seq1 = pF1KB5635.tfa, 1422 bp
seq2 = pF1KB5635/gi568815586r_108547406.tfa (gi568815586r:108547406_108801318), 253913 bp

>pF1KB5635 1422
>gi568815586r:108547406_108801318 (Chr12)

(complement)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-318  (122925-123047)   100% ->
319-448  (139161-139290)   100% ->
449-630  (142400-142581)   100% ->
631-750  (143896-144015)   100% ->
751-855  (146909-147013)   100% ->
856-1001  (148902-149047)   100% ->
1002-1059  (152299-152356)   100% ->
1060-1305  (152469-152714)   100% ->
1306-1422  (153797-153913)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCGAGTGGTACGACAGAGCAAGTTTCGGCATGTATTTGGGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCGAGTGGTACGACAGAGCAAGTTTCGGCATGTATTTGGGCAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGAAAAATGACCAGTGCTATGATGACATCCGGGTTTCTCGTGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGAAAAATGACCAGTGCTATGATGACATCCGGGTTTCTCGTGTGACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGATAGTTCCTTTTGTGCTGTCAATCCCAGATTTGTTGCCATAATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGATAGTTCCTTTTGTGCTGTCAATCCCAGATTTGTTGCCATAATCATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCAAGTGGGGGAGGAGCGTTCCTTGTCCTCCCTCTGCACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 GAGGCAAGTGGGGGAGGAGCGTTCCTTGTCCTCCCTCTGCACAAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     ACTGGTCGAATTGACAAATCTTACCCTACAGTATGTGGCCACACAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .CAGACTGGTCGAATTGACAAATCTTACCCTACAGTATGTGGCCACACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GACCAGTGCTGGACATAGACTGGTGCCCACATAACGATCAGGTCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122971 GACCAGTGCTGGACATAGACTGGTGCCCACATAACGATCAGGTCATTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCGGTTCAGAGGACTGCACGGTCATG         GTATGGCAGATCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 123021 AGCGGTTCAGAGGACTGCACGGTCATGGTA...CAGGTATGGCAGATCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAAAATGGACTCACCCTTTCCCTGACTGAACCTGTGGTGATTTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139175 AGAAAATGGACTCACCCTTTCCCTGACTGAACCTGTGGTGATTTTGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCACTCAAAGAGAGTCGGCATCGTGGCTTGGCATCCAACGGCCCGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139225 GCCACTCAAAGAGAGTCGGCATCGTGGCTTGGCATCCAACGGCCCGCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGCTTCTTAGTGCAG         GCTGTGATAATGCCATTATCATCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 139275 GTGCTTCTTAGTGCAGGTG...TAGGCTGTGATAATGCCATTATCATCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAATGTGGGAACAGGGGAAGCCCTTATAAACTTGGACGATATGCATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142425 GAATGTGGGAACAGGGGAAGCCCTTATAAACTTGGACGATATGCATTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACATGATTTACAATGTGAGCTGGAACCGGAATGGCAGTCTGATCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142475 ACATGATTTACAATGTGAGCTGGAACCGGAATGGCAGTCTGATCTGCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTTCCAAAGACAAGAAAGTGAGAGTCATTGATCCCAGGAAACAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142525 GCTTCCAAAGACAAGAAAGTGAGAGTCATTGATCCCAGGAAACAAGAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTTGCT         GAGAAGGAGAAAGCACATGAAGGAGCAAGACCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142575 TGTTGCTGTG...CAGGAGAAGGAGAAAGCACATGAAGGAGCAAGACCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGAGAGCCATCTTCCTGGCCGATGGCAATGTCTTCACCACTGGGTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143930 TGAGAGCCATCTTCCTGGCCGATGGCAATGTCTTCACCACTGGGTTCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGCATGAGCGAGCGGCAGCTGGCTCTCTGGAATCCG         AAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 143980 CGCATGAGCGAGCGGCAGCTGGCTCTCTGGAATCCGGTA...CAGAAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATGCAGGAACCAATTGCTCTTCATGAGATGGACACTAGCAATGGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146914 TATGCAGGAACCAATTGCTCTTCATGAGATGGACACTAGCAATGGGGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCTGCCTTTCTATGACCCTGACACCAGCATCATTTACTTATGTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146964 TGCTGCCTTTCTATGACCCTGACACCAGCATCATTTACTTATGTGGAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856          GGTGACAGCAGTATTCGCTATTTTGAGATCACGGATGAATC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147014 GTA...CAGGGTGACAGCAGTATTCGCTATTTTGAGATCACGGATGAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCGTACGTCCACTACCTCAACACATTCAGCAGCAAGGAGCCTCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148943 CCCGTACGTCCACTACCTCAACACATTCAGCAGCAAGGAGCCTCAGAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGATGGGTTACATGCCCAAGAGGGGACTTGATGTTAACAAATGTGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148993 GGATGGGTTACATGCCCAAGAGGGGACTTGATGTTAACAAATGTGAGATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCCAG         ATTCTTCAAACTTCATGAGAGAAAGTGTGAACCTAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149043 GCCAGGTA...AAGATTCTTCAAACTTCATGAGAGAAAGTGTGAACCTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TATTATGACTGTTCCCAGGAAG         TCTGACCTTTTCCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 152335 TATTATGACTGTTCCCAGGAAGGTG...TAGTCTGACCTTTTCCAAGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACCTGTATCCTGACACAGCGGGGCCAGAGGCCGCGCTGGAGGCAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152488 ACCTGTATCCTGACACAGCGGGGCCAGAGGCCGCGCTGGAGGCAGAAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGGTTCGAAGGCAAGAATGCAGACCCAATCCTCATCTCCTTGAAGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152538 TGGTTCGAAGGCAAGAATGCAGACCCAATCCTCATCTCCTTGAAGCACGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GTACATTCCAGGCAAAAACAGGGATCTCAAGGTGGTCAAGAAGAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152588 GTACATTCCAGGCAAAAACAGGGATCTCAAGGTGGTCAAGAAGAACATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGATAGCAAGCCCACTGCAAACAAGAAGTGCGACCTGATCAGCATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152638 TGGATAGCAAGCCCACTGCAAACAAGAAGTGCGACCTGATCAGCATCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGAAAACCACAGACACGGCCAGTGTG         CAAAATGAAGCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 152688 AAGAAAACCACAGACACGGCCAGTGTGGTG...TAGCAAAATGAAGCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GTTGGATGAGATTTTAAAAGAGATCAAATCTATAAAAGACACAATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153811 GTTGGATGAGATTTTAAAAGAGATCAAATCTATAAAAGACACAATCTGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATCAAGATGAGCGTATTTCCAAGTTAGAACAGCAGATGGCAAAGATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153861 ATCAAGATGAGCGTATTTCCAAGTTAGAACAGCAGATGGCAAAGATAGCA

   1500 
   1420 GCC
        |||
 153911 GCC