seq1 = pF1KB5656.tfa, 1041 bp
seq2 = pF1KB5656/gi568815583f_77358408.tfa (gi568815583f:77358408_77579312), 220905 bp

>pF1KB5656 1041
>gi568815583f:77358408_77579312 (Chr15)

1-89  (100001-100089)   100% ->
90-237  (105833-105980)   100% ->
238-450  (108688-108900)   100% ->
451-583  (112503-112635)   100% ->
584-615  (113376-113407)   100% ->
616-691  (119148-119223)   100% ->
692-907  (119888-120103)   100% ->
908-1041  (120772-120905)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAACTTGATGACTAGCTCCACCCTACCGCCCCTTTTTGCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAACTTGATGACTAGCTCCACCCTACCGCCCCTTTTTGCAGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACGGTTCCAAGGAGAGTAATGATCTGGCTACCACTGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100051 AGACGGTTCCAAGGAGAGTAATGATCTGGCTACCACTGGGTA...CAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAATCACCCAGAGGTTCCATACAGTAGTGGCGCCACATCATCCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105835 TAAATCACCCAGAGGTTCCATACAGTAGTGGCGCCACATCATCCACCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATCCAGAATTTGTGGAGGATCTCTCTCAAGGTCAGTTGCTTCAGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105885 AATCCAGAATTTGTGGAGGATCTCTCTCAAGGTCAGTTGCTTCAGAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCTTCAAATGCAGCAGAAGGCAATGAACAGAGGCATGAAGATGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105935 GTCTTCAAATGCAGCAGAAGGCAATGAACAGAGGCATGAAGATGAGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      CAACGAAGTAAACGAGGAGGTTGGTCCAAAGGAAGAAAGAGGAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105985 ..TAGCAACGAAGTAAACGAGGAGGTTGGTCCAAAGGAAGAAAGAGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACCTCTTCGAGACAGCAATGCACCCAAATCCCCCCTTACAGGATATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108733 AAACCTCTTCGAGACAGCAATGCACCCAAATCCCCCCTTACAGGATATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGGTTCATGAATGAGCGTCGAGAACAACTTCGAGCAAAGAGACCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108783 TCGGTTCATGAATGAGCGTCGAGAACAACTTCGAGCAAAGAGACCAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCCATTTCCAGAAATCACAAGGATGTTAGGCAATGAATGGAGTAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108833 TCCCATTTCCAGAAATCACAAGGATGTTAGGCAATGAATGGAGTAAACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTCCTGAGGAAAAACAG         CGCTACCTTGATGAAGCAGACAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108883 CCTCCTGAGGAAAAACAGGTA...TAGCGCTACCTTGATGAAGCAGACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATAAGGAGCGTTACATGAAGGAACTGGAACAGTATCAGAAAACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112526 AGATAAGGAGCGTTACATGAAGGAACTGGAACAGTATCAGAAAACAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTACAAGGTCTTCAGTAGGAAAACCCAGGACCGTCAGAAAGGCAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112576 CCTACAAGGTCTTCAGTAGGAAAACCCAGGACCGTCAGAAAGGCAAATCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CATAGGCAAG         ATGCAGCCCGGCAGGCCACTCATGATCATGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112626 CATAGGCAAGGTA...TAGATGCAGCCCGGCAGGCCACTCATGATCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 G         AAAGAAACAGAGGTAAAGGAACGGTCTGTTTTTGACATCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113407 GGTA...CAGAAAGAAACAGAGGTAAAGGAACGGTCTGTTTTTGACATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTATATTTACAGAGGAATTCTTGAACCATAGCAAAG         CTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119188 CTATATTTACAGAGGAATTCTTGAACCATAGCAAAGGTG...CAGCTCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGCAGAGCTCCGCCAGCTTCGCAAATCCAACATGGAGTTTGAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119893 GAAGCAGAGCTCCGCCAGCTTCGCAAATCCAACATGGAGTTTGAGGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAATGCAGCCCTGCAAAAGCACGTGGAGAGCATGCGCACAGCAGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119943 GAATGCAGCCCTGCAAAAGCACGTGGAGAGCATGCGCACAGCAGTGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCTGGAGGTGGATGTGATCCAGGAGCGGAGCCGCAACACAGTCTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119993 AGCTGGAGGTGGATGTGATCCAGGAGCGGAGCCGCAACACAGTCTTACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGCACCTGGAGACCCTGCGGCAGGTGCTGACCAGCAGCTTTGCCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120043 CAGCACCTGGAGACCCTGCGGCAGGTGCTGACCAGCAGCTTTGCCAGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCCCTTGCCTG         GAAGTGGAGAGACACCTACAGTGGACACCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120093 GCCCTTGCCTGGTA...CAGGAAGTGGAGAGACACCTACAGTGGACACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGACTCATATATGAACAGACTGCACAGTATTATTTTAGCTAATCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120802 TTGACTCATATATGAACAGACTGCACAGTATTATTTTAGCTAATCCCCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACAATGAAAACTTCATAGCTACAGTTCGAGAAGTTGTGAACAGACTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120852 GACAATGAAAACTTCATAGCTACAGTTCGAGAAGTTGTGAACAGACTCGA

   1100 
   1038 TCGT
        ||||
 120902 TCGT