seq1 = pF1KB5596.tfa, 1983 bp
seq2 = pF1KB5596/gi568815597r_224293828.tfa (gi568815597r:224293828_224534024), 240197 bp

>pF1KB5596 1983
>gi568815597r:224293828_224534024 (Chr1)

(complement)

1-422  (99920-100341)   100% ->
423-522  (102244-102343)   100% ->
523-627  (102444-102548)   100% ->
628-764  (109371-109507)   100% ->
765-862  (114410-114507)   100% ->
863-1019  (115609-115765)   100% ->
1020-1158  (122460-122598)   100% ->
1159-1299  (129455-129595)   100% ->
1300-1419  (132956-133075)   100% ->
1420-1565  (134991-135136)   100% ->
1566-1644  (135432-135510)   100% ->
1645-1774  (135799-135928)   100% ->
1775-1960  (140012-140197)   100% ->
1961-1983  (144165-144187)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCCAATGGGGCAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGCGGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99920 ATGCAGGCCAATGGGGCAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGCGGCGGCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGGAGGAGGGGGCGGCGGGGGCCAGGGACAGACCCCGGAACTCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99970 TGGAGGAGGAGGGGGCGGCGGGGGCCAGGGACAGACCCCGGAACTCGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTGTCGGCCCAGAACGGGGAGTCGTCCCCCTCGTCGTCGTCGTCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 GCTTGTCGGCCCAGAACGGGGAGTCGTCCCCCTCGTCGTCGTCGTCCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGACCTGGCCCACGCCAATGGGCTCCTGCCTTCCGCCCCCTCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 GGGGACCTGGCCCACGCCAATGGGCTCCTGCCTTCCGCCCCCTCCGCCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCAACAATAGCAACAGCCTGAATGTCAATAACGGGGTTCCCGGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100120 CAGCAACAATAGCAACAGCCTGAATGTCAATAACGGGGTTCCCGGCGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCCGCCGCATCCTCAGCCACCGTCGCAGCTGCCTCCGCCACCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100170 CGGCCGCCGCATCCTCAGCCACCGTCGCAGCTGCCTCCGCCACCACCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCTCCTCTTCCTTGGCCACCCCAGAACTGGGCAGCAGCCTCAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100220 GCCTCCTCTTCCTTGGCCACCCCAGAACTGGGCAGCAGCCTCAAGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGCGGCTCTCCCAGTCAGATGAGGATGTCATTAGGCTAATAGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100270 GAAGCGGCTCTCCCAGTCAGATGAGGATGTCATTAGGCTAATAGGACAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTTGAATGGCTTAGGGCTCAA         CCAGACTGTTGATCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100320 ACTTGAATGGCTTAGGGCTCAAGTA...CAGCCAGACTGTTGATCTCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGCAAGAGTCAGGATGTCGTTTAGAACATCCTTCTGCTACCAAATTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102263 ATGCAAGAGTCAGGATGTCGTTTAGAACATCCTTCTGCTACCAAATTCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAATCATGTCATGGAAGGAGACTGGGATAAG         GCAGAAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102313 AAATCATGTCATGGAAGGAGACTGGGATAAGGTA...CAGGCAGAAAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCTGAATGAACTAAAGCCTTTAGTGCATTCTCCTCATGCTATTGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102454 ACCTGAATGAACTAAAGCCTTTAGTGCATTCTCCTCATGCTATTGTGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGAGGCGCACTTGAAATCTCTCAAACGTTGTTGGGAATAATTGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102504 AGAGGCGCACTTGAAATCTCTCAAACGTTGTTGGGAATAATTGTGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628     AGGATGAAGTTTTTGCTGCTGCAGCAGAAGTACCTAGAATACCTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102554 .CAGAGGATGAAGTTTTTGCTGCTGCAGCAGAAGTACCTAGAATACCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGATGGCAAGGTCCTGGAGGCACTTCAAGTTCTACGCTGTGAATTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109417 AGGATGGCAAGGTCCTGGAGGCACTTCAAGTTCTACGCTGTGAATTGACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCGCTGAAATACAATACAGAGCGCATTCATGTTCTTAGTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109467 CCGCTGAAATACAATACAGAGCGCATTCATGTTCTTAGTGGGTA...TAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTATCTGATGTGTAGCCATGCAGAAGACCTACGTGCAAAAGCAGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114410 GTATCTGATGTGTAGCCATGCAGAAGACCTACGTGCAAAAGCAGAATGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGGCAAAGGGACAGCTTCCCGATCTAAACTATTGGATAAACTTCAGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114460 AAGGCAAAGGGACAGCTTCCCGATCTAAACTATTGGATAAACTTCAGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    863        CCTATTTACCACCATCAGTGATGCTTCCCCCACGGCGTTTACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114510 A...AAGCCTATTTACCACCATCAGTGATGCTTCCCCCACGGCGTTTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GACTCTCCTGCGGCAGGCGGTGGAACTACAAAGGGATCGGTGCCTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115652 GACTCTCCTGCGGCAGGCGGTGGAACTACAAAGGGATCGGTGCCTATATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACAATACCAAACTTGATAATAATCTAGATTCTGTGTCTCTGCTTATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115702 ACAATACCAAACTTGATAATAATCTAGATTCTGTGTCTCTGCTTATAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CATGTTTGTAGTAG         GAGGCAGTTCCCATGTTATACGCAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 115752 CATGTTTGTAGTAGGTA...TAGGAGGCAGTTCCCATGTTATACGCAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GATACTTACGGAGCATTGTAATGAAGTGTGGTTCTGTAAATTCTCTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122487 GATACTTACGGAGCATTGTAATGAAGTGTGGTTCTGTAAATTCTCTAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATGGCACTAAACTAGCAACAGGATCAAAAGATACAACAGTTATCATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122537 ATGGCACTAAACTAGCAACAGGATCAAAAGATACAACAGTTATCATATGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAAGTTGATCCG         GATACACACCTGCTAAAACTGCTTAAAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 122587 CAAGTTGATCCGGTA...CAGGATACACACCTGCTAAAACTGCTTAAAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATTAGAAGGACATGCTTATGGCGTTTCTTATATTGCATGGAGTCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129484 ATTAGAAGGACATGCTTATGGCGTTTCTTATATTGCATGGAGTCCAGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACAACTATCTTGTTGCTTGTGGCCCAGATGACTGCTCTGAGCTTTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129534 ACAACTATCTTGTTGCTTGTGGCCCAGATGACTGCTCTGAGCTTTGGCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TGGAATGTACAA         ACAGGAGAACTAAGGACAAAAATGAGCCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 129584 TGGAATGTACAAGTG...TAGACAGGAGAACTAAGGACAAAAATGAGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GTCTCATGAAGACAGTTTGACAAGTGTGGCTTGGAATCCAGATGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132985 GTCTCATGAAGACAGTTTGACAAGTGTGGCTTGGAATCCAGATGGGAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCTTTGTGACTGGAGGTCAGCGTGGGCAGTTCTATCAGTGT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 133035 GCTTTGTGACTGGAGGTCAGCGTGGGCAGTTCTATCAGTGTGTA...CAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GACTTAGATGGTAATCTCCTTGACTCCTGGGAAGGGGTAAGAGTGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134991 GACTTAGATGGTAATCTCCTTGACTCCTGGGAAGGGGTAAGAGTGCAATG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCTTTGGTGCTTGAGTGATGGAAAGACTGTTCTGGCATCAGATACACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135041 CCTTTGGTGCTTGAGTGATGGAAAGACTGTTCTGGCATCAGATACACACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGCGAATTCGGGGCTATAACTTCGAGGACCTTACAGATAGGAACAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 135091 AGCGAATTCGGGGCTATAACTTCGAGGACCTTACAGATAGGAACATGTA.

