seq1 = pF1KB5558.tfa, 1719 bp
seq2 = pF1KB5558/gi568815593f_21782587.tfa (gi568815593f:21782587_21984309), 201723 bp

>pF1KB5558 1719
>gi568815593f:21782587_21984309 (Chr5)

1-1719  (100001-101723)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCGGTTACCCACAGTCTTTCGCCAGATGAGACCGGTGTCCAGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100001 ATGCTTCGGTTACCCACAGTCTTTCGCCAGATGAGACCAGTGTCCAGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGGCTCCTCATCTCACTCGGGCTTATGCCAAAGATGTAAAATTTGGTG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGGCTCCTCATCTCACTCGAGCTTATGCCAAAGATGTAAAATTTGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGATGCCCGAGCCTTAATGCTTCAAGGTGTAG  A  CCTTTTAGCCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||--|--||||||||||||
 100101 CAGATGCCCGAGCCTTAATGCTTCAAGGTGTAGGTAGACCTTTTAGCCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147 TGCTGTGGCCGTTACAATGGGGCCAAAGGGAAGAACAGTGATTATTGAGC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCTGTGGCCGTTACAATGGAGCCAAAGGGAAGAACAGTGATTATTGAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197 AGAGTTGGGGAAGTCCCAAAGTAACAAAAGATGGTGTGACTGTTGCAAAG
        |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGCTGGGGAAGTCCCAACGTAACAAAAGATGGTGTGACTGTTGCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247 TCAATTGACTTAAAAGATAAATACAAGAACATTGGAGCTAAACTTGTTCA
        ||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||
 100251 TCAATTGACTTGAAGGATAAATATAAAAACATTGGAGCTAAACTTGTTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    297 AGATGTTGCCAATAACACAAATGAAGAAGCTGGGGATGGCACTACCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100301 AGATGTTGCCAATAACACAAATGAAGAATCTGGGGATGGCACTACCACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 CTACTGTACTGGCACGCTCTATAGCCAAGGAAGGCTTCGAGAAGATTAGC
        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100351 CTACTGTACTGGCAGGCTCTATAGCCAAGGAAGGCTTCCAGAAGATTAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 AAAGGTGCTAATCCAGTGGAAATCAGGAGAGGTGTGATGTTAGCTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAAGGTGCTAATCCAGTGGAAATCAGGAGAGGTGTGATGTTAGCTGTTGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGCTGTAATTGCTGAACTTAAAAAGCAGTCTAAACCTGTGACCACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCTGTAATTGCTGAACTTAAAAAGCAGTCTAAACCTGTGACCACCCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAGAAATTGCACAGGTTGCTACGATTTCTGCAAACGGAGACAAAGAAATT
        ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
 100501 AAGAAATTGCACAGGTTGCTATGATTTCTGCAAATGGAGACAAAGAAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGCAATATCATCTCTGATGCAATGAAAAAAGTTGGAAGAAAGGGTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100551 GGCAATATCATCTCTGATGCAATGAAAAAGGTTGGAAGAAAGGGTGTCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CACAGTAAAGGATGGAAAAACACTGAATGATGAATTAGAAATTATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CACAGTAAAGGATGGAAAAACACTGAATGATGAATTAGAAATTATTGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCATGAAGTTTGATCGAGGCTATATTTCTCCATACTTTATTAATACATCA
        |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCATGAAGTTTGATTGAGGGTATATTTCTCCATACTTTATTAATACATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAAGGTCAGAAATGTGAATTCCAGGATGCCTATGTTCTGTTGAGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAAGGTCAGAAATGTGAATTCCAGGATGCCTATGTTCTGTTGAGTGAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAAATTTCTAGTATCCAGTCCATTGTACCTGCTCTTGAAATTGCCAATG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAAAATTTCTAGTGTCCAGTCCATTGTACCTGCTCTTGAAATTGCCAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCACCGTAAGCCTTTGGTCATAATCGCTGAAGATGTTGATGGAGAAGCT
