seq1 = pF1KB5700.tfa, 1278 bp
seq2 = pF1KB5700/gi568815596f_186386383.tfa (gi568815596f:186386383_186608730), 222348 bp

>pF1KB5700 1278
>gi568815596f:186386383_186608730 (Chr2)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-177  (108851-108952)   100% ->
178-289  (113800-113911)   100% ->
290-442  (114891-115043)   100% ->
443-534  (116114-116205)   100% ->
535-717  (117650-117832)   100% ->
718-864  (119069-119215)   100% ->
865-966  (119358-119459)   100% ->
967-1090  (120331-120454)   100% ->
1091-1278  (122161-122348)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCCCAAGAAACAGGCTCAGGCCGGGGGCAGCAAAAAGGCGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCCCAAGAAACAGGCTCAGGCCGGGGGCAGCAAAAAGGCGGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAAAAGAAGGAGAAGATTATCGAA         GACAAAACTTTCGGTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 AAAAAAGAAGGAGAAGATTATCGAAGTG...TAGGACAAAACTTTCGGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAGAATAAGAAAGGAGCAAAGCAACAGAAGTTTATCAAGGCTGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108867 TGAAGAATAAGAAAGGAGCAAAGCAACAGAAGTTTATCAAGGCTGTCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATCAAGTTAAATTTGGTCAACAAAATCCACGTCAG         GTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108917 CATCAAGTTAAATTTGGTCAACAAAATCCACGTCAGGTA...TAGGTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACAGAGTGAAGCTGAAAAGAAATTGAAGAAGGATGACAAGAAGAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113805 ACAGAGTGAAGCTGAAAAGAAATTGAAGAAGGATGACAAGAAGAAAGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAGGAGCTAAATGAGCTGTTCAAACCTGTAGTTGCTGCTCAAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113855 TGCAGGAGCTAAATGAGCTGTTCAAACCTGTAGTTGCTGCTCAAAAAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTAAAG         GTGCAGATCCCAAGTCTGTAGTATGTGCATTCTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113905 AGTAAAGGTA...TAGGTGCAGATCCCAAGTCTGTAGTATGTGCATTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGCAAGGACAGTGTACTAAAGGAGATAAGTGTAAGTTCTCCCATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114925 CAAGCAAGGACAGTGTACTAAAGGAGATAAGTGTAAGTTCTCCCATGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACTCTGGAGAGAAAATGTGAAAAGCGAAGTGTTTACATTGATGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114975 TGACTCTGGAGAGAAAATGTGAAAAGCGAAGTGTTTACATTGATGCAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGAAGAACTTGAAAAAG         ATACTATGGATAATTGGGATGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115025 GATGAAGAACTTGAAAAAGGTA...TAGATACTATGGATAATTGGGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAAAAGCTGGAAGAAGTAGTGAACAAGAAGCACGGTGAGGCGGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116136 GAAAAAGCTGGAAGAAGTAGTGAACAAGAAGCACGGTGAGGCGGAAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAAACCAAAAACTCAAATA         GTGTGCAAGCATTTCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 116186 AAAAACCAAAAACTCAAATAGTA...TAGGTGTGCAAGCATTTCCTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTATTGAAAACAACAAGTATGGCTGGTTTTGGGTATGCCCTGGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117671 GCTATTGAAAACAACAAGTATGGCTGGTTTTGGGTATGCCCTGGAGGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGATATTTGCATGTATCGTCATGCACTTCCTCCTGGATTTGTGTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117721 TGATATTTGCATGTATCGTCATGCACTTCCTCCTGGATTTGTGTTGAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGATAAAAAGAAAGAAGAGAAAGAAGATGAAATTTCATTAGAAGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117771 AAGATAAAAAGAAAGAAGAGAAAGAAGATGAAATTTCATTAGAAGATCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTGAGAGAGAG         CGTTCTGCCCTAGGTCCAAATGTTACCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 117821 ATTGAGAGAGAGGTA...CAGCGTTCTGCCCTAGGTCCAAATGTTACCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AATCACTCTAGAATCTTTTCTTGCCTGGAAGAAAAGGAAAAGACAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119098 AATCACTCTAGAATCTTTTCTTGCCTGGAAGAAAAGGAAAAGACAAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGATTGATAAACTTGAACAAGATATGGAAAGAAGGAAAGCTGACTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119148 AGATTGATAAACTTGAACAAGATATGGAAAGAAGGAAAGCTGACTTCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCAGGGAAAGCACTAGTG         ATCAGTGGTCGTGAAGTGTTTGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 119198 GCAGGGAAAGCACTAGTGGTA...TAGATCAGTGGTCGTGAAGTGTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ATTTCGTCCTGAACTGGTCAATGATGATGATGAGGAAGCAGATGATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119381 ATTTCGTCCTGAACTGGTCAATGATGATGATGAGGAAGCAGATGATACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCTACACCCAGGGAACAGGTGGTGATGAG         GTTGATGATTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119431 GCTACACCCAGGGAACAGGTGGTGATGAGGTA...AAGGTTGATGATTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGAGTGTAAATGACATAGATTTAAGCCTGTACATCCCAAGAGATGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120343 GTGAGTGTAAATGACATAGATTTAAGCCTGTACATCCCAAGAGATGTAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAAACAGGTATTACTGTAGCCAGTCTTGAAAGATTCAGCACATATACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120393 TGAAACAGGTATTACTGTAGCCAGTCTTGAAAGATTCAGCACATATACTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAGATAAAGATG         AAAACAAATTAAGTGAAGCTTCTGGAGGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120443 CAGATAAAGATGGTA...TAGAAAACAAATTAAGTGAAGCTTCTGGAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGGGCTGAAAATGGTGAAAGAAGTGACTTGGAAGAGGACAACGAGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122190 AGGGCTGAAAATGGTGAAAGAAGTGACTTGGAAGAGGACAACGAGAGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGGAACGGAAAATGGAGCCATTGATGCTGTTCCTGTTGATGAAAATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122240 GGGAACGGAAAATGGAGCCATTGATGCTGTTCCTGTTGATGAAAATCTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCACTGGAGAGGATTTGGATGAACTAGAAGAAGAATTAAATACACTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122290 TCACTGGAGAGGATTTGGATGAACTAGAAGAAGAATTAAATACACTTGAT

   1350     .
   1270 TTAGAAGAA
        |||||||||
 122340 TTAGAAGAA