seq1 = pF1KB5565.tfa, 2211 bp
seq2 = pF1KB5565/gi568815595r_145970720.tfa (gi568815595r:145970720_146260989), 290270 bp

>pF1KB5565 2211
>gi568815595r:145970720_146260989 (Chr3)

(complement)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-201  (136761-136852)   100% ->
202-338  (139742-139878)   100% ->
339-502  (150542-150705)   100% ->
503-615  (154346-154458)   100% ->
616-679  (156648-156711)   100% ->
680-777  (158138-158235)   100% ->
778-879  (169089-169190)   100% ->
880-1005  (172279-172404)   100% ->
1006-1127  (174082-174203)   100% ->
1128-1232  (175717-175821)   100% ->
1233-1358  (179127-179252)   100% ->
1359-1500  (181733-181874)   100% ->
1501-1614  (184095-184208)   100% ->
1615-1680  (187638-187703)   100% ->
1681-1785  (188325-188429)   100% ->
1786-1932  (189567-189713)   100% ->
1933-2058  (189823-189948)   100% ->
2059-2211  (190118-190270)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGGATGCACGGTGAAGCCTCAGCTGCTGCTCCTGGCGCTCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGGATGCACGGTGAAGCCTCAGCTGCTGCTCCTGGCGCTCGTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACCCCTGGAATCCCTGTCTGGGTGCGGACTCGGAGAAGCCCTCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACCCCTGGAATCCCTGTCTGGGTGCGGACTCGGAGAAGCCCTCGAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCCACAG         ATAAATTATTAGTCATAACTGTAGCAACAAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCCCACAGGTG...CAGATAAATTATTAGTCATAACTGTAGCAACAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAAGTGATGGATTCCATCGATTTATGCAGTCAGCCAAATATTTCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136793 GAAAGTGATGGATTCCATCGATTTATGCAGTCAGCCAAATATTTCAATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACTGTGAAG         GTCCTTGGTCAAGGAGAAGAATGGAGAGGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 136843 TACTGTGAAGGTA...TAGGTCCTTGGTCAAGGAGAAGAATGGAGAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGATGGAATTAATAGTATTGGAGGGGGCCAGAAAGTGAGATTAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139773 GTGATGGAATTAATAGTATTGGAGGGGGCCAGAAAGTGAGATTAATGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGTCATGGAACACTATGCTGATCAAGATGATCTGGTTGTCATGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139823 GAAGTCATGGAACACTATGCTGATCAAGATGATCTGGTTGTCATGTTTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAATG         CTTTGATGTCATATTTGCTGGTGGTCCAGAAGAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139873 TGAATGGTA...CAGCTTTGATGTCATATTTGCTGGTGGTCCAGAAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCTAAAAAAATTCCAAAAGGCAAACCACAAAGTGGTCTTTGCAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150577 TTCTAAAAAAATTCCAAAAGGCAAACCACAAAGTGGTCTTTGCAGCAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAATTTTGTGGCCAGATAAAAGACTAGCAGACAAGTATCCTGTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150627 GGAATTTTGTGGCCAGATAAAAGACTAGCAGACAAGTATCCTGTTGTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTGGGAAACGCTATCTGAATTCAGGAG         GATTTATTGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 150677 CATTGGGAAACGCTATCTGAATTCAGGAGGTG...CAGGATTTATTGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCTCCATATGTCAACCGTATAGTTCAACAATGGAATCTCCAGGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154358 ATGCTCCATATGTCAACCGTATAGTTCAACAATGGAATCTCCAGGATAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATGATGATCAGCTCTTTTACACTAAAGTTTACATTGATCCACTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154408 GATGATGATCAGCTCTTTTACACTAAAGTTTACATTGATCCACTGAAAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 G         GAAGCTATTAACATCACATTGGATCACAAATGCAAAATTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154458 GGTG...TAGGAAGCTATTAACATCACATTGGATCACAAATGCAAAATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCAGACCTTAAATGGAGCTGTAG         ATGAAGTTGTTTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 156688 TCCAGACCTTAAATGGAGCTGTAGGTA...CAGATGAAGTTGTTTTAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTTGAAAATGGCAAAGCCAGAGCTAAGAATACATTTTATGAAACATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158155 TTTGAAAATGGCAAAGCCAGAGCTAAGAATACATTTTATGAAACATTACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTGGCAATTAATGGAAATGGACCCACCAAG         ATTCTCCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 158205 AGTGGCAATTAATGGAAATGGACCCACCAAGGTA...AAGATTCTCCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATTATTTTGGAAACTATGTACCCAATTCATGGACACAGGATAATGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169099 ATTATTTTGGAAACTATGTACCCAATTCATGGACACAGGATAATGGCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACTCTTTGTGAATTCGATACAGTCGACTTGTCTGCAGTAGAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 169149 ACTCTTTGTGAATTCGATACAGTCGACTTGTCTGCAGTAGATGTA...AA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880  GTCCATCCAAACGTATCAATAGGTGTTTTTATTGAGCAACCAACCCCTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172278 GGTCCATCCAAACGTATCAATAGGTGTTTTTATTGAGCAACCAACCCCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTCTACCTCGGTTTCTGGACATATTGTTGACACTGGATTACCCAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172328 TTCTACCTCGGTTTCTGGACATATTGTTGACACTGGATTACCCAAAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCACTTAAACTTTTTATTCATAACAAA         GAAGTTTATCATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 172378 