seq1 = pF1KB5543.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KB5543/gi568815594r_177331711.tfa (gi568815594r:177331711_177542375), 210665 bp

>pF1KB5543 1038
>gi568815594r:177331711_177542375 (Chr4)

(complement)

1-127  (100001-100127)   100% ->
128-281  (101950-102103)   100% ->
282-394  (102688-102800)   100% ->
395-507  (103519-103631)   99% ->
508-622  (104857-104971)   100% ->
623-698  (106025-106100)   100% ->
699-806  (107887-107994)   100% ->
807-940  (109029-109162)   100% ->
941-1038  (110568-110665)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCGGAAGTCGAACTTGCCTGTGCTTCTCGTGCCGTTTCTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCGGAAGTCGAACTTGCCTGTGCTTCTCGTGCCGTTTCTGCTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGCCCTAGTGCGCTGCTCCAGCCCTCTGCCCCTGGTCGTCAACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGCCCTAGTGCGCTGCTCCAGCCCTCTGCCCCTGGTCGTCAACACTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCCCTTTAAGAATGCAACCGAAGCAG         CGTGGAGGGCATTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 GGCCCTTTAAGAATGCAACCGAAGCAGGTG...CAGCGTGGAGGGCATTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCATCTGGAGGCTCTGCCCTGGATGCAGTGGAGAGCGGCTGTGCCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101964 GCATCTGGAGGCTCTGCCCTGGATGCAGTGGAGAGCGGCTGTGCCATGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGAGAGAGCAGTGTGACGGCTCTGTAGGCTTTGGAGGAAGTCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102014 TGAGAGAGAGCAGTGTGACGGCTCTGTAGGCTTTGGAGGAAGTCCTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACTTGGAGAAACCACACTAGATGCCATGATCATGGATGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102064 AACTTGGAGAAACCACACTAGATGCCATGATCATGGATGGGTA...CAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTACTATGGATGTAGGAGCAGTAGGAGATCTCAGACGAATTAAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102689 ACTACTATGGATGTAGGAGCAGTAGGAGATCTCAGACGAATTAAAAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATTGGTGTGGCACGGAAAGTACTGGAACATACAACACACACACTTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102739 TATTGGTGTGGCACGGAAAGTACTGGAACATACAACACACACACTTTTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGGAGAGTCAG         CCACCACATTTGCTCAAAGTATGGGGTTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102789 TAGGAGAGTCAGGTA...CAGCCACCACATTTGCTCAAAGTATGGGGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCAATGAAGACTTATCTACCAGTGCTTCTCAAGCTCTTCATTCAGATTG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 103548 ATCAATGAAGACTTATCTACCACTGCTTCTCAAGCTCTTCATTCAGATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTTGCTCGGAATTGCCAGCCAAATTATTGGAGG         AATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103598 GCTTGCTCGGAATTGCCAGCCAAATTATTGGAGGGTA...CAGAATGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACCAGATCCCTCAAAATACTGCGGACCCTACAAACCACCTGGTATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104864 TACCAGATCCCTCAAAATACTGCGGACCCTACAAACCACCTGGTATCTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGCAGGATATTCCTATCCATAAAGAAACAGAAGATGATCGTGGTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104914 AAGCAGGATATTCCTATCCATAAAGAAACAGAAGATGATCGTGGTCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACTATTG         GCATGGTTGTAATCCATAAGACAGGACATATTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104964 CACTATTGGTA...TAGGCATGGTTGTAATCCATAAGACAGGACATATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGCTGGTACATCTACAAATGGTATAAAATTCAAAATACATGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106058 CTGCTGGTACATCTACAAATGGTATAAAATTCAAAATACATGGGTT...A

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    699   CCGTGTAGGAGACTCACCAATACCTGGAGCTGGAGCCTATGCTGACGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107885 AGCCGTGTAGGAGACTCACCAATACCTGGAGCTGGAGCCTATGCTGACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TACTGCAGGGGCAGCCGCAGCCACTGGGAATGGTGATATATTGATGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107935 TACTGCAGGGGCAGCCGCAGCCACTGGGAATGGTGATATATTGATGCGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCTGCCAAG         CTACCAAGCTGTAGAATACATGAGAAGAGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107985 TCCTGCCAAGGTA...CAGCTACCAAGCTGTAGAATACATGAGAAGAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAAGATCCAACCATAGCTTGCCAAAAAGTGATTTCAAGAATCCAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109060 GAAGATCCAACCATAGCTTGCCAAAAAGTGATTTCAAGAATCCAGAAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTTTCCAGAATTCTTTGGGGCTGTTATATGTGCCAATGTGACTGGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109110 TTTTCCAGAATTCTTTGGGGCTGTTATATGTGCCAATGTGACTGGAAGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACG         GTGCTGCTTGCAATAAACTTTCAACATTTACTCAGTTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109160 ACGGTA...CAGGTGCTGCTTGCAATAAACTTTCAACATTTACTCAGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGTTTCATGGTTTATAATTCCGAAAAAAATCAGCCAACTGAGGAAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110606 AGTTTCATGGTTTATAATTCCGAAAAAAATCAGCCAACTGAGGAAAAAGT

   1100     .    :
   1029 GGACTGCATC
        ||||||||||
 110656 GGACTGCATC