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566      AGTACAAGAAGATCATCCTATTATGTCTTTTACTATTTCAAAAAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135141 ..CAGAGTACAAGAAGATCATCCTATTATGTCTTTTACTATTTCAAAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGGCCGATTAGCTTTGTTAAATGTAGCAACTCAG         GGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 135477 TGGCCGATTAGCTTTGTTAAATGTAGCAACTCAGGTA...CAGGGAGTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 ATTTATGGGACTTGCAAGACAGAGTTTTAGTAAGAAAGTATCAAGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135806 ATTTATGGGACTTGCAAGACAGAGTTTTAGTAAGAAAGTATCAAGGTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ACACAAGGGTTTTATACAATTCATTCATGTTTTGGAGGCCATAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135856 ACACAAGGGTTTTATACAATTCATTCATGTTTTGGAGGCCATAATGAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CTTCATCGCTAGTGGCAGTGAAG         ATCACAAGGTTTACATCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 135906 CTTCATCGCTAGTGGCAGTGAAGGTA...CAGATCACAAGGTTTACATCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GGCACAAACGTAGTGAACTGCCAATTGCGGAGCTGACAGGGCACACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140030 GGCACAAACGTAGTGAACTGCCAATTGCGGAGCTGACAGGGCACACACGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 ACAGTAAACTGTGTGAGCTGGAACCCACAGATTCCATCCATGATGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140080 ACAGTAAACTGTGTGAGCTGGAACCCACAGATTCCATCCATGATGGCCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CGCCTCAGATGATGGCACTGTTAGAATATGGGGACCAGCACCTTTTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140130 CGCCTCAGATGATGGCACTGTTAGAATATGGGGACCAGCACCTTTTATAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 ACCACCAGAATATTGAAG         AGGAATGCAGTAGCATGGATAGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 140180 ACCACCAGAATATTGAAGGTA...CAGAGGAATGCAGTAGCATGGATAGT