seq1 = pF1KB5711.tfa, 2355 bp
seq2 = pF1KB5711/gi568815580f_65662843.tfa (gi568815580f:65662843_65980891), 318049 bp

>pF1KB5711 2355
>gi568815580f:65662843_65980891 (Chr18)

1-210  (100001-100210)   100% ->
211-505  (146862-147156)   99% ->
506-625  (151643-151762)   100% ->
626-793  (159239-159406)   99% ->
794-981  (161802-161989)   100% ->
982-1235  (180970-181223)   100% ->
1236-1372  (194974-195110)   100% ->
1373-1494  (196083-196204)   100% ->
1495-1612  (196866-196983)   100% ->
1613-1864  (199824-200075)   99% ->
1865-2355  (217559-218049)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTGGGCAAAGTGGAGTTCTGCCATTTTCTGCAGCTAATAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTGGGCAAAGTGGAGTTCTGCCATTTTCTGCAGCTAATAGCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCCTGTGTTTTTCTGGGATGAGTCAAGCAGAACTCTCAAGGTCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCCTGTGTTTTTCTGGGATGAGTCAAGCAGAACTCTCAAGGTCCAGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAAGCCCTATTTCCAATCAGGGAGGTCCCGGACCAAGCGCAGCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAAGCCCTATTTCCAATCAGGGAGGTCCCGGACCAAGCGCAGCTGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGAATCAGTTCTTTGTGCTGGAGGAATACATGGGTTCAGACCCCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGAATCAGTTCTTTGTGCTGGAGGAATACATGGGTTCAGACCCCCTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTAGGAAAG         CTTCACTCTGATGTTGATAAAGGAGATGGTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTAGGAAAGGTA...CAGCTTCACTCTGATGTTGATAAAGGAGATGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATCAAATACATCTTGTCAGGCGAAGGGGCAAGTTCCATTTTCATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146893 CCATCAAATACATCTTGTCAGGCGAAGGGGCAAGTTCCATTTTCATTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGAGAACACTGGGGATATTCATGCCACCAAGAGACTGGATCGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146943 GATGAGAACACTGGGGATATTCATGCCACCAAGAGACTGGATCGTGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGGCCTACTACACGCTCCGAGCTCAAGCGCTGGATAGGCTCACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 146993 GCAGGCCTACTACACGCTCCGAGCTCAAGCGCTGGATAGGCTCACCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AACCCGTGGAGCCCGAGTCGGAGTTTGTCATCAAAATTCAGGATATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147043 AACCCGTGGAGCCCGAGTCGGAGTTTGTCATCAAAATTCAGGATATCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACAATGAACCCAAATTTTTGGATGGCCCATACACGGCAGGAGTTCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147093 GACAATGAACCCAAATTTTTGGATGGCCCATACACGGCAGGAGTTCCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AATGTCTCCCGTGG         GGACCTCAGTGGTACAAGTGACAGCGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 147143 AATGTCTCCCGTGGGTA...TAGGGACCTCAGTGGTACAAGTGACAGCGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGGATGCTGATGATCCTACATATGGCAACAGTGCCAGAGTGGTCTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151670 CGGATGCTGATGATCCTACATATGGCAACAGTGCCAGAGTGGTCTACAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATTCTGCAAGGACAGCCGTACTTCTCAGTGGAGCCAAAGACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 151720 ATTCTGCAAGGACAGCCGTACTTCTCAGTGGAGCCAAAGACAGGTA...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626   GAGTCATCAAGACTGCCCTTCCAAACATGGATAGAGAGGCTAAAGACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159237 AGGAGTCATCAAGACTGCCCTTCCAAACATGGATAGAGAGGCTAAAGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGTATTTGCTTGTTATTCAGGCAAAGGATATGGTTGGTCAAAATGGAGGA
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159287 AGTATTTGCTTGTCATTCAGGCAAAGGATATGGTTGGTCAAAATGGAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGTCAGGAACTACATCAGTCACTGTGACCCTAACTGATGTCAACGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159337 CTGTCAGGAACTACATCAGTCACTGTGACCCTAACTGATGTCAACGATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCCACCTCGCTTTCCTCGAA         GGTCTTATCAATATAACGTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 159387 TCCACCTCGCTTTCCTCGAAGTA...CAGGGTCTTATCAATATAACGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGAGTCATTACCTGTAGCCTCAGTTGTGGCCAGAATTAAAGCTGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161823 CAGAGTCATTACCTGTAGCCTCAGTTGTGGCCAGAATTAAAGCTGCTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCAGATATTGGAGCTAATGCTGAAATGGAGTACAAGATTGTGGATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161873 GCAGATATTGGAGCTAATGCTGAAATGGAGTACAAGATTGTGGATGGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGGTTTGGGCATTTTTAAGATTTCTGTTGACAAAGAAACCCAGGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161923 TGGTTTGGGCATTTTTAAGATTTCTGTTGACAAAGAAACCCAGGAAGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCATTACTATACAGAAG         GAGCTGGATTTTGAAGCCAAAACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 161973 TCATTACTATACAGAAGGTA...CAGGAGCTGGATTTTGAAGCCAAAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGTTACACGCTACGGATAGAAGCTGCAAATAAAGATGCCGACCCTCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180994 AGTTACACGCTACGGATAGAAGCTGCAAATAAAGATGCCGACCCTCGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCTGAGCTTGGGTCCGTTCAGTGACACGACAACTGTGAAGATAATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181044 TCTGAGCTTGGGTCCGTTCAGTGACACGACAACTGTGAAGATAATTGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AAGATGTAGATGAGCCCCCTGTGTTCTCTTCACCCTTGTACCCTATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181094 AAGATGTAGATGAGCCCCCTGTGTTCTCTTCACCCTTGTACCCTATGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GTGTCGGAAGCTACCCAGGTTGGGAATATCATTGGCACTGTAGCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181144 GTGTCGGAAGCTACCCAGGTTGGGAATATCATTGGCACTGTAGCAGCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGACCCAGATTCTTCCAATAGCCCTGTGAG         GTACTCAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 181194 TGACCCAGATTCTTCCAATAGCCCTGTGAGGTA...TAGGTACTCAATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACAGAAACACAGACTTGGAGAGATACTTCAATATTGATGCCAACAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194985 ACAGAAACACAGACTTGGAGAGATACTTCAATATTGATGCCAACAGTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GTCATCACAACTGCCAAGTCTTTGGATCGAGAGACAAATGCTATTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195035 GTCATCACAACTGCCAAGTCTTTGGATCGAGAGACAAATGCTATTCACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TATCACAGTCCTTGCAATGGAGAGCC         AGAATCCATCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 195085 TATCACAGTCCTTGCAATGGAGAGCCGTA...TAGAGAATCCATCTCAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TAGGAAGAGGCTATGTGGCCATCACTATACTTGACATCAATGATAACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196098 TAGGAAGAGGCTATGTGGCCATCACTATACTTGACATCAATGATAACGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CCTGAATTTGCCATGGACTATGAGACCACCGTCTGTGAAAATGCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196148 CCTGAATTTGCCATGGACTATGAGACCACCGTCTGTGAAAATGCCCAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GGGGCAG         GTTATCCAGAAAATCAGTGCTGTGGATAAAGATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196198 GGGGCAGGTA...TAGGTTATCCAGAAAATCAGTGCTGTGGATAAAGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGCCATCCAATGGACACCAGTTTTACTTCAGCTTAACAACGGATGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196900 AGCCATCCAATGGACACCAGTTTTACTTCAGCTTAACAACGGATGCAACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AATAACCACAACTTTTCATTGAAAGATAACAAAG         ACAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 196950 AATAACCACAACTTTTCATTGAAAGATAACAAAGGTA...TAGACAACAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AGCCTCAATACTGACCAGGAGAAACGGCTTCCGGAGACAGGAACAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199831 AGCCTCAATACTGACCAGGAGAAACGGCTTCCGGAGACAGGAACAATCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TTTACTATCTGCCAATTTTCATTGTGGACAGTGGATCTCCCTCACTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199881 TTTACTATCTGCCAATTTTCATTGTGGACAGTGGATCTCCCTCACTTAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AGCACCAGCACCCTCACCATCCGCGTGTGTGACTGTGATGCTGACGGCGT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199931 AGCACCAACACCCTCACCATCCGCGTGTGTGACTGTGATGCTGACGGCGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AGCCCAGACCTGCAATGCAGAGGCCTATGTCCTACCTGCTGGCCTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199981 AGCCCAGACCTGCAATGCAGAGGCCTATGTCCTACCTGCTGGCCTCAGTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CAGGAGCCCTGATAGCCATACTCGCCTGTGTCTTGACATTATTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 200031 CAGGAGCCCTGATAGCCATACTCGCCTGTGTCTTGACATTATTGGGTA..

