seq1 = pF1KB5733.tfa, 2382 bp
seq2 = pF1KB5733/gi568815583f_90775741.tfa (gi568815583f:90775741_90981875), 206135 bp

>pF1KB5733 2382
>gi568815583f:90775741_90981875 (Chr15)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-276  (100515-100613)   100% ->
277-372  (100722-100817)   100% ->
373-501  (101156-101284)   100% ->
502-578  (101395-101471)   100% ->
579-667  (101787-101875)   100% ->
668-840  (102392-102564)   100% ->
841-1053  (103024-103236)   100% ->
1054-1154  (103704-103804)   100% ->
1155-1258  (103931-104034)   100% ->
1259-1376  (104127-104244)   100% ->
1377-1556  (104354-104533)   100% ->
1557-1681  (104951-105075)   100% ->
1682-1792  (105190-105300)   100% ->
1793-2382  (105546-106135)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGAGGCCCTGGTTGCTATGGGTGGTAGCAGCAACAGGAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGAGGCCCTGGTTGCTATGGGTGGTAGCAGCAACAGGAACCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCCTGCTAGCAGCTGATGCTCAGGGCCAGAAGGTCTTCACCAACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCCTGCTAGCAGCTGATGCTCAGGGCCAGAAGGTCTTCACCAACACGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCTGTGCGCATCCCTGGAGGCCCAGCGGTGGCCAACAGTGTGGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCTGTGCGCATCCCTGGAGGCCCAGCGGTGGCCAACAGTGTGGCACGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCATGGGTTCCTCAACCTGGGCCAG         ATCTTCGGGGACTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 AAGCATGGGTTCCTCAACCTGGGCCAGGTA...CAGATCTTCGGGGACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTACCACTTCTGGCATCGAGGAGTGACGAAGCGGTCCCTGTCGCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100529 TTACCACTTCTGGCATCGAGGAGTGACGAAGCGGTCCCTGTCGCCTCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCCGCGGCACAGCCGGCTGCAGAGGGAGCCTCAA         GTACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100579 GCCCGCGGCACAGCCGGCTGCAGAGGGAGCCTCAAGTG...CAGGTACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGCTGGAACAGCAGGTGGCAAAGCGACGGACTAAACGGGACGTGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100728 TGGCTGGAACAGCAGGTGGCAAAGCGACGGACTAAACGGGACGTGTACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGCCCACAGACCCCAAGTTTCCTCAGCAGTGGTACCTG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100778 GGAGCCCACAGACCCCAAGTTTCCTCAGCAGTGGTACCTGGTA...CAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGGTGTCACTCAGCGGGACCTGAATGTGAAGGCGGCCTGGGCGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101157 CTGGTGTCACTCAGCGGGACCTGAATGTGAAGGCGGCCTGGGCGCAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACACAGGGCACGGCATTGTGGTCTCCATTCTGGACGATGGCATCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101207 TACACAGGGCACGGCATTGTGGTCTCCATTCTGGACGATGGCATCGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAACCACCCGGACTTGGCAGGCAATTAT         GATCCTGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101257 GAACCACCCGGACTTGGCAGGCAATTATGTG...TAGGATCCTGGGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTTTTGATGTCAATGACCAGGACCCTGACCCCCAGCCTCGGTACACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101408 GTTTTGATGTCAATGACCAGGACCCTGACCCCCAGCCTCGGTACACACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGAATGACAACAG         GCACGGCACACGGTGTGCGGGGGAAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101458 ATGAATGACAACAGGTA...CAGGCACGGCACACGGTGTGCGGGGGAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGCTGCGGTGGCCAACAACGGTGTCTGTGGTGTAGGTGTGGCCTACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101814 GGCTGCGGTGGCCAACAACGGTGTCTGTGGTGTAGGTGTGGCCTACAACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCGCATTGGAG         GGGTGCGCATGCTGGATGGCGAGGTGACA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101864 