seq1 = pF1KB5696.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KB5696/gi568815588f_23036924.tfa (gi568815588f:23036924_23237658), 200735 bp

>pF1KB5696 735
>gi568815588f:23036924_23237658 (Chr10)

1-735  (100001-100735)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAAAAATGAGCTGGTTCAGAAGGCCAAACTGGCCGAGCAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATAAAAATGAGCTGGTTCAGAAGGCCAAACTGGCCGAGCAGGCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGATATGATGACATGGCAGCCTGCATGAAGTCTGTAACTGAGCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGATATGATGACATGGCAGCCTGCATGAAGTCTGTAACTGAGCAAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAATTATCCAATGAGGAGAGGAATCTTCTCTCAGTTGCTTATAAAAAT
        ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
 100101 CTGAATTATCCAATGAGGAAAGGAATCTCCTCTCAGTTGCTTATAAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTGTAGGAGCCCGTAGGTCATCTTGGAGGGTCGTCTCAAGTATTGAACA
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTTGTAGGAGCCCATAGGTCATCTTGGAGGGTCGTCTCAAGTATTGAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAAGACGGAAGGTGCTGAGAAAAAACAGCAGATGGCTCGAGAATACAGAG
        ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100201 AAAGACGGAGGGAGCTGAGAAAAAACAGCAGATGGCTCGCGAATACAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAAAATTGAGACGGAGCTAAGAGATATCTGCAATGATGTACTGTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAAAATTGAGACGGAGCTAAGAGATATCTGCAATGATGTACTGTCTCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGGAAAAGTTCTTGATCCCCAATGCTTCACAAGCAGAGAGCAAAGTCTT
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGGAAAAGTTCTTGATCCCCAGTGCTTCACAAGCAGAGAGCAAAGTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATTTGAAAATGAAAGGAGATTACTACCGTTACTTGGCTGAGGTTGCCG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATTTGAAAATGGAAGGAGATTACTACCGTTACTTGGCTGAGGTTGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGGTGATGACAAGAAAGGGATTGTCGATCAGTCACAACAAGCATACCAA
        |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
 100401 CTGGGGATGACAAGAAAGGGATTGTGGATCAGTCACAACAAGCGTACCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAGCTTTTGAAATCAGCAAAAAGGAAATGCAACCAACACATCCTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAAGCTTTTGAAATCAGCAAAAAGGAAATGCAACCAACACATCCTATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTGGGTCTGGCCCTTAACTTCTCTGTGTTCTATTATGAGATTCTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTGGGTCTGGCCCTTAACTTCTCTGTGTTCTATTATGAGATTCTGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCCAGAGAAAGCCTGCTCTCTTGCAAAGACAGCTTTTGATGAAGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCCCAGAGAAAGCCTGCTCTCTTGCAAAGACAGCTTTTGATGAAGCCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTGAACTTGATACATTAAGTGAAGAGTCATACAAAGACAGCACGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTGAACTTGATACATTAAGTGAAGAGTCATACAAAGACAGCACGCTAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATGCAATTACTGAGAGACAACTTGACATTGTGGACATCGGATACCCAAG
        ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||
 100651 AATGCAATTACTGAGGGACAACCTGACACTGTGGACATCAGATACCCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .
    701 GAGACGAAGCTGAAGCAGGAGAAGGAGGGGAAAAT
         |||||||| ||||||||||||||||| |||||||
 100701 CAGACGAAGGTGAAGCAGGAGAAGGAGTGGAAAAT