seq1 = pF1KB5558.tfa, 1719 bp
seq2 = pF1KB5558/gi568815596r_197387049.tfa (gi568815596r:197387049_197598848), 211800 bp

>pF1KB5558 1719
>gi568815596r:197387049_197598848 (Chr2)

(complement)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-427  (101457-101709)   99% ->
428-510  (103473-103555)   100% ->
511-606  (104097-104192)   100% ->
607-700  (104599-104692)   100% ->
701-869  (105357-105525)   100% ->
870-969  (108553-108652)   100% ->
970-1215  (109602-109847)   100% ->
1216-1390  (110358-110532)   100% ->
1391-1569  (110813-110991)   100% ->
1570-1719  (111651-111800)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCGGTTACCCACAGTCTTTCGCCAGATGAGACCGGTGTCCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTCGGTTACCCACAGTCTTTCGCCAGATGAGACCGGTGTCCAGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGGCTCCTCATCTCACTCGGGCTTATGCCAAAGATGTAAAATTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGGCTCCTCATCTCACTCGGGCTTATGCCAAAGATGTAAAATTTGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGATGCCCGAGCCTTAATGCTTCAAGGTGTAGACCTTTTAGCCGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGATGCCCGAGCCTTAATGCTTCAAGGTGTAGACCTTTTAGCCGATGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGCCGTTACAATGGGGCCAAAG         GGAAGAACAGTGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 GTGGCCGTTACAATGGGGCCAAAGGTA...TAGGGAAGAACAGTGATTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGCAGAGTTGGGGAAGTCCCAAAGTAACAAAAGATGGTGTGACTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101474 TGAGCAGAGTTGGGGAAGTCCCAAAGTAACAAAAGATGGTGTGACTGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAAGTCAATTGACTTAAAAGATAAATACAAGAACATTGGAGCTAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 101524 CAAAGTCAATTGACTTAAAAGATAAATACAAAAACATTGGAGCTAAACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTCAAGATGTTGCCAATAACACAAATGAAGAAGCTGGGGATGGCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101574 GTTCAAGATGTTGCCAATAACACAAATGAAGAAGCTGGGGATGGCACTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACTGCTACTGTACTGGCACGCTCTATAGCCAAGGAAGGCTTCGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101624 CACTGCTACTGTACTGGCACGCTCTATAGCCAAGGAAGGCTTCGAGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTAGCAAAGGTGCTAATCCAGTGGAAATCAGGAGAG         GTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101674 TTAGCAAAGGTGCTAATCCAGTGGAAATCAGGAGAGGTA...TAGGTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGTTAGCTGTTGATGCTGTAATTGCTGAACTTAAAAAGCAGTCTAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103478 ATGTTAGCTGTTGATGCTGTAATTGCTGAACTTAAAAAGCAGTCTAAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGACCACCCCTGAAGAAATTGCACAG         GTTGCTACGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103528 TGTGACCACCCCTGAAGAAATTGCACAGGTA...CAGGTTGCTACGATTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGCAAACGGAGACAAAGAAATTGGCAATATCATCTCTGATGCAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104110 CTGCAAACGGAGACAAAGAAATTGGCAATATCATCTCTGATGCAATGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAGTTGGAAGAAAGGGTGTCATCACAGTAAAG         GATGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104160 AAAGTTGGAAGAAAGGGTGTCATCACAGTAAAGGCA...TAGGATGGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AACACTGAATGATGAATTAGAAATTATTGAAGGCATGAAGTTTGATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104607 AACACTGAATGATGAATTAGAAATTATTGAAGGCATGAAGTTTGATCGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTATATTTCTCCATACTTTATTAATACATCAAAAG         GTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104657 GCTATATTTCTCCATACTTTATTAATACATCAAAAGGTA...CAGGTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAATGTGAATTCCAGGATGCCTATGTTCTGTTGAGTGAAAAGAAAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105362 AAATGTGAATTCCAGGATGCCTATGTTCTGTTGAGTGAAAAGAAAATTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TAGTATCCAGTCCATTGTACCTGCTCTTGAAATTGCCAATGCTCACCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105412 