CCCGCATTGGAGGTG...CAGGGGTGCGCATGCTGGATGGCGAGGTGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATGCAGTGGAGGCACGCTCGCTGGGCCTGAACCCCAACCACATCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102421 GATGCAGTGGAGGCACGCTCGCTGGGCCTGAACCCCAACCACATCCACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTACAGTGCCAGCTGGGGCCCCGAGGATGACGGCAAGACAGTGGATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102471 CTACAGTGCCAGCTGGGGCCCCGAGGATGACGGCAAGACAGTGGATGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGCCCGCCTCGCCGAGGAGGCCTTCTTCCGTGGGGTTAGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102521 CAGCCCGCCTCGCCGAGGAGGCCTTCTTCCGTGGGGTTAGCCAGGTG...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841    GGCCGAGGGGGGCTGGGCTCCATCTTTGTCTGGGCCTCGGGGAACGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103021 CAGGGCCGAGGGGGGCTGGGCTCCATCTTTGTCTGGGCCTCGGGGAACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGGCCGGGAACATGACAGCTGCAACTGCGACGGCTACACCAACAGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103071 GGGCCGGGAACATGACAGCTGCAACTGCGACGGCTACACCAACAGTATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACACGCTGTCCATCAGCAGCGCCACGCAGTTTGGCAACGTGCCGTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103121 ACACGCTGTCCATCAGCAGCGCCACGCAGTTTGGCAACGTGCCGTGGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCGAGGCCTGCTCGTCCACACTGGCCACGACCTACAGCAGTGGCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103171 AGCGAGGCCTGCTCGTCCACACTGGCCACGACCTACAGCAGTGGCAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAATGAGAAGCAGATC         GTGACGACTGACTTGCGGCAGAAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103221 GAATGAGAAGCAGATCGTG...CAGGTGACGACTGACTTGCGGCAGAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCACGGAGTCTCACACGGGCACCTCAGCCTCTGCCCCCTTAGCAGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103729 GCACGGAGTCTCACACGGGCACCTCAGCCTCTGCCCCCTTAGCAGCCGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCATTGCTCTCACCCTGGAGGCCAA         TAAGAACCTCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103779 ATCATTGCTCTCACCCTGGAGGCCAAGTA...CAGTAAGAACCTCACATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCGGGACATGCAACACCTGGTGGTACAGACCTCGAAGCCAGCCCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103946 GCGGGACATGCAACACCTGGTGGTACAGACCTCGAAGCCAGCCCACCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATGCCAACGACTGGGCCACCAATGGTGTGGGCCGGAAAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103996 ATGCCAACGACTGGGCCACCAATGGTGTGGGCCGGAAAGGTG...CAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGCCACTCATATGGCTACGGGCTTTTGGACGCAGGCGCCATGGTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104129 AGCCACTCATATGGCTACGGGCTTTTGGACGCAGGCGCCATGGTGGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGCCCAGAATTGGACCACAGTGGCCCCCCAGCGGAAGTGCATCATCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104179 GGCCCAGAATTGGACCACAGTGGCCCCCCAGCGGAAGTGCATCATCGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCCTCACCGAGCCCAA         AGACATCGGGAAACGGCTCGAGGTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104229 TCCTCACCGAGCCCAAGTG...CAGAGACATCGGGAAACGGCTCGAGGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CGGAAGACCGTGACCGCGTGCCTGGGCGAGCCCAACCACATCACTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104379 CGGAAGACCGTGACCGCGTGCCTGGGCGAGCCCAACCACATCACTCGGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGAGCACGCTCAGGCGCGGCTCACCCTGTCCTATAATCGCCGTGGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104429 GGAGCACGCTCAGGCGCGGCTCACCCTGTCCTATAATCGCCGTGGCGACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGGCCATCCACCTGGTCAGCCCCATGGGCACCCGCTCCACCCTGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104479 