seq1 = pF1KB5603.tfa, 1398 bp
seq2 = pF1KB5603/gi568815583f_44359015.tfa (gi568815583f:44359015_44624171), 265157 bp

>pF1KB5603 1398
>gi568815583f:44359015_44624171 (Chr15)

1-186  (100001-100186)   100% ->
187-325  (125210-125348)   100% ->
326-475  (127537-127686)   100% ->
476-691  (131770-131985)   100% ->
692-770  (137366-137444)   100% ->
771-882  (138013-138124)   100% ->
883-969  (140713-140799)   100% ->
970-1032  (155584-155646)   100% ->
1033-1112  (155751-155830)   100% ->
1113-1239  (160155-160281)   100% ->
1240-1335  (162297-162392)   100% ->
1336-1398  (165095-165157)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCTGAGAACACGGAAAGCTTCTCAGCAGTCAAATCAAATCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCTGAGAACACGGAAAGCTTCTCAGCAGTCAAATCAAATCCAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAACGCACTGCCAGAGCAAAGAGGAAATATTCAGAGGTTGATGATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAACGCACTGCCAGAGCAAAGAGGAAATATTCAGAGGTTGATGATAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCTTCAGGAGGAGAAAAACCATCGAAGAATGAAACCGGCTTGTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCTTCAGGAGGAGAAAAACCATCGAAGAATGAAACCGGCTTGTTGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCAATTAAAAAATTTATTAAAGGAAGCACACCTAAG         GAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100151 TCAATTAAAAAATTTATTAAAGGAAGCACACCTAAGGTA...AAGGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGAGAAAATCCTTCAAAACGGAGTAGAATTGAACGTGATATAGATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125215 GAGAGAAAATCCTTCAAAACGGAGTAGAATTGAACGTGATATAGATAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTTGATCACGTCAACACCAAGAGCAGGAGAAAAACCTAACAAACAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125265 ATTTGATCACGTCAACACCAAGAGCAGGAGAAAAACCTAACAAACAGATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTCGAGTAAGACGGAAAAGTCAAGTAAATGGAG         AAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125315 TCTCGAGTAAGACGGAAAAGTCAAGTAAATGGAGGTT...TAGAAGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAGTTATGAAATGACAAATCAACATGTAAAACAAAATGGAAAATTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127544 TAGTTATGAAATGACAAATCAACATGTAAAACAAAATGGAAAATTAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATAATCCTTCCTCTGGCAGTCCTCCAAGGACTACTTTGTTGGGGACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127594 ATAATCCTTCCTCTGGCAGTCCTCCAAGGACTACTTTGTTGGGGACCATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTTCACCTGTCTTCAACTTTTTTTCACCAGCAAATAAAAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 127644 TTTTCACCTGTCTTCAACTTTTTTTCACCAGCAAATAAAAATGGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    476   GAACGTCAGGATCAGATTCTCCAGGACAGGCTGTGGAAGCTGAAGAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131768 AGGAACGTCAGGATCAGATTCTCCAGGACAGGCTGTGGAAGCTGAAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGTAAAACAACTTGATATGGAACAGGTGGATGAGATCACTACCAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131818 TAGTAAAACAACTTGATATGGAACAGGTGGATGAGATCACTACCAGTACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACTACATCAACTAATGGAGCAGCTTACTCAAATCAAGCAGTTCAAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131868 ACTACATCAACTAATGGAGCAGCTTACTCAAATCAAGCAGTTCAAGTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACCATCACTAAACAATGGTTTAGAAGAAGCAGAAGAAACAGTTAATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131918 ACCATCACTAAACAATGGTTTAGAAGAAGCAGAAGAAACAGTTAATCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATATCCCACCCCTTACAG         CACCAGTAACTCCAGATAGTGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 131968 ATATCCCACCCCTTACAGGTG...TAGCACCAGTAACTCCAGATAGTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TATTCATCAGCCCACGCGGAGGCCACCTATGAAGAAGACTGGGAAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137389 TATTCATCAGCCCACGCGGAGGCCACCTATGAAGAAGACTGGGAAGTATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGACCC         CTATTATTTCATCAAACATGTCCCGCCACTGACAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137439 TGACCCGTG...TAGCTATTATTTCATCAAACATGTCCCGCCACTGACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGAACAACTAAATAGGAAACCTGCTCTTCCGTTGAAAACAAGAAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138048 AAGAACAACTAAATAGGAAACCTGCTCTTCCGTTGAAAACAAGAAGCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCGGAATTCTCCCTAGTTTTAGACTTG         GATGAAACACTAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 138098 CCGGAATTCTCCCTAGTTTTAGACTTGGTA...AAGGATGAAACACTAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCATTGTAGTCTAAATGAGCTAGAAGATGCAGCACTTACTTTTCCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140727 GCATTGTAGTCTAAATGAGCTAGAAGATGCAGCACTTACTTTTCCAGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTTTCCAAGATGTCATTTATCAG         GTTTATGTGAGATTAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 140777 TTTTCCAAGATGTCATTTATCAGGTA...TAGGTTTATGTGAGATTAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCATTTTTCAGGGAATTCCTGGAACGAATGTCTCAGATGTATGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 155602 CCATTTTTCAGGGAATTCCTGGAACGAATGTCTCAGATGTATGAGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033     ATCATTCTTTTTACTGCTTCTAAGAAGGTGTATGCAGACAAGTTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155652 .TAGATCATTCTTTTTACTGCTTCTAAGAAGGTGTATGCAGACAAGTTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAACATACTAGACCCTAAAAAGCAACTGGTCAG         GCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 155797 TGAACATACTAGACCCTAAAAAGCAACTGGTCAGGTA...TAGGCACCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTTTTCCGTGAACATTGTGTTTGTGTACAAGGAAACTATATAAAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160162 CTTTTCCGTGAACATTGTGTTTGTGTACAAGGAAACTATATAAAGGACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AAATATTCTTGGAAGAGATCTTTCAAAAACTATAATAATTGACAACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160212 AAATATTCTTGGAAGAGATCTTTCAAAAACTATAATAATTGACAACTCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CACAAGCCTTTGCATATCAG         CTTTCTAATGGAATCCCTATA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 160262 CACAAGCCTTTGCATATCAGGTA...TAGCTTTCTAATGGAATCCCTATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAAAGTTGGTTTATGGATAAAAATGACAATGAACTCCTAAAATTGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162318 GAAAGTTGGTTTATGGATAAAAATGACAATGAACTCCTAAAATTGATTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATTCCTGGAGAAGCTTGTAGAACTG         AATGAAGATGTTCGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 162368 ATTCCTGGAGAAGCTTGTAGAACTGGTA...CAGAATGAAGATGTTCGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1352 CACACATCAGAGACAGATTTCGCTTGCATGATTTGCTGCCCCCAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165111 CACACATCAGAGACAGATTTCGCTTGCATGATTTGCTGCCCCCAGAT