seq1 = pF1KB5669.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KB5669/gi568815590f_8903064.tfa (gi568815590f:8903064_9130031), 226968 bp

>pF1KB5669 1047
>gi568815590f:8903064_9130031 (Chr8)

1-108  (100001-100108)   99% ->
109-287  (104907-105085)   100% ->
288-498  (108479-108689)   99% ->
499-582  (113259-113342)   100% ->
583-692  (115234-115343)   100% ->
693-807  (117287-117401)   100% ->
808-1047  (126729-126968)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGATCCACAGAGTAAAGAGCCTGCCGGCGAGGCCGTGGCTCCCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100001 ATGGAGGATCCACAGAGTAAAGAGCCTGCCGGCGAGGCCGTGGCTCTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGGAGTCGCCGCGGCCGGAGGGCGGGGAGGAGCCGCCGCGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGGAGTCGCCGCGGCCGGAGGGCGGGGAGGAGCCGCCGCGTCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCCCGAG         GAAACTCAACAGTGTAAATTTGATGGCCAGGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCCCGAGGTG...TAGGAAACTCAACAGTGTAAATTTGATGGCCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAAAAGGATCCAAGTTCATTACCTCCAGTGCGAGTGACTTCAGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104940 ACAAAAGGATCCAAGTTCATTACCTCCAGTGCGAGTGACTTCAGTGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTTTACAAAGAGATTGCCATTACGAATGGCTGTATTAATAGAATGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104990 GGTTTACAAAGAGATTGCCATTACGAATGGCTGTATTAATAGAATGAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAAGAACTCAGAGCTAAGCTTTCAGAATTCAAGCTTGAAACTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105040 AGGAAGAACTCAGAGCTAAGCTTTCAGAATTCAAGCTTGAAACTAGGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288      AGGAGTAAAGGATGTTCTAAAGAAGAGACTGAAAAACTATTATAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105090 ..TAGAGGAGTAAAGGATGTTCTAAAGAAGAGACTGAAAAACTATTATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGCAGAAGCTGATGCTGAAAGAGAGCAATTTTGCTGACAGTTATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108524 GAAGCAGAAGCTGATGCTGAAAGAGAGCAATTTTGCTGACAGTTATTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTACATTTGTATTATTGACTTTGAAGCCACTTGTGAAGAAGGAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108574 ACTACATTTGTATTATTGACTTTGAAGCCACTTGTGAAGAAGGAAACCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCGGAGTTTGTACATGAAATAATTGAATTTCCGGTTGTTTTACTGAATAC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108624 CCTGAGTTTGTACATGAAATAATTGAATTTCCGGTTGTTTTACTGAATAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCATACTTTAGAAATA         GAAGACACGTTTCAGCAGTATGTAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108674 GCATACTTTAGAAATAGTA...CAGGAAGACACGTTTCAGCAGTATGTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GACCAGAGATTAACACACAGCTGTCTGATTTCTGCATCAGTCTAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113284 GACCAGAGATTAACACACAGCTGTCTGATTTCTGCATCAGTCTAACTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTACTCAG         GATCAGGTAGACAGAGCTGATACCTTCCCTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113334 ATTACTCAGGTT...CAGGATCAGGTAGACAGAGCTGATACCTTCCCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTACTAAAAAAAGTAATTGACTGGATGAAATTGAAGGAATTAGGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115266 GGTACTAAAAAAAGTAATTGACTGGATGAAATTGAAGGAATTAGGAACAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTATAAATACTCACTTTTAACAGATGG         TTCTTGGGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 115316 AGTATAAATACTCACTTTTAACAGATGGGTA...TAGTTCTTGGGATATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTAAGTTCTTGAACATTCAGTGTCAACTCAGCAGGCTCAAATACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117300 AGTAAGTTCTTGAACATTCAGTGTCAACTCAGCAGGCTCAAATACCCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTTTGCGAAAAAGTGGATCAATATTCGGAAGTCATATGGAAATTTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117350 TTTTGCGAAAAAGTGGATCAATATTCGGAAGTCATATGGAAATTTTTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AG         GTTCCTAGAAGCCAAACCAAACTGACAATAATGCTTGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117400 AGGTA...CAGGTTCCTAGAAGCCAAACCAAACTGACAATAATGCTTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAATTAGGAATGGATTATGATGGGCGGCCTCACTGTGGTCTTGATGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126768 AAATTAGGAATGGATTATGATGGGCGGCCTCACTGTGGTCTTGATGACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAAGAATATCGCCCGAATAGCAGTTCGAATGCTTCAGGATGGGTGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126818 TAAGAATATCGCCCGAATAGCAGTTCGAATGCTTCAGGATGGGTGTGAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCGAATCAACGAGAAAATGCATGCAGGACAGCTAATGAGTGTGTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126868 TCCGAATCAACGAGAAAATGCATGCAGGACAGCTAATGAGTGTGTCCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCCTTACCAATAGAGGGCACTCCACCACCACAAATGCCACATTTTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126918 TCCTTACCAATAGAGGGCACTCCACCACCACAAATGCCACATTTTAGAAA

   1100 
   1047 G
        |
 126968 G