TGGCCATCCACCTGGTCAGCCCCATGGGCACCCGCTCCACCCTGCTGGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCCAG         GCCACATGACTACTCCGCAGATGGGTTTAATGACTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104529 GCCAGGTG...CAGGCCACATGACTACTCCGCAGATGGGTTTAATGACTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGCCTTCATGACAACTCATTCCTGGGATGAGGATCCCTCTGGCGAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104987 GGCCTTCATGACAACTCATTCCTGGGATGAGGATCCCTCTGGCGAGTGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCCTAGAGATTGAAAACACCAGCGAAGCCAACAACTATG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105037 TCCTAGAGATTGAAAACACCAGCGAAGCCAACAACTATGGTA...CAGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ACGCTGACCAAGTTCACCCTCGTACTCTATGGCACCGCCCCTGAGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105192 ACGCTGACCAAGTTCACCCTCGTACTCTATGGCACCGCCCCTGAGGGGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GCCCGTACCTCCAGAAAGCAGTGGCTGCAAGACCCTCACGTCCAGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105242 GCCCGTACCTCCAGAAAGCAGTGGCTGCAAGACCCTCACGTCCAGTCAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CCTGTGTGG         TGTGCGAGGAAGGCTTCTCCCTGCACCAGAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105292 CCTGTGTGGGTC...CAGTGTGCGAGGAAGGCTTCTCCCTGCACCAGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AGCTGTGTCCAGCACTGCCCTCCAGGCTTCGCCCCCCAAGTCCTCGATAC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 105578 AGCTGTGTCCAGCACTGCCCTCCAGGGTTCGCCCCCCAAGTCCTCGATAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GCACTATAGCACCGAGAATGACGTGGAGACCATCCGGGCCAGCGTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105628 GCACTATAGCACCGAGAATGACGTGGAGACCATCCGGGCCAGCGTCTGCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CCCCCTGCCACGCCTCATGTGCCACATGCCAGGGGCCGGCCCTGACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105678 CCCCCTGCCACGCCTCATGTGCCACATGCCAGGGGCCGGCCCTGACAGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 TGCCTCAGCTGCCCCAGCCACGCCTCCTTGGACCCTGTGGAGCAGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105728 TGCCTCAGCTGCCCCAGCCACGCCTCCTTGGACCCTGTGGAGCAGACTTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CTCCCGGCAAAGCCAGAGCAGCCGAGAGTCCCCGCCACAGCAGCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105778 CTCCCGGCAAAGCCAGAGCAGCCGAGAGTCCCCGCCACAGCAGCAGCCAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CTCGGCTGCCCCCGGAGGTGGAGGCGGGGCAACGGCTGCGGGCAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105828 CTCGGCTGCCCCCGGAGGTGGAGGCGGGGCAACGGCTGCGGGCAGGGCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CTGCCCTCACACCTGCCTGAGGTGGTGGCCGGCCTCAGCTGCGCCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105878 CTGCCCTCACACCTGCCTGAGGTGGTGGCCGGCCTCAGCTGCGCCTTCAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 CGTGCTGGTCTTCGTCACTGTCTTCCTGGTCCTGCAGCTGCGCTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105928 CGTGCTGGTCTTCGTCACTGTCTTCCTGGTCCTGCAGCTGCGCTCTGGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TTAGTTTTCGGGGGGTGAAGGTGTACACCATGGACCGTGGCCTCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105978 TTAGTTTTCGGGGGGTGAAGGTGTACACCATGGACCGTGGCCTCATCTCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 TACAAGGGGCTGCCCCCTGAAGCCTGGCAGGAGGAGTGCCCGTCTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106028 TACAAGGGGCTGCCCCCTGAAGCCTGGCAGGAGGAGTGCCCGTCTGACTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 AGAAGAGGACGAGGGCCGGGGCGAGAGGACCGCCTTTATCAAAGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106078 AGAAGAGGACGAGGGCCGGGGCGAGAGGACCGCCTTTATCAAAGACCAGA

   2500     .
   2375 GCGCCCTC
        ||||||||
 106128 GCGCCCTC