seq1 = pF1KB5561.tfa, 1491 bp
seq2 = pF1KB5561/gi568815586f_68709206.tfa (gi568815586f:68709206_68939846), 230641 bp

>pF1KB5561 1491
>gi568815586f:68709206_68939846 (Chr12)

13-99  (100001-100087)   100% ->
100-174  (104349-104423)   100% ->
175-308  (107607-107740)   100% ->
309-358  (111120-111169)   100% ->
359-426  (115158-115225)   100% ->
427-523  (115350-115446)   100% ->
524-684  (119566-119726)   100% ->
685-840  (126624-126779)   100% ->
841-918  (127467-127544)   100% ->
919-1491  (130069-130641)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     13 AGGCAAATGTGCAATACCAACATGTCTGTACCTACTGATGGTGCTGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGCAAATGTGCAATACCAACATGTCTGTACCTACTGATGGTGCTGTAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 CACCTCACAGATTCCAGCTTCGGAACAAGAGACCCTG         GTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 CACCTCACAGATTCCAGCTTCGGAACAAGAGACCCTGGTT...TAGGTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    104 GACCAAAGCCATTGCTTTTGAAGTTATTAAAGTCTGTTGGTGCACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104353 GACCAAAGCCATTGCTTTTGAAGTTATTAAAGTCTGTTGGTGCACAAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154 GACACTTATACTATGAAAGAG         GTTCTTTTTTATCTTGGCCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104403 GACACTTATACTATGAAAGAGGTA...CAGGTTCTTTTTTATCTTGGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195 GTATATTATGACTAAACGATTATATGATGAGAAGCAACAACATATTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107627 GTATATTATGACTAAACGATTATATGATGAGAAGCAACAACATATTGTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245 ATTGTTCAAATGATCTTCTAGGAGATTTGTTTGGCGTGCCAAGCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107677 ATTGTTCAAATGATCTTCTAGGAGATTTGTTTGGCGTGCCAAGCTTCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 GTGAAAGAGCACAG         GAAAATATATACCATGATCTACAGGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107727 GTGAAAGAGCACAGGTA...AAGGAAAATATATACCATGATCTACAGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336 CTTGGTAGTAGTCAATCAGCAGG         AATCATCGGACTCAGGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111147 CTTGGTAGTAGTCAATCAGCAGGGTA...CAGAATCATCGGACTCAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377 CATCTGTGAGTGAGAACAGGTGTCACCTTGAAGGTGGGAGTGATCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115176 CATCTGTGAGTGAGAACAGGTGTCACCTTGAAGGTGGGAGTGATCAAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427          GACCTTGTACAAGAGCTTCAGGAAGAGAAACCTTCATCTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115226 GTA...TAGGACCTTGTACAAGAGCTTCAGGAAGAGAAACCTTCATCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468 ACATTTGGTTTCTAGACCATCTACCTCATCTAGAAGGAGAGCAATTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115391 ACATTTGGTTTCTAGACCATCTACCTCATCTAGAAGGAGAGCAATTAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518 AGACAG         AAGAAAATTCAGATGAATTATCTGGTGAACGACAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115441 AGACAGGTA...CAGAAGAAAATTCAGATGAATTATCTGGTGAACGACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    559 AGAAAACGCCACAAATCTGATAGTATTTCCCTTTCCTTTGATGAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119601 AGAAAACGCCACAAATCTGATAGTATTTCCCTTTCCTTTGATGAAAGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    609 GGCTCTGTGTGTAATAAGGGAGATATGTTGTGAAAGAAGCAGTAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119651 GGCTCTGTGTGTAATAAGGGAGATATGTTGTGAAAGAAGCAGTAGCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659 AATCTACAGGGACGCCATCGAATCCG         GATCTTGATGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119701 AATCTACAGGGACGCCATCGAATCCGGTA...TAGGATCTTGATGCTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 GTAAGTGAACATTCAGGTGATTGGTTGGATCAGGATTCAGTTTCAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126639 GTAAGTGAACATTCAGGTGATTGGTTGGATCAGGATTCAGTTTCAGATCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 GTTTAGTGTAGAATTTGAAGTTGAATCTCTCGACTCAGAAGATTATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126689 GTTTAGTGTAGAATTTGAAGTTGAATCTCTCGACTCAGAAGATTATAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 TTAGTGAAGAAGGACAAGAACTCTCAGATGAAGATGATGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 126739 TTAGTGAAGAAGGACAAGAACTCTCAGATGAAGATGATGAGGTA...TAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841 GTATATCAAGTTACTGTGTATCAGGCAGGGGAGAGTGATACAGATTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127467 GTATATCAAGTTACTGTGTATCAGGCAGGGGAGAGTGATACAGATTCATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    891 TGAAGAAGATCCTGAAATTTCCTTAGCT         GACTATTGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 127517 TGAAGAAGATCCTGAAATTTCCTTAGCTGTA...AAGGACTATTGGAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    932 GCACTTCATGCAATGAAATGAATCCCCCCCTTCCATCACATTGCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130082 GCACTTCATGCAATGAAATGAATCCCCCCCTTCCATCACATTGCAACAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982 TGTTGGGCCCTTCGTGAGAATTGGCTTCCTGAAGATAAAGGGAAAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130132 TGTTGGGCCCTTCGTGAGAATTGGCTTCCTGAAGATAAAGGGAAAGATAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1032 AGGGGAAATCTCTGAGAAAGCCAAACTGGAAAACTCAACACAAGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130182 AGGGGAAATCTCTGAGAAAGCCAAACTGGAAAACTCAACACAAGCTGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082 AGGGCTTTGATGTTCCTGATTGTAAAAAAACTATAGTGAATGATTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130232 AGGGCTTTGATGTTCCTGATTGTAAAAAAACTATAGTGAATGATTCCAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1132 GAGTCATGTGTTGAGGAAAATGATGATAAAATTACACAAGCTTCACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130282 GAGTCATGTGTTGAGGAAAATGATGATAAAATTACACAAGCTTCACAATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1182 ACAAGAAAGTGAAGACTATTCTCAGCCATCAACTTCTAGTAGCATTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130332 ACAAGAAAGTGAAGACTATTCTCAGCCATCAACTTCTAGTAGCATTATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1232 ATAGCAGCCAAGAAGATGTGAAAGAGTTTGAAAGGGAAGAAACCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130382 ATAGCAGCCAAGAAGATGTGAAAGAGTTTGAAAGGGAAGAAACCCAAGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282 AAAGAAGAGAGTGTGGAATCTAGTTTGCCCCTTAATGCCATTGAACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130432 AAAGAAGAGAGTGTGGAATCTAGTTTGCCCCTTAATGCCATTGAACCTTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332 TGTGATTTGTCAAGGTCGACCTAAAAATGGTTGCATTGTCCATGGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130482 TGTGATTTGTCAAGGTCGACCTAAAAATGGTTGCATTGTCCATGGCAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1382 CAGGACATCTTATGGCCTGCTTTACATGTGCAAAGAAGCTAAAGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130532 CAGGACATCTTATGGCCTGCTTTACATGTGCAAAGAAGCTAAAGAAAAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1432 AATAAGCCCTGCCCAGTATGTAGACAACCAATTCAAATGATTGTGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130582 AATAAGCCCTGCCCAGTATGTAGACAACCAATTCAAATGATTGTGCTAAC

   1550     .    :
   1482 TTATTTCCCC
        ||||||||||
 130632 TTATTTCCCC