seq1 = pF1KB5545.tfa, 1872 bp
seq2 = pF1KB5545/gi568815575r_74491443.tfa (gi568815575r:74491443_74695977), 204535 bp

>pF1KB5545 1872
>gi568815575r:74491443_74695977 (ChrX)

(complement)

1-169  (100001-100169)   100% ->
170-253  (101589-101672)   100% ->
254-1872  (102917-104535)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAACTCAGATTCCAATGACAAAGGAAGTGGTGATCAGTCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAACTCAGATTCCAATGACAAAGGAAGTGGTGATCAGTCTGCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGCGCAGAAGTCAGATGGACCGATTGGATCGAGAAGAAGCTTTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAGCGCAGAAGTCAGATGGACCGATTGGATCGAGAAGAAGCTTTCTATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATTTGTAAATAACCTGAGTGAAGAAGATTATAGGCTTATGAGAGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATTTGTAAATAACCTGAGTGAAGAAGATTATAGGCTTATGAGAGATAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATTTGCTAGGCACCCCAG         GTGAAAGTACTGAGGAAGAGTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100151 AATTTGCTAGGCACCCCAGGTA...CAGGTGAAAGTACTGAGGAAGAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGAGACGACTACAGCAAATTAAAGAAGGCCCACCACCGCAAAACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101611 GCTGAGACGACTACAGCAAATTAAAGAAGGCCCACCACCGCAAAACTCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGAAAATAGAG         GAGGAGACTCTTCAGATGATGTGTCTAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101661 ATGAAAATAGAGGTA...CAGGAGGAGACTCTTCAGATGATGTGTCTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTGACTCTATAATAGACTGGCTTAACTCTGTCAGACAAACTGGAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102946 GGTGACTCTATAATAGACTGGCTTAACTCTGTCAGACAAACTGGAAATAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACAAGAAGTGGGCAAAGAGGAAACCAATCTTGGAGAGCAGTGAGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102996 AACAAGAAGTGGGCAAAGAGGAAACCAATCTTGGAGAGCAGTGAGTCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTAATCCAAACAGTGGTGATTTCAGATTCAGTTTAGAGATAAATGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103046 CTAATCCAAACAGTGGTGATTTCAGATTCAGTTTAGAGATAAATGTTAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGTAATAATGGGAGCCAAAATTCAGAGAATGAAAATGAGCCATCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103096 CGTAATAATGGGAGCCAAAATTCAGAGAATGAAAATGAGCCATCTGCAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACGTTCTAGTGGAGAAAATGTGGAAAACAACAGCCAAAGGCAAGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103146 ACGTTCTAGTGGAGAAAATGTGGAAAACAACAGCCAAAGGCAAGTGGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCCACGATCTGAATCAACATCTGCAAGGCCATCTAGATCAGAACGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103196 ACCCACGATCTGAATCAACATCTGCAAGGCCATCTAGATCAGAACGAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCAACTGAAGCGTTAACAGAGGTCCCACCTACCAGAGGTCAGAGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103246 TCAACTGAAGCGTTAACAGAGGTCCCACCTACCAGAGGTCAGAGGAGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAGAAGCAGGAGCCCAGACCATCGGAGAACCAGAGCAAGAGCTGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103296 AAGAAGCAGGAGCCCAGACCATCGGAGAACCAGAGCAAGAGCTGAAAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTAGGTCACCTCTGCATCCAATGAGTGAAATTCCACGAAGATCTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103346 GTAGGTCACCTCTGCATCCAATGAGTGAAATTCCACGAAGATCTCATCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGTATCTCATCTCAGACTTTTGAACATCCTTTGGTAAATGAGACGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103396 AGTATCTCATCTCAGACTTTTGAACATCCTTTGGTAAATGAGACGGAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AAGTTCTAGAACCCGGCACCATGTGACATTGAGGCAGCAAATATCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103446 AAGTTCTAGAACCCGGCACCATGTGACATTGAGGCAGCAAATATCTGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTGAGTTGCTAAGTAGAGGTCTTTTTGCAGCTTCTGGAACAAGAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103496 CTGAGTTGCTAAGTAGAGGTCTTTTTGCAGCTTCTGGAACAAGAAATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TCTCAAGGAGCAGGTTCTTCAGACACAGCTGCCAGTGGTGAATCTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103546 