seq1 = pF1KB5688.tfa, 2085 bp
seq2 = pF1KB5688/gi568815587f_129969978.tfa (gi568815587f:129969978_130243445), 273468 bp

>pF1KB5688 2085
>gi568815587f:129969978_130243445 (Chr11)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-279  (139452-139625)   100% ->
280-403  (140561-140684)   100% ->
404-516  (150729-150841)   100% ->
517-713  (151637-151833)   100% ->
714-922  (152328-152536)   100% ->
923-1053  (156723-156853)   100% ->
1054-1128  (157789-157863)   100% ->
1129-1287  (159071-159229)   100% ->
1288-1416  (160061-160189)   100% ->
1417-1516  (163652-163751)   100% ->
1517-1669  (165586-165738)   100% ->
1670-1755  (170421-170506)   100% ->
1756-1830  (171521-171595)   100% ->
1831-1986  (171942-172097)   100% ->
1987-2085  (173370-173468)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCACCGGGACCGCGGCCGCCGCAGCCACGGGCAGGCTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCACCGGGACCGCGGCCGCCGCAGCCACGGGCAGGCTCCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCTGCTGGTGGGGCTCACGGCGCCTGCCTTGGCGCTGGCCGGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGCTGCTGGTGGGGCTCACGGCGCCTGCCTTGGCGCTGGCCGGCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGAG         GCTCTTGCAGCCAATGCCGGAACAGGATTTGCTGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGAGGTG...TAGGCTCTTGCAGCCAATGCCGGAACAGGATTTGCTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGAGCCTCAAATCGCAATGTTTTGTGGGAAGTTAAATATGCATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139488 GCTGAGCCTCAAATCGCAATGTTTTGTGGGAAGTTAAATATGCATGTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTCAGACTGGGAAATGGGAACCTGATCCAACAGGCACCAAGAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139538 CATTCAGACTGGGAAATGGGAACCTGATCCAACAGGCACCAAGAGCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGAAACAAAAGAAGAAGTTCTTCAGTACTGTCAGGAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 139588 TTGAAACAAAAGAAGAAGTTCTTCAGTACTGTCAGGAGGTA...CAGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATCCAGAGCTACAGATCACAAATGTGATGGAGGCAAACCAGCGGGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140564 TATCCAGAGCTACAGATCACAAATGTGATGGAGGCAAACCAGCGGGTTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATTGACAACTGGTGCCGGAGGGACAAAAAGCAATGCAAGAGTCGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140614 TATTGACAACTGGTGCCGGAGGGACAAAAAGCAATGCAAGAGTCGCTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTACACCTTTCAAGTGTCTCG         TGGGTGAATTTGTAAGTGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 140664 TTACACCTTTCAAGTGTCTCGGTG...CAGTGGGTGAATTTGTAAGTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCTGCTAGTTCCAGAAAAGTGCCAGTTTTTCCACAAAGAGCGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150749 GTCCTGCTAGTTCCAGAAAAGTGCCAGTTTTTCCACAAAGAGCGGATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTGTGTGAGAATCACCAGCACTGGCACACGGTAGTCAAAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 150799 GGTGTGTGAGAATCACCAGCACTGGCACACGGTAGTCAAAGAGGTA...T

