seq1 = pF1KB5696.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KB5696/gi568815596r_126457433.tfa (gi568815596r:126457433_126658163), 200731 bp

>pF1KB5696 735
>gi568815596r:126457433_126658163 (Chr2)

(complement)

1-735  (99999-100731)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAAAAATGAGCTGGTTCAGAAGGCCAAACTGGCCGAGCAGGCTGA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 ACGGATAAAAATGAGCTGGTTCAGAAGGCCAAACTGGCCGAGCAGGCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGATATGATGACATGGCAGCCTGCATGAAGTCTGTAACTGAGCAAGGAG
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100049 GCAATATGATGACATGGCAGCCTGCATGAAGTCTGTAACTAAGCAAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAATTATCCAATGAGGAGAGGAATCTTCTCTCAGTTGCTTATAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 CTGAATTATCCAATGAGGAGAGGAATCTTCTCTCAGTTGCTTATAAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTGTAGGAGCCCGTAGGTCATCTTGGAGGGTCGTCTCAAGTATTGAACA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GTTGTAGGAGCCCGTAAGTCATCTTGGAGGGTCGTCTCAAGTATTGAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAAGACGGAAGGTGCTGAGAAAAAACAGCAGATGGCTCGAGAATACAGAG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100199 AAAAACGGAAGGTGCTGAGAAAAAACAGCAGATGGCTCGAGAACACAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAAAATTGAGACGGAGCTAAGAGATATCTGCAATGATGTACTGTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
 100249 AGAAAATTGAGACGGAGCTAAGAGATATCTGTAATGATGTATTGTCTCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGGAAAAGTTCTTGATCCCCAATGCTTCACAAGCAGAGAGCAAAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 TTGGAAAAGTTCTTGATCCCCAATGCTTCACAAGCAGAGAGCAAAGTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATTTGAAAATGAAAGGAGATTACTACCGTTACTTGGCTGAGGTTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |
 100349 CTATTTGAAAATGAAAGGAGATTACTACCGTTACTTGACTGAGGTTACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGGTGATGACAAGAAAGGGATTGTCGATCAGTCACAACAAGCATACCAA
        ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100399 CTGGTGATGACAAGATAGGGATTGTGGATCAGTCACAACAAGCATACCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAGCTTTTGAAATCAGCAAAAAGGAAATGCAACCAACACATCCTATCAG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
 100449 GAAGCTTTTGAAATCAGCAAAAAAGAAATGCAACCAACACATCCTGTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTGGGTCTGGCCCTTAACTTCTCTGTGTTCTATTATGAGATTCTGAACT
        | ||||||||||||||||||--||||||||||||||||||||||||||||
 100499 ATTGGGTCTGGCCCTTAACT  TCTGTGTTCTATTATGAGATTCTGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCCAGAGAAAGCCTGCTCTCTTGCAAAGACAGCTTTTGATGAAGCCATT
        |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
 100547 CCCCAGAGAAAGCCTGCTGTCTTGCAAAGACCGCTTTTGATGAAGCCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTGAACTTGATACATTAAGTGAAGAGTCATACAAAGACAGCACGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100597 GCTGAACTTGATACATTAAGTGAAGAGTCATACAAAGACAGCATGCTAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATGCAATTACTGAGAGACAACTTGACATTGTGGACATCGGATACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100647 AATGCAATTACTGAGAGACAACTTGACATTGTGGACATCGGATACCCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .
    701 GAGACGAAGCTGAAGCAGGAGAAGGAGGGGAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 GAGACGAAGCTGAAGCAGGAGAAGGAGGGGAAAAT