seq1 = pF1KB5672.tfa, 1608 bp
seq2 = pF1KB5672/gi568815597f_32054587.tfa (gi568815597f:32054587_32270891), 216305 bp

>pF1KB5672 1608
>gi568815597f:32054587_32270891 (Chr1)

1-138  (99998-100135)   98% ->
139-231  (102267-102359)   100% ->
232-331  (102760-102859)   100% ->
332-426  (103681-103775)   100% ->
427-558  (104814-104945)   100% ->
559-647  (106029-106117)   100% ->
648-747  (107361-107460)   100% ->
748-911  (107775-107938)   100% ->
912-990  (108649-108727)   100% ->
991-1116  (111519-111644)   100% ->
1117-1244  (112583-112710)   100% ->
1245-1423  (115296-115474)   100% ->
1424-1608  (116121-116305)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACCATGGCGAGCCCAGGGAAAGACAATTATCGAATGAAGAGCTA
         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 CTAGAGACCATGGCGAGCCCAGGGAAAGACAATTATCGAATGAAGAGCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAGAACAATGCTCTAAACCCTGAAGAAATGAGACGAAGAAGAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 TAAGAACAATGCTCTAAACCCTGAAGAAATGAGACGAAGAAGAGAGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGCATTCAGCTCCGGAAGCAGAAGCGAGAGCAACAA         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100098 AGGGCATTCAGCTCCGGAAGCAGAAGCGAGAGCAACAAGTG...CAGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTAAACGGAGAAATGTGGAGCTGATTAATGAAGAAGCTGCCATGTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102270 TTTAAACGGAGAAATGTGGAGCTGATTAATGAAGAAGCTGCCATGTTCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGTCTTCTCATGGACTCTTATGTGAGCTCTACCACTGGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102320 TAGTCTTCTCATGGACTCTTATGTGAGCTCTACCACTGGGGTA...TAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGTGTGATCACAAGAGAGATGGTGGAGATGCTCTTTTCTGATGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102761 AGAGTGTGATCACAAGAGAGATGGTGGAGATGCTCTTTTCTGATGATTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCTGCAGTTAGCAACCACACAGAAATTCCGGAAACTGCTCTCCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102811 GACCTGCAGTTAGCAACCACACAGAAATTCCGGAAACTGCTCTCCAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332         AGCCTAGTCCTCCAATAGATGAAGTTATCAACACTCCAAGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102861 TA...CAGAGCCTAGTCCTCCAATAGATGAAGTTATCAACACTCCAAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGTGGATCGGTTCGTGGAGTTTCTGAAGAGGAATGAGAATTGTACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103723 TGGTGGATCGGTTCGTGGAGTTTCTGAAGAGGAATGAGAATTGTACATTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAG         TTTGAAGCTGCCTGGGCTCTAACGAATATTGCCTCTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103773 CAGGTG...CAGTTTGAAGCTGCCTGGGCTCTAACGAATATTGCCTCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACCTCTCAGCAGACCAAAATTGTCATTGAAGCAGGGGCTGTCCCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104852 AACCTCTCAGCAGACCAAAATTGTCATTGAAGCAGGGGCTGTCCCCATTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTATAGAGCTGCTTAATTCAGACTTTGAGGATGTTCAGGAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104902 TTATAGAGCTGCTTAATTCAGACTTTGAGGATGTTCAGGAACAGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    559    GCAGTCTGGGCACTGGGAAACATAGCTGGAGATAGCTCTGTTTGCCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106026 CAGGCAGTCTGGGCACTGGGAAACATAGCTGGAGATAGCTCTGTTTGCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGATTACGTCTTGAACTGTTCCATCCTTAATCCTTTGTTAAC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106076 AGATTACGTCTTGAACTGTTCCATCCTTAATCCTTTGTTAACGTG...