seq1 = pF1KB5697.tfa, 1980 bp
seq2 = pF1KB5697/gi568815582f_55379480.tfa (gi568815582f:55379480_55605439), 225960 bp

>pF1KB5697 1980
>gi568815582f:55379480_55605439 (Chr16)

1-153  (100001-100153)   100% ->
154-380  (103430-103656)   100% ->
381-529  (104537-104685)   100% ->
530-658  (105820-105948)   100% ->
659-832  (106125-106298)   100% ->
833-1006  (109064-109237)   100% ->
1007-1180  (110172-110345)   99% ->
1181-1336  (112322-112477)   100% ->
1337-1472  (113679-113814)   100% ->
1473-1609  (117447-117583)   100% ->
1610-1769  (118810-118969)   100% ->
1770-1879  (123300-123409)   100% ->
1880-1980  (125860-125960)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGCTAATGGCCCGGGGCGCGCTCACGGGTCCCCTGAGGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCGCTAATGGCCCGGGGCGCGCTCACGGGTCCCCTGAGGGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTCTCCTGGGCTGCCTGCTGAGCCACGCCGCCGCCGCGCCGTCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTCTCCTGGGCTGCCTGCTGAGCCACGCCGCCGCCGCGCCGTCGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCAAGTTCCCCGGCGATGTCGCCCCCAAAACGGACAAAGAGTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATCAAGTTCCCCGGCGATGTCGCCCCCAAAACGGACAAAGAGTTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTG         CAATACCTGAACACCTTCTATGGCTGCCCCAAGGAGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGTG...CAGCAATACCTGAACACCTTCTATGGCTGCCCCAAGGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCAACCTGTTTGTGCTGAAGGACACACTAAAGAAGATGCAGAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103468 CTGCAACCTGTTTGTGCTGAAGGACACACTAAAGAAGATGCAGAAGTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGGACTGCCCCAGACAGGTGATCTTGACCAGAATACCATCGAGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103518 TTGGACTGCCCCAGACAGGTGATCTTGACCAGAATACCATCGAGACCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGAAGCCACGCTGCGGCAACCCAGATGTGGCCAACTACAACTTCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103568 CGGAAGCCACGCTGCGGCAACCCAGATGTGGCCAACTACAACTTCTTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCGCAAGCCCAAGTGGGACAAGAACCAGATCACATACAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103618 TCGCAAGCCCAAGTGGGACAAGAACCAGATCACATACAGGTG...CAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCATTGGCTACACACCTGATCTGGACCCAGAGACAGTGGATGATGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104539 TCATTGGCTACACACCTGATCTGGACCCAGAGACAGTGGATGATGCCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTCGTGCCTTCCAAGTCTGGAGCGATGTGACCCCACTGCGGTTTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104589 GCTCGTGCCTTCCAAGTCTGGAGCGATGTGACCCCACTGCGGTTTTCTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AATCCATGATGGAGAGGCAGACATCATGATCAACTTTGGCCGCTGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104639 AATCCATGATGGAGAGGCAGACATCATGATCAACTTTGGCCGCTGGGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530       AGCATGGCGATGGATACCCCTTTGACGGTAAGGACGGACTCCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104689 ...CAGAGCATGGCGATGGATACCCCTTTGACGGTAAGGACGGACTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTCATGCCTTCGCCCCAGGCACTGGTGTTGGGGGAGACTCCCATTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105864 GCTCATGCCTTCGCCCCAGGCACTGGTGTTGGGGGAGACTCCCATTTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGACGATGAGCTATGGACCTTGGGAGAAGGCCAAG         TGGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105914 TGACGATGAGCTATGGACCTTGGGAGAAGGCCAAGGTG...TAGTGGTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGTGAAGTATGGGAACGCCGATGGGGAGTACTGCAAGTTCCCCTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106131 GTGTGAAGTATGGGAACGCCGATGGGGAGTACTGCAAGTTCCCCTTCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCAATGGCAAGGAGTACAACAGCTGCACTGATACCGGCCGCAGCGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106181 TTCAATGGCAAGGAGTACAACAGCTGCACTGATACCGGCCGCAGCGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTCCTCTGGTGCTCCACCACCTACAACTTTGAGAAGGATGGCAAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106231 CTTCCTCTGGTGCTCCACCACCTACAACTTTGAGAAGGATGGCAAGTACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCTTCTGTCCCCATGAAG         CCCTGTTCACCATGGGCGGCAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106281 GCTTCTGTCCCCATGAAGGTG...TAGCCCTGTTCACCATGGGCGGCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCTGAAGGACAGCCCTGCAAGTTTCCATTCCGCTTCCAGGGCACATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109087 GCTGAAGGACAGCCCTGCAAGTTTCCATTCCGCTTCCAGGGCACATCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGACAGCTGCACCACTGAGGGCCGCACGGATGGCTACCGCTGGTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109137 