seq1 = pF1KB5542.tfa, 1074 bp
seq2 = pF1KB5542/gi568815592f_30389532.tfa (gi568815592f:30389532_30592578), 203047 bp

>pF1KB5542 1074
>gi568815592f:30389532_30592578 (Chr6)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-334  (100195-100464)   99% ->
335-610  (100709-100984)   100% ->
611-886  (101606-101881)   100% ->
887-1003  (102006-102122)   100% ->
1004-1036  (102873-102905)   100% ->
1037-1074  (103010-103047)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAGATGGAACCCTCCTTTTACTCCTCTCGGAGGCCCTGGCCCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAGATGGAACCCTCCTTTTACTCCTCTCGGAGGCCCTGGCCCTTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGACCTGGGCGG         GCTCCCACTCCTTGAAGTATTTCCACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGACCTGGGCGGGTG...CAGGCTCCCACTCCTTGAAGTATTTCCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCTTCATCTCTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100222 CTTCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCTTCATCTCTGTGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACGTGGACGACACCCAGTTCGTGCGCTTCGACAACGACGCCGCGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100272 TACGTGGACGACACCCAGTTCGTGCGCTTCGACAACGACGCCGCGAGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGATGGTGCCGCGGGCGCCGTGGATGGAGCAGGAGGGGTCAGAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100322 GAGGATGGTGCCGCGGGCGCCGTGGATGGAGCAGGAGGGGTCAGAGTATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGACCGGGAGACACGGAGCGCCAGGGACACCGCACAGATTTTCCGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100372 GGGACCGGGAGACACGGAGCGCCAGGGACACCGCACAGATTTTCCGAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACCTGCGGACGCTGCGCGGCTACTACAATCAGAGCGAGGCCG       
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100422 AATCTGCGGACGCTGCGCGGCTACTACAATCAGAGCGAGGCCGGTG...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   GGTCTCACACCCTGCAGTGGATGCATGGCTGCGAGCTGGGGCCCGACG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100707 AGGGTCTCACACCCTGCAGTGGATGCATGGCTGCGAGCTGGGGCCCGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCGCTTCCTCCGCGGGTATGAACAGTTCGCCTACGACGGCAAGGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100757 GGCGCTTCCTCCGCGGGTATGAACAGTTCGCCTACGACGGCAAGGATTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCACCCTGAATGAGGACCTGCGCTCCTGGACCGCGGTGGACACGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100807 CTCACCCTGAATGAGGACCTGCGCTCCTGGACCGCGGTGGACACGGCGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCAGATCTCCGAGCAAAAGTCAAATGATGCCTCTGAGGCGGAGCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100857 TCAGATCTCCGAGCAAAAGTCAAATGATGCCTCTGAGGCGGAGCACCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAGCCTACCTGGAAGACACATGCGTGGAGTGGCTCCACAAATACCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100907 GAGCCTACCTGGAAGACACATGCGTGGAGTGGCTCCACAAATACCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGGGGAAGGAGACGCTGCTTCACCTGG         AGCCCCCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100957 AAGGGGAAGGAGACGCTGCTTCACCTGGGTA...CAGAGCCCCCAAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACACGTGACTCACCACCCCATCTCTGACCATGAGGCCACCCTGAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101619 ACACGTGACTCACCACCCCATCTCTGACCATGAGGCCACCCTGAGGTGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGCCCTGGGCTTCTACCCTGCGGAGATCACACTGACCTGGCAGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101669 GGGCCCTGGGCTTCTACCCTGCGGAGATCACACTGACCTGGCAGCAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGGAGGGCCATACCCAGGACACGGAGCTCGTGGAGACCAGGCCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101719 GGGGAGGGCCATACCCAGGACACGGAGCTCGTGGAGACCAGGCCTGCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCAGCTGTGGTGGTGCCTTCTGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101769 GGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCAGCTGTGGTGGTGCCTTCTGGAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGCAGAGATACACGTGCCATGTGCAGCATGAGGGGCTACCCGAGCCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101819 AGCAGAGATACACGTGCCATGTGCAGCATGAGGGGCTACCCGAGCCCGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACCCTGAGATGGA         AGCCGGCTTCCCAGCCCACCATCCCCAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101869 ACCCTGAGATGGAGTA...CAGAGCCGGCTTCCCAGCCCACCATCCCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGTGGGCATCATTGCTGGCCTGGTTCTCCTTGGATCTGTGGTCTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102034 CGTGGGCATCATTGCTGGCCTGGTTCTCCTTGGATCTGTGGTCTCTGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTGTGGTTGCTGCTGTGATATGGAGGAAGAAGAGCTCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102084 CTGTGGTTGCTGCTGTGATATGGAGGAAGAAGAGCTCAGGTG...CAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GGAAAAGGAGGGAGCTACTCTAAGGCTGAGT         GGAGCGACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102875 GGAAAAGGAGGGAGCTACTCTAAGGCTGAGTGTA...CAGGGAGCGACAG

   1100     .    :    .    :    .
   1047 TGCCCAGGGGTCTGAGTCTCACAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 103020 TGCCCAGGGGTCTGAGTCTCACAGCTTG