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865     TGTTGATCCTCCTTATCGTCACTATGAGAAGACGGAAAAAAGAGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200081 .CAGTGTTGATCCTCCTTATCGTCACTATGAGAAGACGGAAAAAAGAGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CCTTATTTTTGACGAAGAAAGAGACATCAGAGAAAATATTGTGAGATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217605 CCTTATTTTTGACGAAGAAAGAGACATCAGAGAAAATATTGTGAGATACG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 ATGACGAGGGCGGGGGAGAGGAGGACACGGAAGCGTTTGACATGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217655 ATGACGAGGGCGGGGGAGAGGAGGACACGGAAGCGTTTGACATGGCTGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CTGAGAAACCTCAACGTCATCCGAGACACCAAGACCCGGAGGGATGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217705 CTGAGAAACCTCAACGTCATCCGAGACACCAAGACCCGGAGGGATGTGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 TCCAGAAATTCAATTCCTGAGTCGACCAGCTTTTAAAAGCATCCCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217755 TCCAGAAATTCAATTCCTGAGTCGACCAGCTTTTAAAAGCATCCCAGATA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 ATGTCATCTTTAGGGAATTTATTTGGGAAAGATTAAAAGAAGCCGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217805 ATGTCATCTTTAGGGAATTTATTTGGGAAAGATTAAAAGAAGCCGATGTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GATCCTGGTGCTCCTCCTTATGACTCCCTGCAGACATATGCTTTTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217855 GATCCTGGTGCTCCTCCTTATGACTCCCTGCAGACATATGCTTTTGAAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 AAATGGCTCAGTTGCTGAATCACTCAGCTCTTTAGATTCCATCAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217905 AAATGGCTCAGTTGCTGAATCACTCAGCTCTTTAGATTCCATCAGCTCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 ACTCTGATCAGAACTATGACTACCTAAGTGACTGGGGACCTCGCTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217955 ACTCTGATCAGAACTATGACTACCTAAGTGACTGGGGACCTCGCTTTAAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2311 CGACTCGCGGACATGTATGGGACTGGCCAAGAGAGTTTGTACTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218005 CGACTCGCGGACATGTATGGGACTGGCCAAGAGAGTTTGTACTCA