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   GCATGTCTGACTCAGGGAATGACCTTATATAGCTACGGCATGCTGCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151635 AGGCATGTCTGACTCAGGGAATGACCTTATATAGCTACGGCATGCTGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCATGTGGGGTAGACCAGTTCCATGGCACTGAATATGTGTGCTGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151685 CCATGTGGGGTAGACCAGTTCCATGGCACTGAATATGTGTGCTGCCCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACAAAGATTATTGGATCTGTGTCAAAAGAAGAGGAAGAGGAAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151735 GACAAAGATTATTGGATCTGTGTCAAAAGAAGAGGAAGAGGAAGATGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGAAGAGGAAGAGGAAGATGAAGAGGAAGACTATGATGTTTATAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 151785 AGGAAGAGGAAGAGGAAGATGAAGAGGAAGACTATGATGTTTATAAAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714         TGAATTTCCTACTGAAGCAGATCTGGAAGACTTCACAGAAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151835 TA...CAGTGAATTTCCTACTGAAGCAGATCTGGAAGACTTCACAGAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCTGTGGATGAGGATGATGAGGATGAGGAAGAAGGGGAGGAAGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152370 AGCTGTGGATGAGGATGATGAGGATGAGGAAGAAGGGGAGGAAGTGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGACCGAGATTACTACTATGACACCTTCAAAGGAGATGACTACAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152420 AGGACCGAGATTACTACTATGACACCTTCAAAGGAGATGACTACAATGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGAATCCTACTGAACCCGGCAGCGACGGCACCATGTCAGACAAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152470 GAGAATCCTACTGAACCCGGCAGCGACGGCACCATGTCAGACAAGGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TACTCATGATGTCAAAG         TTCCTCCAACTCCTCTGCCAACCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 152520 TACTCATGATGTCAAAGGTA...CAGTTCCTCCAACTCCTCTGCCAACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGATGTTGATGTGTATTTCGAGACCTCTGCAGATGATAATGAGCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156747 ATGATGTTGATGTGTATTTCGAGACCTCTGCAGATGATAATGAGCATGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGCTTCCAGAAGGCTAAGGAGCAGCTGGAGATTCGGCACCGCAACCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156797 CGCTTCCAGAAGGCTAAGGAGCAGCTGGAGATTCGGCACCGCAACCGAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGACAGG         GTAAAGAAGGAATGGGAAGAGGCAGAGCTTCAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156847 GGACAGGGTA...TAGGTAAAGAAGGAATGGGAAGAGGCAGAGCTTCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTAAGAACCTCCCCAAAGCAGAGAGGCAGACTCTGATTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 157823 CTAAGAACCTCCCCAAAGCAGAGAGGCAGACTCTGATTCAGGTA...TAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CACTTCCAAGCCATGGTTAAAGCTTTAGAGAAGGAAGCAGCCAGTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159071 CACTTCCAAGCCATGGTTAAAGCTTTAGAGAAGGAAGCAGCCAGTGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCAGCAGCTGGTGGAGACCCACCTGGCCCGAGTGGAAGCTATGCTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159121 GCAGCAGCTGGTGGAGACCCACCTGGCCCGAGTGGAAGCTATGCTGAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACCGCCGTCGGATGGCTCTGGAGAACTACCTGGCTGCCTTGCAGTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159171 ACCGCCGTCGGATGGCTCTGGAGAACTACCTGGCTGCCTTGCAGTCTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCGCCACGG         CCTCATCGCATTCTCCAGGCCTTACGGCGTTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 159221 CCGCCACGGGTG...CAGCCTCATCGCATTCTCCAGGCCTTACGGCGTTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGTCCGTGCTGAGAACAAAGATCGCTTACATACCATCCGTCATTACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160093 TGTCCGTGCTGAGAACAAAGATCGCTTACATACCATCCGTCATTACCAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATGTGTTGGCTGTTGACCCAGAAAAGGCGGCCCAGATGAAATCCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 160143 ATGTGTTGGCTGTTGACCCAGAAAAGGCGGCCCAGATGAAATCCCAGGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1417       GTGATGACACATCTCCACGTGATTGAAGAAAGGAGGAACCAAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160193 ...CAGGTGATGACACATCTCCACGTGATTGAAGAAAGGAGGAACCAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCTCTCTCTGCTCTACAAAGTACCTTATGTAGCCCAAGAAATTCAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163696 CCTCTCTCTGCTCTACAAAGTACCTTATGTAGCCCAAGAAATTCAAGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AAATTG         ATGAGCTCCTTCAGGAGCAGCGTGCAGATATGGAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163746 AAATTGGTG...CAGATGAGCTCCTTCAGGAGCAGCGTGCAGATATGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CAGTTCACTGCCTCAATCTCAGAGACCCCTGTGGACGTCCGGGTGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165621 CAGTTCACTGCCTCAATCTCAGAGACCCCTGTGGACGTCCGGGTGAGCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGAGGAGAGTGAGGAGATCCCACCGTTCCACCCCTTCCACCCCTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165671 TGAGGAGAGTGAGGAGATCCCACCGTTCCACCCCTTCCACCCCTTCCCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCCTACCTGAGAACGAAG         GATCTGGAGTGGGAGAGCAGGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 165721 CCCTACCTGAGAACGAAGGTG...CAGGATCTGGAGTGGGAGAGCAGGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GGGGGACTGATCGGTGCCGAAGAGAAAGTGATTAACAGTAAGAATAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170444 GGGGGACTGATCGGTGCCGAAGAGAAAGTGATTAACAGTAAGAATAAAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GGATGAAAACATG         GTCATTGACGAGACTCTGGATGTTAAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 170494 GGATGAAAACATGGTG...CAGGTCATTGACGAGACTCTGGATGTTAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AAATGATTTTCAATGCCGAGAGAGTTGGAGGCCTCGAGGAAGAGCGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 171549 AAATGATTTTCAATGCCGAGAGAGTTGGAGGCCTCGAGGAAGAGCGGGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1831       GAATCCGTGGGCCCACTGCGGGAGGACTTCAGTCTGAGTAGCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171599 ...TAGGAATCCGTGGGCCCACTGCGGGAGGACTTCAGTCTGAGTAGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGCTCTCATTGGCCTGCTGGTCATCGCAGTGGCCATTGCCACGGTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171986 TGCTCTCATTGGCCTGCTGGTCATCGCAGTGGCCATTGCCACGGTCATCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TCATCAGCCTGGTGATGCTGAGGAAGAGGCAGTATGGCACCATCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172036 TCATCAGCCTGGTGATGCTGAGGAAGAGGCAGTATGGCACCATCAGCCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GGGATCGTGGAG         GTTGATCCAATGCTCACCCCAGAAGAGCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 172086 GGGATCGTGGAGGTG...CAGGTTGATCCAATGCTCACCCCAGAAGAGCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TCACCTGAACAAGATGCAGAACCATGGCTATGAGAACCCCACCTACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173399 TCACCTGAACAAGATGCAGAACCATGGCTATGAGAACCCCACCTACAAAT

   2200     .    :    .    :
   2066 ACCTGGAGCAGATGCAGATT
        ||||||||||||||||||||
 173449 ACCTGGAGCAGATGCAGATT