seq1 = pF1KB5514.tfa, 1341 bp
seq2 = pF1KB5514/gi568815590f_26193663.tfa (gi568815590f:26193663_26470410), 276748 bp

>pF1KB5514 1341
>gi568815590f:26193663_26470410 (Chr8)

1-82  (99997-100078)   96% ->
83-180  (145228-145325)   100% ->
181-346  (160806-160971)   100% ->
347-459  (166507-166619)   100% ->
460-637  (167312-167489)   100% ->
638-802  (169022-169186)   100% ->
803-972  (170059-170228)   100% ->
973-1064  (172653-172744)   100% ->
1065-1341  (176472-176748)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGAGCTGGAGGAGGGAATGATATTCAGTGGTGTTTTTCTCAGGT
         |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 TTTCCAGGAGCTGGAGGAGGGAATGATATTCAGTGGTGTTTTTCTCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAGGAGCAGTAGATGATGATGTAGCAGAAG         CAGATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100047 GAAAGGAGCAGTAGATGATGATGTAGCAGAAGGTA...CAGCAGATATAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTCTACAGTAGAATTTAATCATTCTGGAGAATTACTAGCAACAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145237 TTTCTACAGTAGAATTTAATCATTCTGGAGAATTACTAGCAACAGGAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGGTGGTAGAGTTGTCATCTTTCAACAGGAGCAGGAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 145287 AAAGGTGGTAGAGTTGTCATCTTTCAACAGGAGCAGGAGGTA...TAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAAATCCAGTCTCATAGCAGAGGAGAATATAATGTTTACAGCACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160808 CAAAATCCAGTCTCATAGCAGAGGAGAATATAATGTTTACAGCACCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGCCATGAACCAGAGTTTGACTACTTGAAAAGTTTAGAAATAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160858 AGAGCCATGAACCAGAGTTTGACTACTTGAAAAGTTTAGAAATAGAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGATCAACAAAATTAGGTGGTTACCCCAGAAAAATGCTGCTCAGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160908 AAGATCAACAAAATTAGGTGGTTACCCCAGAAAAATGCTGCTCAGTTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTGTCTACCAATG         ATAAAACAATAAAATTATGGAAAATCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 160958 ATTGTCTACCAATGGTA...CAGATAAAACAATAAAATTATGGAAAATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAAAGGGACAAAAGACCAGAAGGGTATAACTTGAAAGAGGAGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166534 GTGAAAGGGACAAAAGACCAGAAGGGTATAACTTGAAAGAGGAGGATGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGGTATAGAGATCCTACTACAGTTACTACACTACGA         GTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 166584 AGGTATAGAGATCCTACTACAGTTACTACACTACGAGTA...CAGGTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTCTTTAGGCCTATGGATCTAATGGTTGAGGCCAGTCCACGAAGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167317 AGTCTTTAGGCCTATGGATCTAATGGTTGAGGCCAGTCCACGAAGAATAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGCCAATGCTCATACATATCACATCAACTCAATTTCTATTAATAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167367 TTGCCAATGCTCATACATATCACATCAACTCAATTTCTATTAATAGTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATGAAACATATTTATCTGCAGATGATTTGCGGATTAATCTTTGGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167417 TATGAAACATATTTATCTGCAGATGATTTGCGGATTAATCTTTGGCATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAAATTACAGACAGGAGTTTTA         ACATTGTGGATATCAAGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 167467 GGAAATTACAGACAGGAGTTTTAGTA...TAGACATTGTGGATATCAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGCCAATATGGAAGAGCTAACAGAGGTGATTACAGCAGCAGAATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169040 CTGCCAATATGGAAGAGCTAACAGAGGTGATTACAGCAGCAGAATTTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCAAACAGCTGTAACACATTTGTATACAGCAGCAGTAAAGGAACTATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169090 CCAAACAGCTGTAACACATTTGTATACAGCAGCAGTAAAGGAACTATTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTATGTGACATGAGGGCATCTGCCCTCTGTGATAGACATTCTAAAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 169140 GCTATGTGACATGAGGGCATCTGCCCTCTGTGATAGACATTCTAAATGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803       TGTTTGAAGAACCTGAAGATCCCAGTAACAGGTCATTTTTTTCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169190 ...TAGTGTTTGAAGAACCTGAAGATCCCAGTAACAGGTCATTTTTTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAATCATCTCCTCTATTTCGGATGTAAAATTCAGCCATAGTGGTCGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170103 GAAATCATCTCCTCTATTTCGGATGTAAAATTCAGCCATAGTGGTCGATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TATGATGACTAGAGACTATTTGTCAGTCAAAATTTGGGACTTAAATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170153 TATGATGACTAGAGACTATTTGTCAGTCAAAATTTGGGACTTAAATATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAAACAGGCCTGTGGAAACATACCAG         GTGCATGAATACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 170203 AAAACAGGCCTGTGGAAACATACCAGGTA...CAGGTGCATGAATACCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGAAGTAAACTCTGTTCACTGTATGAAAATGACTGCATATTTGACAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172668 AGAAGTAAACTCTGTTCACTGTATGAAAATGACTGCATATTTGACAAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAATGTTGTTGGAATGGATCTGACAG         TGTTGTCATGACTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 172718 TGAATGTTGTTGGAATGGATCTGACAGGTA...CAGTGTTGTCATGACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GATCTTACAATAATTTCTTCAGAATGTTTGACAGAAACACAAAGCGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176486 GATCTTACAATAATTTCTTCAGAATGTTTGACAGAAACACAAAGCGAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATAACCCTAGAAGCATCGCGGGAAAACAATAAGCCTCGCACAGTTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176536 ATAACCCTAGAAGCATCGCGGGAAAACAATAAGCCTCGCACAGTTCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCCTCGCAAAGTCTGTGCAAGTGGCAAGCGAAAGAAAGATGAAATAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176586 GCCTCGCAAAGTCTGTGCAAGTGGCAAGCGAAAGAAAGATGAAATAAGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTGACAGCCTAGACTTCAATAAGAAAATCCTTCACACAGCCTGGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176636 TTGACAGCCTAGACTTCAATAAGAAAATCCTTCACACAGCCTGGCACCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGGAAAATATCATTGCCGTAGCTACTACAAACAATCTGTATATATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176686 AAGGAAAATATCATTGCCGTAGCTACTACAAACAATCTGTATATATTTCA

   1400     .    :
   1329 AGACAAAGTGAAT
        |||||||||||||
 176736 AGACAAAGTGAAT