GCACTTAAACTTTTTATTCATAACAAAGTA...CAGGAAGTTTATCATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAAGGACATCAAGGTATTTTTTGATAAAGCTAAGCATGAAATCAAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174096 AAAGGACATCAAGGTATTTTTTGATAAAGCTAAGCATGAAATCAAAACTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAAAAATAGTAGGACCAGAAGAAAATCTAAGTCAAGCGGAAGCCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174146 TAAAAATAGTAGGACCAGAAGAAAATCTAAGTCAAGCGGAAGCCAGAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATGGGAAT         GGACTTTTGCCGTCAGGATGAAAAGTGTGATTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 174196 ATGGGAATGTA...TAGGGACTTTTGCCGTCAGGATGAAAAGTGTGATTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTACTTTAGTGTGGATGCAGATGTTGTTTTGACAAATCCAAGGACTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175750 TTACTTTAGTGTGGATGCAGATGTTGTTTTGACAAATCCAAGGACTTTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAATTTTGATTGAACAAAACAG         AAAGATCATTGCTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 175800 AAATTTTGATTGAACAAAACAGGTA...TAGAAAGATCATTGCTCCTCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTAACTCGTCATGGAAAGCTGTGGTCCAATTTCTGGGGAGCATTGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179146 GTAACTCGTCATGGAAAGCTGTGGTCCAATTTCTGGGGAGCATTGAGTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGATGGATACTATGCACGATCTGAAGATTATGTGGATATTGTTCAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179196 TGATGGATACTATGCACGATCTGAAGATTATGTGGATATTGTTCAAGGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATAGAGT         AGGAGTATGGAATGTCCCATATATGGCTAATGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179246 ATAGAGTGTA...CAGAGGAGTATGGAATGTCCCATATATGGCTAATGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TACTTAATTAAAGGAAAGACACTCCGATCAGAGATGAATGAAAGGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181767 TACTTAATTAAAGGAAAGACACTCCGATCAGAGATGAATGAAAGGAACTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TTTTGTTCGTGATAAACTGGATCCTGATATGGCTCTTTGCCGAAATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181817 TTTTGTTCGTGATAAACTGGATCCTGATATGGCTCTTTGCCGAAATGCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAGAAATG         GGTGTATTTATGTACATTTCTAATAGACATGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 181867 GAGAAATGGTA...TAGGGTGTATTTATGTACATTTCTAATAGACATGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TTTGGAAGGCTATTATCCACTGCTAATTACAATACTTCCCATTATAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184128 TTTGGAAGGCTATTATCCACTGCTAATTACAATACTTCCCATTATAACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGACCTCTGGCAGATTTTTGAAAATCCTGTG         GACTGGAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 184178 TGACCTCTGGCAGATTTTTGAAAATCCTGTGGTA...TAGGACTGGAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AAAAGTATATAAACCGTGATTATTCAAAGATTTTCACTGAAAATATAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187648 AAAAGTATATAAACCGTGATTATTCAAAGATTTTCACTGAAAATATAGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAACAG         CCCTGTCCAGATGTCTTTTGGTTCCCCATATTTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187698 GAACAGGTT...TAGCCCTGTCCAGATGTCTTTTGGTTCCCCATATTTTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGAAAAAGCCTGTGATGAATTGGTAGAAGAAATGGAACATTACGGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188360 TGAAAAAGCCTGTGATGAATTGGTAGAAGAAATGGAACATTACGGCAAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GGTCTGGGGGAAAACATCAT         GATAGCCGTATATCTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 188410 GGTCTGGGGGAAAACATCATGTA...TAGGATAGCCGTATATCTGGTGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 TATGAAAATGTCCCAACTGATGATATCCACATGAAGCAAGTTGATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189588 TATGAAAATGTCCCAACTGATGATATCCACATGAAGCAAGTTGATCTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GAATGTATGGCTTCATTTTATCCGGGAGTTCATTGCACCAGTTACACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189638 GAATGTATGGCTTCATTTTATCCGGGAGTTCATTGCACCAGTTACACTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 AGGTCTTTGCAGGCTATTATACGAAG         GGATTTGCACTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 189688 AGGTCTTTGCAGGCTATTATACGAAGGTA...CAGGGATTTGCACTACTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AATTTTGTAGTAAAATACTCCCCTGAACGACAGCGTTCTCTTCGTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189838 AATTTTGTAGTAAAATACTCCCCTGAACGACAGCGTTCTCTTCGTCCTCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 TCATGATGCTTCTACATTTACCATAAACATTGCACTTAATAACGTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189888 TCATGATGCTTCTACATTTACCATAAACATTGCACTTAATAACGTGGGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 AAGACTTTCAG         GGAGGTGGTTGCAAATTTCTAAGGTACAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 189938 AAGACTTTCAGGTA...TAGGGAGGTGGTTGCAAATTTCTAAGGTACAAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 TGCTCTATTGAGTCACCACGAAAAGGCTGGAGCTTCATGCATCCTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190148 TGCTCTATTGAGTCACCACGAAAAGGCTGGAGCTTCATGCATCCTGGGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 ACTCACACATTTGCATGAAGGACTTCCTGTTAAAAATGGAACAAGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190198 ACTCACACATTTGCATGAAGGACTTCCTGTTAAAAATGGAACAAGATACA

   2350     .    :    .    :
   2189 TTGCAGTGTCATTTATAGATCCC
        |||||||||||||||||||||||
 190248 TTGCAGTGTCATTTATAGATCCC