seq1 = pF1KB5616.tfa, 2364 bp
seq2 = pF1KB5616/gi568815581f_47153862.tfa (gi568815581f:47153862_47410201), 256340 bp

>pF1KB5616 2364
>gi568815581f:47153862_47410201 (Chr17)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-165  (120558-120643)   100% ->
166-361  (129493-129688)   100% ->
362-614  (130582-130834)   100% ->
615-777  (132399-132561)   100% ->
778-939  (133209-133370)   100% ->
940-1035  (135820-135915)   100% ->
1036-1125  (136324-136413)   100% ->
1126-1260  (137093-137227)   100% ->
1261-1690  (138278-138707)   100% ->
1691-1913  (145447-145669)   100% ->
1914-2014  (146617-146717)   100% ->
2015-2134  (148860-148979)   100% ->
2135-2301  (153610-153776)   100% ->
2302-2364  (156278-156340)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGAGCGCGGCCGCGGCCCCGGCCGCTCTGGGCGACTGTGCTGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGAGCGCGGCCGCGGCCCCGGCCGCTCTGGGCGACTGTGCTGGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGCGCTGGCGGGCGTTGGCGTAGGAG         GGCCCAACATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GGGGGCGCTGGCGGGCGTTGGCGTAGGAGGTG...CAGGGCCCAACATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTACCACGCGAGGTGTGAGCTCCTGCCAGCAGTGCCTGGCTGTGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120570 GTACCACGCGAGGTGTGAGCTCCTGCCAGCAGTGCCTGGCTGTGAGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTGTGCCTGGTGCTCTGATGAG         GCCCTGCCTCTGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120620 ATGTGTGCCTGGTGCTCTGATGAGGTA...CAGGCCCTGCCTCTGGGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACCTCGCTGTGACCTGAAGGAGAATCTGCTGAAGGATAACTGTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129510 ACCTCGCTGTGACCTGAAGGAGAATCTGCTGAAGGATAACTGTGCCCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATCCATCGAGTTCCCAGTGAGTGAGGCCCGAGTACTAGAGGACAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129560 AATCCATCGAGTTCCCAGTGAGTGAGGCCCGAGTACTAGAGGACAGGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCAGCGACAAGGGCTCTGGAGACAGCTCCCAGGTCACTCAAGTCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129610 CTCAGCGACAAGGGCTCTGGAGACAGCTCCCAGGTCACTCAAGTCAGTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAGAGGATTGCACTCCGGCTCCGGCCAG         ATGATTCGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 129660 CCAGAGGATTGCACTCCGGCTCCGGCCAGGTA...CAGATGATTCGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTCTCCATCCAAGTGCGGCAGGTGGAGGATTACCCTGTGGACATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130594 ATTTCTCCATCCAAGTGCGGCAGGTGGAGGATTACCCTGTGGACATCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACTTGATGGACCTGTCTTACTCCATGAAGGATGATCTGTGGAGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130644 TACTTGATGGACCTGTCTTACTCCATGAAGGATGATCTGTGGAGCATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAACCTGGGTACCAAGCTGGCCACCCAGATGCGAAAGCTCACCAGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130694 GAACCTGGGTACCAAGCTGGCCACCCAGATGCGAAAGCTCACCAGTAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCGGATTGGCTTCGGGGCATTTGTGGACAAGCCTGTGTCACCATACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130744 TGCGGATTGGCTTCGGGGCATTTGTGGACAAGCCTGTGTCACCATACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TATATCTCCCCACCAGAGGCCCTCGAAAACCCCTGCTATGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 130794 TATATCTCCCCACCAGAGGCCCTCGAAAACCCCTGCTATGAGTA...CAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATGAAGACCACCTGCTTGCCCATGTTTGGCTACAAACACGTGCTGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132399 TATGAAGACCACCTGCTTGCCCATGTTTGGCTACAAACACGTGCTGACGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAACTGACCAGGTGACCCGCTTCAATGAGGAAGTGAAGAAGCAGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132449 