seq1 = pF1KB5607.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KB5607/gi568815575f_100546323.tfa (gi568815575f:100546323_100770984), 224662 bp

>pF1KB5607 1395
>gi568815575f:100546323_100770984 (ChrX)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-163  (104463-104543)   100% ->
164-355  (115854-116045)   100% ->
356-532  (118452-118628)   100% ->
533-659  (118921-119047)   100% ->
660-781  (119214-119335)   100% ->
782-961  (120432-120611)   100% ->
962-1095  (120952-121085)   100% ->
1096-1217  (122926-123047)   100% ->
1218-1395  (124485-124662)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGTCAGCTAACTCAAAGAGGAGCTCTCTTTCTGCTGTTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGTCAGCTAACTCAAAGAGGAGCTCTCTTTCTGCTGTTCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACTCCGGCAGTGACACCAACATGGTATGCAG         GTTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 AACTCCGGCAGTGACACCAACATGGTATGCAGGTA...TAGGTTCTGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTATCCGGATGAAAGCTACAATGAAGTATATGCAGAGGAGGTCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104472 ACTATCCGGATGAAAGCTACAATGAAGTATATGCAGAGGAGGTCCCACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCCTGCCCTGGACTACCGAG         TCCCCCGATGGTGTTATAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104522 GCTCCTGCCCTGGACTACCGAGGTA...CAGTCCCCCGATGGTGTTATAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTAAATATCCAGGATGGAGAAGCCACATGCTACTCACCGAAGGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115873 ATTAAATATCCAGGATGGAGAAGCCACATGCTACTCACCGAAGGGAGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTATCACAGCAGCCTGGGCACGCGTTGTGAGCTCTCCTGTGACCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115923 ATTATCACAGCAGCCTGGGCACGCGTTGTGAGCTCTCCTGTGACCGGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTCGATTGATTGGAAGGAGGTCGGTGCAATGCCTGCCAAGCCGTCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115973 TTTCGATTGATTGGAAGGAGGTCGGTGCAATGCCTGCCAAGCCGTCGTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCTGGAACTGCCTACTGCAGGC         AGATGAGATGCCACGCAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116023 GTCTGGAACTGCCTACTGCAGGCGTA...TAGAGATGAGATGCCACGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TACCATTCATCACTAGTGGCACTTACACCTGCACAAATGGAGTGCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118470 TACCATTCATCACTAGTGGCACTTACACCTGCACAAATGGAGTGCTTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACTCTCGCTGTGACTACAGCTGTTCCAGTGGCTACCACCTGGAAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118520 GACTCTCGCTGTGACTACAGCTGTTCCAGTGGCTACCACCTGGAAGGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCGCAGCCGAATCTGCATGGAAGATGGGAGATGGAGTGGAGGCGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118570 TCGCAGCCGAATCTGCATGGAAGATGGGAGATGGAGTGGAGGCGAGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TATGTGTAG         ACATAGATCCCCCCAAGATCCGCTGTCCCCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 118620 TATGTGTAGGTA...CAGACATAGATCCCCCCAAGATCCGCTGTCCCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCACGTGAGAAGATGGCAGAGCCAGAGAAATTGACTGCTCGAGTATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118953 TCACGTGAGAAGATGGCAGAGCCAGAGAAATTGACTGCTCGAGTATACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGACCCACCGTTGGTGAAAGATTCTGCTGATGGTACCATCACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119003 GGACCCACCGTTGGTGAAAGATTCTGCTGATGGTACCATCACCAGGTG..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660     GGTGACACTTCGGGGCCCTGAGCCTGGCTCTCACTTTCCCGAAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119053 .CAGGGTGACACTTCGGGGCCCTGAGCCTGGCTCTCACTTTCCCGAAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGCATGTGATTCGTTACACTGCCTATGACCGAGCCTACAACCGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119260 GAGCATGTGATTCGTTACACTGCCTATGACCGAGCCTACAACCGGGCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGCAAGTTCATTGTGAAAGTACAAG         TGAGACGCTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119310 CTGCAAGTTCATTGTGAAAGTACAAGGTC...CAGTGAGACGCTGCCCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCTGAAACCTCCGCAGCACGGCTACCTCACCTGCACCTCAGCGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120447 CTCTGAAACCTCCGCAGCACGGCTACCTCACCTGCACCTCAGCGGGGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AACTATGGTGCCACCTGTGAATACCACTGTGATGGCGGTTATGATCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120497 AACTATGGTGCCACCTGTGAATACCACTGTGATGGCGGTTATGATCGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGGACACCCTCCCGGGTCTGTCAGTCCAGCCGCCAGTGGTCAGGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120547 GGGGACACCCTCCCGGGTCTGTCAGTCCAGCCGCCAGTGGTCAGGTTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CACCAATCTGTGCTC         CTATGAAGATTAACGTCAACGTCAAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 120597 CACCAATCTGTGCTCGTG...TAGCTATGAAGATTAACGTCAACGTCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCAGCTGCTGGTCTCTTGGATCAATTCTATGAGAAACAGCGACTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120978 TCAGCTGCTGGTCTCTTGGATCAATTCTATGAGAAACAGCGACTCCTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATCTCAGCTCCTGATCCTTCCAACCGATATTATAAAATGCAGATCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121028 CATCTCAGCTCCTGATCCTTCCAACCGATATTATAAAATGCAGATCTCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCTACAG         CAATCCACCTGTGGACTGGATTTGCGGCATGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121078 TGCTACAGGTA...CAGCAATCCACCTGTGGACTGGATTTGCGGCATGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACCATCATTGAACTGGTGGGACAGCCACCTCAGGAGGTGGGGCGCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122959 ACCATCATTGAACTGGTGGGACAGCCACCTCAGGAGGTGGGGCGCATCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAGCAACAGCTGTCAGCCAACATCATCGAGGAGCTCAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 123009 GGAGCAACAGCTGTCAGCCAACATCATCGAGGAGCTCAGGTC...TAGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AATTTCAGCGCCTCACTCGCTCCTACTTCAACATGGTGTTGATTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124487 AATTTCAGCGCCTCACTCGCTCCTACTTCAACATGGTGTTGATTGACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAGGGTATTGACCGAGACCGCTACATGGAACCTGTCACCCCCGAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124537 CAGGGTATTGACCGAGACCGCTACATGGAACCTGTCACCCCCGAGGAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTTCACATTCATTGATGACTACCTACTGAGCAATCAGGAGTTGACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124587 CTTCACATTCATTGATGACTACCTACTGAGCAATCAGGAGTTGACCCAGC

   1450     .    :    .    :    .
   1370 GTCGGGAGCAAAGGGACATATGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||
 124637 GTCGGGAGCAAAGGGACATATGCGAG