TGACAGCTGCACCACTGAGGGCCGCACGGATGGCTACCGCTGGTGCGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCACTGAGGACTACGACCGCGACAAGAAGTATGGCTTCTGCCCTGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109187 CCACTGAGGACTACGACCGCGACAAGAAGTATGGCTTCTGCCCTGAGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 G         CCATGTCCACTGTTGGTGGGAACTCAGAAGGTGCCCCCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109237 GGTG...CAGCCATGTCCACTGTTGGTGGGAACTCAGAAGGTGCCCCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGTCTTCCCCTTCACTTTCCTGGGCAACAAATATGAGAGCTGCACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110212 TGTCTTCCCCTTCACTTTCCTGGGCAACAAATATGAGAGCTGCACCAGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCGGCCGCAGTGACGGAAAGATGTGGTGTGCGACCACAGCCAACTACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110262 CCGGCCGCAGTGACGGAAAGATGTGGTGTGCGACCACAGCCAACTACGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GACGACCGCAAGTGGGGCTTCTGCCCTGACCAAG         GGTACAG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110312 GATGACCGCAAGTGGGGCTTCTGCCCTGACCAAGGTA...CAGGGTACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCTGTTCCTCGTGGCAGCCCACGAGTTTGGCCACGCCATGGGGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112329 CCTGTTCCTCGTGGCAGCCCACGAGTTTGGCCACGCCATGGGGCTGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACTCCCAAGACCCTGGGGCCCTGATGGCACCCATTTACACCTACACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112379 ACTCCCAAGACCCTGGGGCCCTGATGGCACCCATTTACACCTACACCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AACTTCCGTCTGTCCCAGGATGACATCAAGGGCATTCAGGAGCTCTATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112429 AACTTCCGTCTGTCCCAGGATGACATCAAGGGCATTCAGGAGCTCTATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1337         GGGCCTCTCCTGACATTGACCTTGGCACCGGCCCCACCCCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112479 TA...CAGGGGCCTCTCCTGACATTGACCTTGGCACCGGCCCCACCCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CGCTGGGCCCTGTCACTCCTGAGATCTGCAAACAGGACATTGTATTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113721 CGCTGGGCCCTGTCACTCCTGAGATCTGCAAACAGGACATTGTATTTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGCATCGCTCAGATCCGTGGTGAGATCTTCTTCTTCAAGGACCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113771 GGCATCGCTCAGATCCGTGGTGAGATCTTCTTCTTCAAGGACCGGTG...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1473    GTTCATTTGGCGGACTGTGACGCCACGTGACAAGCCCATGGGGCCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117444 CAGGTTCATTTGGCGGACTGTGACGCCACGTGACAAGCCCATGGGGCCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGCTGGTGGCCACATTCTGGCCTGAGCTCCCGGAAAAGATTGATGCGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117494 TGCTGGTGGCCACATTCTGGCCTGAGCTCCCGGAAAAGATTGATGCGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TACGAGGCCCCACAGGAGGAGAAGGCTGTGTTCTTTGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117544 TACGAGGCCCCACAGGAGGAGAAGGCTGTGTTCTTTGCAGGTG...CAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GAATGAATACTGGATCTACTCAGCCAGCACCCTGGAGCGAGGGTACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118811 GAATGAATACTGGATCTACTCAGCCAGCACCCTGGAGCGAGGGTACCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGCCACTGACCAGCCTGGGACTGCCCCCTGATGTCCAGCGAGTGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118861 AGCCACTGACCAGCCTGGGACTGCCCCCTGATGTCCAGCGAGTGGATGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GCCTTTAACTGGAGCAAAAACAAGAAGACATACATCTTTGCTGGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118911 GCCTTTAACTGGAGCAAAAACAAGAAGACATACATCTTTGCTGGAGACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 ATTCTGGAG         ATACAATGAGGTGAAGAAGAAAATGGATCCTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 118961 ATTCTGGAGGTA...CAGATACAATGAGGTGAAGAAGAAAATGGATCCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GCTTCCCCAAGCTCATCGCAGATGCCTGGAATGCCATCCCCGATAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123332 GCTTCCCCAAGCTCATCGCAGATGCCTGGAATGCCATCCCCGATAACCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GATGCCGTCGTGGACCTGCAGGGCGGCG         GTCACAGCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 123382 GATGCCGTCGTGGACCTGCAGGGCGGCGGTG...CAGGTCACAGCTACTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CTTCAAGGGTGCCTATTACCTGAAGCTGGAGAACCAAAGTCTGAAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125873 CTTCAAGGGTGCCTATTACCTGAAGCTGGAGAACCAAAGTCTGAAGAGCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .
   1943 TGAAGTTTGGAAGCATCAAATCCGACTGGCTAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125923 TGAAGTTTGGAAGCATCAAATCCGACTGGCTAGGCTGC