seq1 = pF1KB5522.tfa, 1146 bp
seq2 = pF1KB5522/gi568815597f_101138985.tfa (gi568815597f:101138985_101340130), 201146 bp

>pF1KB5522 1146
>gi568815597f:101138985_101340130 (Chr1)

1-1146  (100001-101146)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCCCACCAGCGTCCCGCTGGTCAAGGCCCACCGCAGCTCGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCCCACCAGCGTCCCGCTGGTCAAGGCCCACCGCAGCTCGGTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACTACGTCAACTATGATATCATCGTCCGGCATTACAACTACACGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACTACGTCAACTATGATATCATCGTCCGGCATTACAACTACACGGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGAATATCAGCGCGGACAAGGAGAACAGCATTAAACTGACCTCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTGAATATCAGCGCGGACAAGGAGAACAGCATTAAACTGACCTCGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGTTCATTCTCATCTGCTGCTTTATCATCCTGGAGAACATCTTTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGTTCATTCTCATCTGCTGCTTTATCATCCTGGAGAACATCTTTGTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGACCATTTGGAAAACCAAGAAATTCCACCGACCCATGTACTATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGACCATTTGGAAAACCAAGAAATTCCACCGACCCATGTACTATTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGGCAATCTGGCCCTCTCAGACCTGTTGGCAGGAGTAGCCTACACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGGCAATCTGGCCCTCTCAGACCTGTTGGCAGGAGTAGCCTACACAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACCTGCTCTTGTCTGGGGCCACCACCTACAAGCTCACTCCCGCCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACCTGCTCTTGTCTGGGGCCACCACCTACAAGCTCACTCCCGCCCAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTTTCTGCGGGAAGGGAGTATGTTTGTGGCCCTGTCAGCCTCCGTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTTTCTGCGGGAAGGGAGTATGTTTGTGGCCCTGTCAGCCTCCGTGTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTCTCCTCGCCATCGCCATTGAGCGCTATATCACAATGCTGAAAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTCTCCTCGCCATCGCCATTGAGCGCTATATCACAATGCTGAAAATGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCCACAACGGGAGCAATAACTTCCGCCTCTTCCTGCTAATCAGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCCACAACGGGAGCAATAACTTCCGCCTCTTCCTGCTAATCAGCGCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGGGTCATCTCCCTCATCCTGGGTGGCCTGCCTATCATGGGCTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGGGTCATCTCCCTCATCCTGGGTGGCCTGCCTATCATGGGCTGGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCATCAGTGCGCTGTCCAGCTGCTCCACCGTGCTGCCGCTCTACCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCATCAGTGCGCTGTCCAGCTGCTCCACCGTGCTGCCGCTCTACCACAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CACTATATCCTCTTCTGCACCACGGTCTTCACTCTGCTTCTGCTCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CACTATATCCTCTTCTGCACCACGGTCTTCACTCTGCTTCTGCTCTCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGTCATTCTGTACTGCAGAATCTACTCCTTGGTCAGGACTCGGAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGTCATTCTGTACTGCAGAATCTACTCCTTGGTCAGGACTCGGAGCCGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCTGACGTTCCGCAAGAACATTTCCAAGGCCAGCCGCAGCTCTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCTGACGTTCCGCAAGAACATTTCCAAGGCCAGCCGCAGCTCTGAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCGCTGGCGCTGCTCAAGACCGTAATTATCGTCCTGAGCGTCTTCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCGCTGGCGCTGCTCAAGACCGTAATTATCGTCCTGAGCGTCTTCATCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTGCTGGGCACCGCTCTTCATCCTGCTCCTGCTGGATGTGGGCTGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTGCTGGGCACCGCTCTTCATCCTGCTCCTGCTGGATGTGGGCTGCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGAAGACCTGTGACATCCTCTTCAGAGCGGAGTACTTCCTGGTGTTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGAAGACCTGTGACATCCTCTTCAGAGCGGAGTACTTCCTGGTGTTAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTGCTCAACTCCGGCACCAACCCCATCATTTACACTCTGACCAACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTGCTCAACTCCGGCACCAACCCCATCATTTACACTCTGACCAACAAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GATGCGTCGGGCCTTCATCCGGATCATGTCCTGCTGCAAGTGCCCGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GATGCGTCGGGCCTTCATCCGGATCATGTCCTGCTGCAAGTGCCCGAGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAGACTCTGCTGGCAAATTCAAGCGACCCATCATCGCCGGCATGGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGACTCTGCTGGCAAATTCAAGCGACCCATCATCGCCGGCATGGAATTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGCCGCAGCAAATCGGACAATTCCTCCCACCCCCAGAAAGACGAAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGCCGCAGCAAATCGGACAATTCCTCCCACCCCCAGAAAGACGAAGGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1101 CAACCCAGAGACCATTATGTCTTCTGGAAACGTCAACTCTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAACCCAGAGACCATTATGTCTTCTGGAAACGTCAACTCTTCTTCC