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    648  ACTCCTTACCAAGTCCACACGACTGACGATGACACGGAATGCAGTCTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107360 GACTCCTTACCAAGTCCACACGACTGACGATGACACGGAATGCAGTCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCCTGTCAAATCTCTGCCGAGGGAAAAACCCACCCCCAGAGTTTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107410 GCCCTGTCAAATCTCTGCCGAGGGAAAAACCCACCCCCAGAGTTTGCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         GTCTCTCCTTGTTTGCCTGTACTGTCTCGCCTACTCTTCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107460 GGTG...CAGGTCTCTCCTTGTTTGCCTGTACTGTCTCGCCTACTCTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCAGCGACTCGGACTTGCTGGCAGATGCTTGCTGGGCCCTTTCTTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107815 GCAGCGACTCGGACTTGCTGGCAGATGCTTGCTGGGCCCTTTCTTATCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCTGATGGCCCCAATGAGAAGATCCAGGCAGTCATAGACTCCGGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107865 TCTGATGGCCCCAATGAGAAGATCCAGGCAGTCATAGACTCCGGAGTCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCGGAGATTGGTAGAGCTGCTGAT         GCACAATGATTACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107915 CCGGAGATTGGTAGAGCTGCTGATGTG...TAGGCACAATGATTACAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGCTTCTCCTGCCCTGAGAGCCGTGGGTAACATCGTCACTGGGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108666 TGGCTTCTCCTGCCCTGAGAGCCGTGGGTAACATCGTCACTGGGGATGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCCAGACCCAG         GTCATTCTTAACTGTTCAGCCCTACCTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108716 ATCCAGACCCAGGTA...TAGGTCATTCTTAACTGTTCAGCCCTACCTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTTCTCCACTTGTTGAGCAGTCCCAAGGAGTCAATCCGGAAGGAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111548 CCTTCTCCACTTGTTGAGCAGTCCCAAGGAGTCAATCCGGAAGGAAGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCTGGACTATTTCAAATATTACTGCTGGCAACAGGGCTCAAATACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111598 GCTGGACTATTTCAAATATTACTGCTGGCAACAGGGCTCAAATACAGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1117       GCTGTTATAGATGCAAATATCTTCCCTGTGTTGATCGAAATCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111648 ...CAGGCTGTTATAGATGCAAATATCTTCCCTGTGTTGATCGAAATCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCAGAAAGCAGAGTTTCGTACAAGGAAAGAGGCAGCCTGGGCCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112627 TCAGAAAGCAGAGTTTCGTACAAGGAAAGAGGCAGCCTGGGCCATCACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGCCACATCAGGAGGAACCCCTGAGCAGATCAG         GTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112677 ATGCCACATCAGGAGGAACCCCTGAGCAGATCAGGTA...TAGGTACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTCTCACTGGGCTGCATCAAACCCCTATGTGACTTGCTGACTGTAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115303 GTCTCACTGGGCTGCATCAAACCCCTATGTGACTTGCTGACTGTAATGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TTCGAAGATTGTGCAAGTGGCCCTCAATGGACTGGAGAACATCCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115353 TTCGAAGATTGTGCAAGTGGCCCTCAATGGACTGGAGAACATCCTGCGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTGGAGAGCAAGAGGGCAAGCGCAGTGGCTCAGGGGTCAATCCTTATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115403 TTGGAGAGCAAGAGGGCAAGCGCAGTGGCTCAGGGGTCAATCCTTATTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GGCCTCATAGAGGAAGCCTATG         GCTTGGATAAAATTGAGTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 115453 GGCCTCATAGAGGAAGCCTATGGTA...TAGGCTTGGATAAAATTGAGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCTCCAGAGCCACGAGAACCAGGAGATCTACCAGAAGGCCTTCGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116140 TCTCCAGAGCCACGAGAACCAGGAGATCTACCAGAAGGCCTTCGACCTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTGAGCACTACTTTGGTGTAGAAGACGATGATAGCAGCCTGGCTCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116190 TTGAGCACTACTTTGGTGTAGAAGACGATGATAGCAGCCTGGCTCCCCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTCGATGAAACGCAACAGCAGTTCATCTTCCAGCAGCCTGAGGCCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116240 GTCGATGAAACGCAACAGCAGTTCATCTTCCAGCAGCCTGAGGCCCCCAT

   1700     .    :    .
   1593 GGAGGGCTTCCAGCTA
        ||||||||||||||||
 116290 GGAGGGCTTCCAGCTA