TAGTATCCAGTCCATTGTACCTGCTCTTGAAATTGCCAATGCTCACCGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCCTTTGGTCATAATCGCTGAAGATGTTGATGGAGAAGCTCTAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105462 AGCCTTTGGTCATAATCGCTGAAGATGTTGATGGAGAAGCTCTAAGTACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTCGTCTTGAATAG         GCTAAAGGTTGGTCTTCAGGTTGTGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105512 CTCGTCTTGAATAGGTA...CAGGCTAAAGGTTGGTCTTCAGGTTGTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGTCAAGGCTCCAGGGTTTGGTGACAATAGAAAGAACCAGCTTAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108580 AGTCAAGGCTCCAGGGTTTGGTGACAATAGAAAGAACCAGCTTAAAGATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGCTATTGCTACTGGTGGTGCA         GTGTTTGGAGAAGAGGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108630 TGGCTATTGCTACTGGTGGTGCAGTA...TAGGTGTTTGGAGAAGAGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTGACCCTGAATCTTGAAGACGTTCAGCCTCATGACTTAGGAAAAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109620 TTGACCCTGAATCTTGAAGACGTTCAGCCTCATGACTTAGGAAAAGTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAGGTCATTGTGACCAAAGACGATGCCATGCTCTTAAAAGGAAAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109670 AGAGGTCATTGTGACCAAAGACGATGCCATGCTCTTAAAAGGAAAAGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAAGGCTCAAATTGAAAAACGTATTCAAGAAATCATTGAGCAGTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109720 ACAAGGCTCAAATTGAAAAACGTATTCAAGAAATCATTGAGCAGTTAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTCACAACTAGTGAATATGAAAAGGAAAAACTGAATGAACGGCTTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109770 GTCACAACTAGTGAATATGAAAAGGAAAAACTGAATGAACGGCTTGCAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACTTTCAGATGGAGTGGCTGTGCTGAAG         GTTGGTGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109820 ACTTTCAGATGGAGTGGCTGTGCTGAAGGTA...TAGGTTGGTGGGACAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTGATGTTGAAGTGAATGAAAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCCTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110371 GTGATGTTGAAGTGAATGAAAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCCTTAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCTACAAGAGCTGCTGTTGAAGAAGGCATTGTTTTGGGAGGGGGTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110421 GCTACAAGAGCTGCTGTTGAAGAAGGCATTGTTTTGGGAGGGGGTTGTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTCCTTCGATGCATTCCAGCCTTGGACTCATTGACTCCAGCTAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110471 CCTCCTTCGATGCATTCCAGCCTTGGACTCATTGACTCCAGCTAATGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATCAAAAAATTG         GTATAGAAATTATTAAAAGAACACTCAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110521 ATCAAAAAATTGGTA...TAGGTATAGAAATTATTAAAAGAACACTCAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATTCCAGCAATGACCATTGCTAAGAATGCAGGTGTTGAAGGATCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110842 ATTCCAGCAATGACCATTGCTAAGAATGCAGGTGTTGAAGGATCTTTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AGTTGAGAAAATTATGCAAAGTTCCTCAGAAGTTGGTTATGATGCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110892 AGTTGAGAAAATTATGCAAAGTTCCTCAGAAGTTGGTTATGATGCTATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTGGAGATTTTGTGAATATGGTGGAAAAAGGAATCATTGACCCAACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110942 CTGGAGATTTTGTGAATATGGTGGAAAAAGGAATCATTGACCCAACAAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570          GTTGTGAGAACTGCTTTATTGGATGCTGCTGGTGTGGCCTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110992 GTA...TAGGTTGTGAGAACTGCTTTATTGGATGCTGCTGGTGTGGCCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TCTGTTAACTACAGCAGAAGTTGTAGTCACAGAAATTCCTAAAGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111692 TCTGTTAACTACAGCAGAAGTTGTAGTCACAGAAATTCCTAAAGAAGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGGACCCTGGAATGGGTGCAATGGGTGGAATGGGAGGTGGTATGGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111742 AGGACCCTGGAATGGGTGCAATGGGTGGAATGGGAGGTGGTATGGGAGGT

   1800     .
   1711 GGCATGTTC
        |||||||||
 111792 GGCATGTTC