seq1 = pF1KB5590.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KB5590/gi568815592r_131849267.tfa (gi568815592r:131849267_132051172), 201906 bp

>pF1KB5590 1047
>gi568815592r:131849267_132051172 (Chr6)

(complement)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-289  (100181-100403)   98% ->
290-541  (100630-100881)   100% ->
542-753  (101013-101224)   100% ->
754-1047  (101613-101906)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGCCGCCAGTATGGGCCCCGTCCGCGTCGCCTTCGTGGTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGCCGCCAGTATGGGCCCCGTCCGCGTCGCCTTCGTGGTCCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCCTCTGCAGCCGG         CCGGCCGTCGGCCAGAACTGCAGCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCCTCTGCAGCCGGGTA...CAGCCGGCCGTCGGCCAGAACTGCAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCCGTGCCGGTGCCCGGACGAGCCGGCGCCGCGCTGCCCGGCGGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100206 GGCCGTGCCGGTGCCCGGACGAGCCGGCGCCGCGCTGCCCGGCGGGCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCTCGTGCTGGACGGCTGCGGCTGCTGCCGCGTCTGCGCCAAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100256 AGCCTCGTGCTGGACGGCTGCGGCTGCTGCCGCGTCTGCGCCAAGCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCGAGCTGTGCACCGAGCGCGACCCCTGCGACCCGCACAAGGGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
 100306 GGGCGAGCTGTGCACCGAGCGCGACCCATGCGACCCGCACAAGGGCCTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTGTGACTTCGGCTCCCCGGCCAACCGCAAGATCGGCGTGTGCACCG  
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100356 TCTGTCACTTCGGCTCCCCGGCCAACCGCAAGATCGGCGTGTGCACCGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290        CCAAAGATGGTGCTCCCTGCATCTTCGGTGGTACGGTGTACCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100406 A...CAGCCAAAGATGGTGCTCCCTGCATCTTCGGTGGTACGGTGTACCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCGGAGAGTCCTTCCAGAGCAGCTGCAAGTACCAGTGCACGTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100673 CAGCGGAGAGTCCTTCCAGAGCAGCTGCAAGTACCAGTGCACGTGCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGGGGCGGTGGGCTGCATGCCCCTGTGCAGCATGGACGTTCGTCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100723 ACGGGGCGGTGGGCTGCATGCCCCTGTGCAGCATGGACGTTCGTCTGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGCCCTGACTGCCCCTTCCCGAGGAGGGTCAAGCTGCCCGGGAAATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100773 AGCCCTGACTGCCCCTTCCCGAGGAGGGTCAAGCTGCCCGGGAAATGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGAGGAGTGGGTGTGTGACGAGCCCAAGGACCAAACCGTGGTTGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100823 CGAGGAGTGGGTGTGTGACGAGCCCAAGGACCAAACCGTGGTTGGGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCTCGCGG         CTTACCGACTGGAAGACACGTTTGGCCCAGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100873 CCCTCGCGGGTG...CAGCTTACCGACTGGAAGACACGTTTGGCCCAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCAACTATGATTAGAGCCAACTGCCTGGTCCAGACCACAGAGTGGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101045 CCAACTATGATTAGAGCCAACTGCCTGGTCCAGACCACAGAGTGGAGCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGTTCCAAGACCTGTGGGATGGGCATCTCCACCCGGGTTACCAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101095 CTGTTCCAAGACCTGTGGGATGGGCATCTCCACCCGGGTTACCAATGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACGCCTCCTGCAGGCTAGAGAAGCAGAGCCGCCTGTGCATGGTCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101145 ACGCCTCCTGCAGGCTAGAGAAGCAGAGCCGCCTGTGCATGGTCAGGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGCGAAGCTGACCTGGAAGAGAACATTAAG         AAGGGCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101195 TGCGAAGCTGACCTGGAAGAGAACATTAAGGTA...TAGAAGGGCAAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTGCATCCGTACTCCCAAAATCTCCAAGCCTATCAAGTTTGAGCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101624 GTGCATCCGTACTCCCAAAATCTCCAAGCCTATCAAGTTTGAGCTTTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCTGCACCAGCATGAAGACATACCGAGCTAAATTCTGTGGAGTATGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101674 GCTGCACCAGCATGAAGACATACCGAGCTAAATTCTGTGGAGTATGTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACGGCCGATGCTGCACCCCCCACAGAACCACCACCCTGCCGGTGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101724 GACGGCCGATGCTGCACCCCCCACAGAACCACCACCCTGCCGGTGGAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAAGTGCCCTGACGGCGAGGTCATGAAGAAGAACATGATGTTCATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101774 CAAGTGCCCTGACGGCGAGGTCATGAAGAAGAACATGATGTTCATCAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCTGTGCCTGCCATTACAACTGTCCCGGAGACAATGACATCTTTGAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101824 CCTGTGCCTGCCATTACAACTGTCCCGGAGACAATGACATCTTTGAATCG

   1050     .    :    .    :    .    :
   1015 CTGTACTACAGGAAGATGTACGGAGACATGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101874 CTGTACTACAGGAAGATGTACGGAGACATGGCA