TAACTGACCAGGTGACCCGCTTCAATGAGGAAGTGAAGAAGCAGAGTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCACGGAACCGAGATGCCCCAGAGGGTGGCTTTGATGCCATCATGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132499 TCACGGAACCGAGATGCCCCAGAGGGTGGCTTTGATGCCATCATGCAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TACAGTCTGTGAT         GAAAAGATTGGCTGGAGGAATGATGCAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 132549 TACAGTCTGTGATGTG...CAGGAAAAGATTGGCTGGAGGAATGATGCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCACTTGCTGGTGTTTACCACTGATGCCAAGACTCATATAGCATTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133237 CCCACTTGCTGGTGTTTACCACTGATGCCAAGACTCATATAGCATTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGAAGGCTGGCAGGCATTGTCCAGCCTAATGACGGGCAGTGTCATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133287 GGAAGGCTGGCAGGCATTGTCCAGCCTAATGACGGGCAGTGTCATGTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TAGTGACAATCATTACTCTGCCTCCACTACCATG         GATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 133337 TAGTGACAATCATTACTCTGCCTCCACTACCATGGTG...TAGGATTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCTCTTTGGGGCTGATGACTGAGAAGCTATCCCAGAAAAACATCAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135827 CCTCTTTGGGGCTGATGACTGAGAAGCTATCCCAGAAAAACATCAATTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATCTTTGCAGTGACTGAAAATGTAGTCAATCTCTATCAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 135877 ATCTTTGCAGTGACTGAAAATGTAGTCAATCTCTATCAGGTG...TAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTATAGTGAGCTCATCCCAGGGACCACAGTTGGGGTTCTGTCCATGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136326 CTATAGTGAGCTCATCCCAGGGACCACAGTTGGGGTTCTGTCCATGGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCAGCAATGTCCTCCAGCTCATTGTTGATGCTTATGGG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 136376 CCAGCAATGTCCTCCAGCTCATTGTTGATGCTTATGGGGTA...CAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCCGTTCTAAAGTAGAGCTGGAAGTGCGTGACCTCCCTGAAGAGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137096 ATCCGTTCTAAAGTAGAGCTGGAAGTGCGTGACCTCCCTGAAGAGTTGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCTATCCTTCAATGCCACCTGCCTCAACAATGAGGTCATCCCTGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137146 TCTATCCTTCAATGCCACCTGCCTCAACAATGAGGTCATCCCTGGCCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGTCTTGTATGGGACTCAAGATTGGAGACACG         GTGAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 137196 AGTCTTGTATGGGACTCAAGATTGGAGACACGGTG...CAGGTGAGCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGCATTGAGGCCAAGGTGCGAGGCTGTCCCCAGGAGAAGGAGAAGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138287 AGCATTGAGGCCAAGGTGCGAGGCTGTCCCCAGGAGAAGGAGAAGTCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TACCATAAAGCCCGTGGGCTTCAAGGACAGCCTGATCGTCCAGGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138337 TACCATAAAGCCCGTGGGCTTCAAGGACAGCCTGATCGTCCAGGTCACCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTGATTGTGACTGTGCCTGCCAGGCCCAAGCTGAACCTAATAGCCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138387 TTGATTGTGACTGTGCCTGCCAGGCCCAAGCTGAACCTAATAGCCATCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGCAACAATGGCAATGGGACCTTTGAGTGTGGGGTATGCCGTTGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138437 TGCAACAATGGCAATGGGACCTTTGAGTGTGGGGTATGCCGTTGTGGGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGGCTGGCTGGGATCCCAGTGTGAGTGCTCAGAGGAGGACTATCGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138487 TGGCTGGCTGGGATCCCAGTGTGAGTGCTCAGAGGAGGACTATCGCCCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCCAGCAGGACGAATGCAGCCCCCGGGAGGGTCAGCCCGTCTGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138537 