        |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCACCATAAGCCTTTGGTGATAATCGCTGAAGATGTTGATGGAGAAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTAAGTACACTCGTCTTGAATAGGCTAAAGGTTGGTCTTCAGGTTGTGGC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTAAGTACACTCATCTTGAATAGGCTAAAGGTTGGTCTTCAGGTTGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGTCAAGGCTCCAGGGTTTGGTGACAATAGAAAGAACCAGCTTAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100901 AGTCAAGGCTCCAGGGTTTGGTGACAATAGAAAGAACCAACTTAAAGATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGCTATTGCTACTGGTGGTGCAGTGTTTGGAGAAGAGGGATTGACCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100951 TGGCTATTGCTACTGGTGGTGCAGTGTTTGGAGAAGAGGGGTTGACCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AATCTTGAAGACGTTCAGCCTCATGACTTAGGAAAAGTTGGAGAGGTCAT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AATCTTGAAGATGTTCAGCCTCATGACTTAGGAAAAGTTGGAGAGGTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGTGACCAAAGACGATGCCATGCTCTTAAAAGGAAAAGGTGACAAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TGTGACCAAAGACGATGCCATGCTCTTAAAAGGAAAAGGTGACAAGGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAATTGAAAAACGTATTCAAGAAATCATTGAGCAGTTAGATGTCACAACT
        || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 101101 AACTTGAAAAACGTATTCAAGAAATCATTGGGCAGTTAGATGTCACAACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AGTGAATATGAAAAGGAAAAACTGAATGAACGGCTTGCAAAACTTTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
 101151 AGTGAATATGAAAAGGAAAAACTGAATGAATGGCTGGCAAAACTTTCAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGGAGTGGCTGTGCTGAAGGTTGGTGGGACAAGTGATGTTGAAGTGAATG
        |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TGGAGTAGTTGTGCTGAAGTTTGGTGGGACAAGTGATGTTGAAGTGAATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCCTTAATGCTACAAGAGCTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AAAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCCTTAATGCTACAAGAGCTGCTGTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GAAGAAGGCATTGTTTTGGGAGGGGGTTGTGCCCTCCTTCGATGCATTCC
        |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 101301 GAAGGAGGCATTGTTTTGGGAGGGGGTTTTGCCCTCCTTCGATGCATTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGCCTTGGACTCATTGACTCCAGCTAATGAAGATCAAAAAATTGGTATAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 101351 AGCCTTGGACTCATTGACTCCAGCTAATGAAGATCAAAAAATTGGTATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AAATTATTAAAAGAACACTCAAAATTCCAGCAATGACCATTGCTAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
 101401 AAATTATTAAAAGAACACTCAAAATTCCAGCAATGACCACTGCTACGAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GCAGGTGTTGAAGGATCTTTGATAGTTGAGAAAATTATGCAAAGTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 101451 GCAGGTGTTGAAGGATCTTTGATAGTTGAGAAAATTATGCAAAATTCCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 AGAAGTTGGTTATGATGCTATGGCTGGAGATTTTGTGAATATGGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||
 101501 AGAAGTTGGTTATGATGCTATGGTTGGAGATTTTATGAATATGGTAGAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AAGGAATCATTGACCCAACAAAGGTTGTGAGAACTGCTTTATTGGATGCT
        ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 101551 AAGGAATTATTGACCCAACAAAGCTTGTGAGAACTGCTTTATTGGATGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GCTGGTGTGGCCTCTCTGTTAACTACAGCAGAAGTTGTAGTCACAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 GCTGGTGTGGCCTCTCTGTTAACTACAGCAGAAGTTGTAGTCACAGAAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TCCTAAAGAAGAGAAGGACCCTGGAATGGGTGCAATGGGTGGAATGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 TCCTAAAGAAGAGAAGGACCCTGGAATGGGTGCAATGGGTGGAATGGGAG

   1700     .    :    .    :
   1697 GTGGTATGGGAGGTGGCATGTTC
        |||||||||||||||||||||||
 101701 GTGGTATGGGAGGTGGCATGTTC