TCTCAAGGAGCAGGTTCTTCAGACACAGCTGCCAGTGGTGAATCTACAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ATCAGGACAGAGACCTCCAACCATAGTCCTTGATCTTCAAGTAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103596 ATCAGGACAGAGACCTCCAACCATAGTCCTTGATCTTCAAGTAAGAAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TTCGTCCTGGAGAATATCGGCAGAGAGATAGCATAGCCAGCAGAACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103646 TTCGTCCTGGAGAATATCGGCAGAGAGATAGCATAGCCAGCAGAACTCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TCTAGGTCTCAGACACCAAACAACACTGTCACCTATGAAAGTGAACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103696 TCTAGGTCTCAGACACCAAACAACACTGTCACCTATGAAAGTGAACGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGGTTTTAGGCGTACATTTTCACGTTCTGAGCGGGCAGGTGTGAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103746 AGGTTTTAGGCGTACATTTTCACGTTCTGAGCGGGCAGGTGTGAGAACCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ATGTCAGTACCATCAGAATTCCCATTCGTAGAATCTTAAATACTGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103796 ATGTCAGTACCATCAGAATTCCCATTCGTAGAATCTTAAATACTGGTTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AGTGAGACTACATCTGTTGCAATTCAGACCATGTTAAGGCAGATAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103846 AGTGAGACTACATCTGTTGCAATTCAGACCATGTTAAGGCAGATAATGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AGGTTTTGGTGAGTTAAGCTATTTTATGTACAGTGATAGCGACTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103896 AGGTTTTGGTGAGTTAAGCTATTTTATGTACAGTGATAGCGACTCAGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CTACTGGCTCAGTCTCAAATCGAAATATGGAAAGGGCAGAGTCACGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103946 CTACTGGCTCAGTCTCAAATCGAAATATGGAAAGGGCAGAGTCACGGAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GGAAGAGGAGGTTCTGGTGGTGGTAGTAGTTCTGGTTCCAGTTCGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103996 GGAAGAGGAGGTTCTGGTGGTGGTAGTAGTTCTGGTTCCAGTTCGAGTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CAGTTCCAGTTCGAGTTCCAGTTCCAGTTCAAGTTCCAGTTCCAGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104046 CAGTTCCAGTTCGAGTTCCAGTTCCAGTTCAAGTTCCAGTTCCAGTCCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 GTTCCAGTTCCGGTGGTGAAAGTTCAGAAACTAGCTCAGATTTATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104096 GTTCCAGTTCCGGTGGTGAAAGTTCAGAAACTAGCTCAGATTTATTTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GGCAGTAATGAAGGAAGCTCATCATCAGGCTCATCAGGTGCCAGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104146 GGCAGTAATGAAGGAAGCTCATCATCAGGCTCATCAGGTGCCAGGCGAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GGGTCGACATAGGGCCCCAGTCACATTTGATGAAAGTGGCTCTTTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104196 GGGTCGACATAGGGCCCCAGTCACATTTGATGAAAGTGGCTCTTTGCCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TCCTTAGCCTGGCTCAGTTTTTCCTCTTAAATGAGGATGATGATGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104246 TCCTTAGCCTGGCTCAGTTTTTCCTCTTAAATGAGGATGATGATGACCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 CCTAGAGGACTCACCAAAGAACAGATTGACAACTTGGCAATGAGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104296 CCTAGAGGACTCACCAAAGAACAGATTGACAACTTGGCAATGAGAAGTTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TGGTGAAAATGATGCATTAAAAACCTGTAGTGTTTGCATTACAGAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104346 TGGTGAAAATGATGCATTAAAAACCTGTAGTGTTTGCATTACAGAATATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CAGAAGGCAACAAACTTCGTAAACTACCTTGTTCCCATGAGTACCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104396 CAGAAGGCAACAAACTTCGTAAACTACCTTGTTCCCATGAGTACCATGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 CACTGCATCGATCGCTGGTTATCTGAGAATTCTACCTGTCCTATTTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104446 CACTGCATCGATCGCTGGTTATCTGAGAATTCTACCTGTCCTATTTGTCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 CAGAGCAGTCTTAGCTTCTGGTAACAGAGAAAGTGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104496 CAGAGCAGTCTTAGCTTCTGGTAACAGAGAAAGTGTTGTG