CCCAGCAGGACGAATGCAGCCCCCGGGAGGGTCAGCCCGTCTGCAGCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CGGGGCGAGTGCCTCTGTGGTCAATGTGTCTGCCACAGCAGTGACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138587 CGGGGCGAGTGCCTCTGTGGTCAATGTGTCTGCCACAGCAGTGACTTTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CAAGATCACGGGCAAGTACTGCGAGTGTGACGACTTCTCCTGTGTCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138637 CAAGATCACGGGCAAGTACTGCGAGTGTGACGACTTCTCCTGTGTCCGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ACAAGGGGGAGATGTGCTCAG         GCCATGGCCAGTGCAGCTGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 138687 ACAAGGGGGAGATGTGCTCAGGTG...CAGGCCATGGCCAGTGCAGCTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GGGGACTGCCTGTGTGACTCCGACTGGACCGGCTACTACTGCAACTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145467 GGGGACTGCCTGTGTGACTCCGACTGGACCGGCTACTACTGCAACTGTAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CACGCGTACTGACACCTGCATGTCCAGCAATGGGCTGCTGTGCAGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145517 CACGCGTACTGACACCTGCATGTCCAGCAATGGGCTGCTGTGCAGCGGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GCGGCAAGTGTGAATGTGGCAGCTGTGTCTGTATCCAGCCGGGCTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145567 GCGGCAAGTGTGAATGTGGCAGCTGTGTCTGTATCCAGCCGGGCTCCTAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GGGGACACCTGTGAGAAGTGCCCCACCTGCCCAGATGCCTGCACCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145617 GGGGACACCTGTGAGAAGTGCCCCACCTGCCCAGATGCCTGCACCTTTAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GAA         AGAATGTGTGGAGTGTAAGAAGTTTGACCGGGGAGCCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145667 GAAGTG...CAGAGAATGTGTGGAGTGTAAGAAGTTTGACCGGGGAGCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TACATGACGAAAATACCTGCAACCGTTACTGCCGTGACGAGATTGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146655 TACATGACGAAAATACCTGCAACCGTTACTGCCGTGACGAGATTGAGTCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GTGAAAGAGCTTA         AGGACACTGGCAAGGATGCAGTGAATTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 146705 GTGAAAGAGCTTAGTA...CAGAGGACACTGGCAAGGATGCAGTGAATTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TACCTATAAGAATGAGGATGACTGTGTCGTCAGATTCCAGTACTATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148888 TACCTATAAGAATGAGGATGACTGTGTCGTCAGATTCCAGTACTATGAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 ATTCTAGTGGAAAGTCCATCCTGTATGTGGTAGAAGAGCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 148938 ATTCTAGTGGAAAGTCCATCCTGTATGTGGTAGAAGAGCCAGGTG...CA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2135  AGTGTCCCAAGGGCCCTGACATCCTGGTGGTCCTGCTCTCAGTGATGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153609 GAGTGTCCCAAGGGCCCTGACATCCTGGTGGTCCTGCTCTCAGTGATGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GGCCATTCTGCTCATTGGCCTTGCCGCCCTGCTCATCTGGAAACTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153659 GGCCATTCTGCTCATTGGCCTTGCCGCCCTGCTCATCTGGAAACTCCTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TCACCATCCACGACCGAAAAGAATTCGCTAAATTTGAGGAAGAACGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153709 TCACCATCCACGACCGAAAAGAATTCGCTAAATTTGAGGAAGAACGCGCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 AGAGCAAAATGGGACACA         GCCAACAACCCACTGTATAAAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 153759 AGAGCAAAATGGGACACAGTA...CAGGCCAACAACCCACTGTATAAAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 GGCCACGTCTACCTTCACCAATATCACGTACCGGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156301 GGCCACGTCTACCTTCACCAATATCACGTACCGGGGCACT