seq1 = pF1KB5663.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KB5663/gi568815587f_69541314.tfa (gi568815587f:69541314_69751279), 209966 bp

>pF1KB5663 885
>gi568815587f:69541314_69751279 (Chr11)

1-198  (100001-100198)   100% ->
199-414  (101718-101933)   100% ->
415-574  (102519-102678)   100% ->
575-723  (106681-106829)   99% ->
724-885  (109805-109966)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACACCAGCTCCTGTGCTGCGAAGTGGAAACCATCCGCCGCGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACACCAGCTCCTGTGCTGCGAAGTGGAAACCATCCGCCGCGCGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGATGCCAACCTCCTCAACGACCGGGTGCTGCGGGCCATGCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCGATGCCAACCTCCTCAACGACCGGGTGCTGCGGGCCATGCTGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGAGGAGACCTGCGCGCCCTCGGTGTCCTACTTCAAATGTGTGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGAGGAGACCTGCGCGCCCTCGGTGTCCTACTTCAAATGTGTGCAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGTCCTGCCGTCCATGCGGAAGATCGTCGCCACCTGGATGCTGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100151 GAGGTCCTGCCGTCCATGCGGAAGATCGTCGCCACCTGGATGCTGGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199        GTCTGCGAGGAACAGAAGTGCGAGGAGGAGGTCTTCCCGCTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 G...TAGGTCTGCGAGGAACAGAAGTGCGAGGAGGAGGTCTTCCCGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATGAACTACCTGGACCGCTTCCTGTCGCTGGAGCCCGTGAAAAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101761 CCATGAACTACCTGGACCGCTTCCTGTCGCTGGAGCCCGTGAAAAAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCCTGCAGCTGCTGGGGGCCACTTGCATGTTCGTGGCCTCTAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101811 CGCCTGCAGCTGCTGGGGGCCACTTGCATGTTCGTGGCCTCTAAGATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAGACCATCCCCCTGACGGCCGAGAAGCTGTGCATCTACACCGACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101861 GGAGACCATCCCCCTGACGGCCGAGAAGCTGTGCATCTACACCGACAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCATCCGGCCCGAGGAGCTGCTG         CAAATGGAGCTGCTCCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101911 CCATCCGGCCCGAGGAGCTGCTGGTA...CAGCAAATGGAGCTGCTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGAACAAGCTCAAGTGGAACCTGGCCGCAATGACCCCGCACGATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102537 GTGAACAAGCTCAAGTGGAACCTGGCCGCAATGACCCCGCACGATTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAACACTTCCTCTCCAAAATGCCAGAGGCGGAGGAGAACAAACAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102587 TGAACACTTCCTCTCCAAAATGCCAGAGGCGGAGGAGAACAAACAGATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCGCAAACACGCGCAGACCTTCGTTGCCCTCTGTGCCACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102637 TCCGCAAACACGCGCAGACCTTCGTTGCCCTCTGTGCCACAGGTA...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575  ATGTGAAGTTCATTTCCAATCCGCCCTCCATGGTGGCAGCGGGGAGCGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106680 GATGTGAAGTTCATTTCCAATCCGCCCTCCATGGTGGCAGCGGGGAGCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGTGGCCGCAGTGCAAGGCCTGAACCTGAGGAGCCCCAACAACTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106730 GGTGGCCGCAGTGCAAGGCCTGAACCTGAGGAGCCCCAACAACTTCCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTACTACCGCCTCACACGCTTCCTCTCCAGAGTGATCAAGTGTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 106780 CCTACTACCGCCTCACACGCTTCCTCTCCAGAGTGATCAAGTGTGACCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724          GACTGCCTCCGGGCCTGCCAGGAGCAGATCGAAGCCCTGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106830 GTA...CAGGACTGCCTCCGGGCCTGCCAGGAGCAGATCGAAGCCCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGAGTCAAGCCTGCGCCAGGCCCAGCAGAACATGGACCCCAAGGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109846 GGAGTCAAGCCTGCGCCAGGCCCAGCAGAACATGGACCCCAAGGCCGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGTGGACCTGGCTTGCACACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109896 AGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGTGGACCTGGCTTGCACACCCACC

    900     .    :    .    :
    865 GACGTGCGGGACGTGGACATC
        |||||||||||||||||||||
 109946 GACGTGCGGGACGTGGACATC