seq1 = pF1KB5585.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KB5585/gi568815593r_149405482.tfa (gi568815593r:149405482_149650964), 245483 bp

>pF1KB5585 975
>gi568815593r:149405482_149650964 (Chr5)

(complement)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-230  (100784-100890)   100% ->
231-357  (125794-125920)   100% ->
358-456  (130577-130675)   100% ->
457-596  (137756-137895)   100% ->
597-675  (139093-139171)   100% ->
676-750  (141012-141086)   100% ->
751-857  (143832-143938)   100% ->
858-975  (145370-145484)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAGTAGCAGCGGCTCCAAGGCTGAATTCATTGTCGGAGGGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAGTAGCAGCGGCTCCAAGGCTGAATTCATTGTCGGAGGGAAATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAACTGGTACGGAAGATCGGGTCTGGCTCCTTCGGGGACATCTATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAACTGGTACGGAAGATCGGGTCTGGCTCCTTCGGGGACATCTATTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGATCAACATCACCAACGGCGAG         GAAGTGGCAGTGAAGCTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 CGATCAACATCACCAACGGCGAGGTA...CAGGAAGTGGCAGTGAAGCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAATCTCAGAAGGCCAGGCATCCCCAGTTGCTGTACGAGAGCAAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100802 GAATCTCAGAAGGCCAGGCATCCCCAGTTGCTGTACGAGAGCAAGCTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAAGATTCTTCAAGGTGGGGTTGGCATCCCCCACATACG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100852 TAAGATTCTTCAAGGTGGGGTTGGCATCCCCCACATACGGTA...TAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGTATGGTCAGGAAAAAGACTACAATGTACTAGTCATGGATCTTCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125796 GGTATGGTCAGGAAAAAGACTACAATGTACTAGTCATGGATCTTCTGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTAGCCTCGAAGACCTCTTCAATTTCTGTTCAAGAAGGTTCACAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125846 CCTAGCCTCGAAGACCTCTTCAATTTCTGTTCAAGAAGGTTCACAATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACTGTACTTATGTTAGCTGACCAG         ATGATCAGTAGAATTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 125896 AACTGTACTTATGTTAGCTGACCAGGTA...CAGATGATCAGTAGAATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATATGTGCATACAAAGAATTTTATACACAGAGACATTAAACCAGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130593 AATATGTGCATACAAAGAATTTTATACACAGAGACATTAAACCAGATAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCCTAATGGGTATTGGGCGTCACTGTAATAAG         TTATTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 130643 TTCCTAATGGGTATTGGGCGTCACTGTAATAAGGTT...AAGTTATTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TATTGATTTTGGTTTGGCCAAAAAGTACAGAGACAACAGGACAAGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137764 TATTGATTTTGGTTTGGCCAAAAAGTACAGAGACAACAGGACAAGGCAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACATACCATACAGAGAAGATAAAAACCTCACTGGCACTGCCCGATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137814 ACATACCATACAGAGAAGATAAAAACCTCACTGGCACTGCCCGATATGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCATCAATGCACATCTTGGTATTGAGCAGAG         TCGCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 137864 AGCATCAATGCACATCTTGGTATTGAGCAGAGGTA...TAGTCGCCGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGACATGGAATCATTAGGATATGTTTTGATGTATTTTAATAGAACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139102 TGACATGGAATCATTAGGATATGTTTTGATGTATTTTAATAGAACCAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCCATGGCAAGGGCTAAAG         GCTGCAACAAAGAAACAAAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 139152 TGCCATGGCAAGGGCTAAAGGTA...CAGGCTGCAACAAAGAAACAAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TATGAAAAGATTAGTGAAAAGAAGATGTCCACGCCTGTTGAAGTTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141033 TATGAAAAGATTAGTGAAAAGAAGATGTCCACGCCTGTTGAAGTTTTATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAAG         GGGTTTCCTGCAGAATTTGCGATGTACTTAAACTATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141083 TAAGGTA...TAGGGGTTTCCTGCAGAATTTGCGATGTACTTAAACTATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTCGTGGGCTACGCTTTGAGGAAGCCCCAGATTACATGTATCTGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143869 GTCGTGGGCTACGCTTTGAGGAAGCCCCAGATTACATGTATCTGAGGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTATTCCGCATTCTTTTCAG         GACCCTGAACCATCAATATGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 143919 CTATTCCGCATTCTTTTCAGGTC...CAGGACCCTGAACCATCAATATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTACACATTTGATTGGACAATGTTAAAGCAGAAAGCAGCACAGCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145391 CTACACATTTGATTGGACAATGTTAAAGCAGAAAGCAGCACAGCAGGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    929 CCTCTTCCAGTGGGCAGGGTCAGCAGGCCCAAACCCCCACAGGTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||---|
 145441 CCTCTTCCAGTGGGCAGGGTCAGCAGGCCCAAACCCCCACAGG   C