCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188256 CAGGTGCCCACGCAGATGTCCTTCCTCTTCCGCCTCATCAACATCATCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CGTGCAGACGCTGACCCAG         GAGAACGTCAGCTGCCTCAACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 188306 CGTGCAGACGCTGACCCAGGTG...CAGGAGAACGTCAGCTGCCTCAACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CCAGCCTGGTGATCCTGATGCTGGCCCGACGGAAAGAGCGGCTGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189188 CCAGCCTGGTGATCCTGATGCTGGCCCGACGGAAAGAGCGGCTGCCCCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 TACCTGCGGCTGCTGCAGCGGATGGAGCACAGCAAGAAGTACCCCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189238 TACCTGCGGCTGCTGCAGCGGATGGAGCACAGCAAGAAGTACCCCGGCTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CCTGCTCAACAACTTCCACAACCTGCTGCGCTTCTGGCAGCAGCACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189288 CCTGCTCAACAACTTCCACAACCTGCTGCGCTTCTGGCAGCAGCACTACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TGCACAAGGACAAGGACAGCACCTGCCTAGAGAAC         AGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 189338 TGCACAAGGACAAGGACAGCACCTGCCTAGAGAACGTG...CAGAGCTCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 TGCATCAGCTTCTCATACTGGAAGGAGACAGTGTCCATCCTGTTGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189505 TGCATCAGCTTCTCATACTGGAAGGAGACAGTGTCCATCCTGTTGAACCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 GGACCGGCAGTCACCCTCTGCTCTCGTTAGCTACATTGAGGAGCCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189555 GGACCGGCAGTCACCCTCTGCTCTCGTTAGCTACATTGAGGAGCCCTACA

   2500     .    :    .    :    .
   2339 TGGACATAGACAGGGACTTCACTGAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 189605 TGGACATAGACAGGGACTTCACTGAGGAG