seq1 = pF1KB5574.tfa, 636 bp
seq2 = pF1KB5574/gi568815596f_241459484.tfa (gi568815596f:241459484_241672419), 212936 bp

>pF1KB5574 636
>gi568815596f:241459484_241672419 (Chr2)

1-220  (100001-100220)   100% ->
221-349  (102865-102993)   100% ->
350-513  (110642-110805)   100% ->
514-636  (112814-112936)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTGCTGCGGCGCTCCTCGGTCTTCGCCGCCGAGATCATGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGTGCTGCGGCGCTCCTCGGTCTTCGCCGCCGAGATCATGGACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGACCGCTCGCCCACAGACAAGGAGCTGGTGGCCCAGGCCAAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTGACCGCTCGCCCACAGACAAGGAGCTGGTGGCCCAGGCCAAGGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCCGGGAGTACGTGCACGCGCGGCTGCTGCGCGCCGGCCTCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGCCGGGAGTACGTGCACGCGCGGCTGCTGCGCGCCGGCCTCTCCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGCGCCCGAGCGTGCCGCGCCGGTCCCGGGACGCCTGGCTGAGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCGCGCCCGAGCGTGCCGCGCCGGTCCCGGGACGCCTGGCTGAGGTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGGTGCTGCTGCGCCTGG         GCGATGAGCTGGAGATGATCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100201 CGCGGTGCTGCTGCGCCTGGGTG...CAGGCGATGAGCTGGAGATGATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCCCAGCGTCTACCGCAACGTGGCGCGTCAGCTGCACATCTCCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102886 GGCCCAGCGTCTACCGCAACGTGGCGCGTCAGCTGCACATCTCCCTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGAGCCTGTGGTGACCGATGCGTTCCTGGCCGTGGCTGGCCACATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102936 TCTGAGCCTGTGGTGACCGATGCGTTCCTGGCCGTGGCTGGCCACATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCTGCAG         GCATCACGTGGGGCAAGGTGGTGTCCCTGTATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102986 CTCTGCAGGTA...CAGGCATCACGTGGGGCAAGGTGGTGTCCCTGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGGTGGCCGCGGGGCTGGCCGTGGACTGTGTGAGGCAGGCCCAGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110675 CGGTGGCCGCGGGGCTGGCCGTGGACTGTGTGAGGCAGGCCCAGCCTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGGTCCACGCCCTCGTGGACTGCCTGGGGGAGTTCGTGCGCAAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110725 ATGGTCCACGCCCTCGTGGACTGCCTGGGGGAGTTCGTGCGCAAGACCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCAACCTGGCTGCGGAGACGCGGCGGATGG         ACTGATGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110775 GGCAACCTGGCTGCGGAGACGCGGCGGATGGGTG...CAGACTGATGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAAGTGTGTGGTCAGCACAGACCCTGGCCTCCGCTCCCACTGGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112824 TCAAGTGTGTGGTCAGCACAGACCCTGGCCTCCGCTCCCACTGGCTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTGCACTCTGCAGCTTCGGCCGCTTCCTGAAGGCTGCCTTCTTCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112874 GCTGCACTCTGCAGCTTCGGCCGCTTCCTGAAGGCTGCCTTCTTCGTGCT

    650     .    :
    624 GCTGCCAGAGAGA
        |||||||||||||
 112924 GCTGCCAGAGAGA