seq1 = pF1KB5511.tfa, 2181 bp
seq2 = pF1KB5511/gi568815597f_11847975.tfa (gi568815597f:11847975_12074805), 226831 bp

>pF1KB5511 2181
>gi568815597f:11847975_12074805 (Chr1)

1-76  (86806-86881)   100% ->
77-168  (100002-100093)   100% ->
169-302  (101799-101932)   100% ->
303-466  (102383-102546)   100% ->
467-579  (104649-104761)   100% ->
580-643  (106856-106919)   100% ->
644-741  (108943-109040)   100% ->
742-843  (109868-109969)   100% ->
844-975  (110542-110673)   100% ->
976-1097  (112672-112793)   99% ->
1098-1202  (115558-115662)   100% ->
1203-1328  (116201-116326)   99% ->
1329-1470  (116670-116811)   100% ->
1471-1584  (117506-117619)   100% ->
1585-1650  (118277-118342)   100% ->
1651-1755  (119013-119117)   100% ->
1756-1902  (122696-122842)   100% ->
1903-2028  (124898-125023)   100% ->
2029-2181  (126679-126831)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCCCCTGCTGCTACTGGCCCTGCTGGGCTGGCTGCTGCTGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  86806 ATGCGGCCCCTGCTGCTACTGGCCCTGCTGGGCTGGCTGCTGCTGGCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGAAGGGCGACGCCAAGCCGGAGG         ACAACCTTTTAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  86856 AGCGAAGGGCGACGCCAAGCCGGAGGGTG...CAGACAACCTTTTAGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCACGGTGGCCACTAAGGAGACCGAGGGATTCCGTCGCTTCAAGCGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 TCACGGTGGCCACTAAGGAGACCGAGGGATTCCGTCGCTTCAAGCGCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCAGTTCTTCAACTACAAGATCCAG         GCGCTTGGCCTAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100067 GCTCAGTTCTTCAACTACAAGATCCAGGTA...CAGGCGCTTGGCCTAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAGGACTGGAATGTGGAGAAGGGGACGTCGGCAGGTGGAGGGCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101813 GGAGGACTGGAATGTGGAGAAGGGGACGTCGGCAGGTGGAGGGCAGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCGGCTGCTGAAGAAAGCTCTGGAGAAGCACGCAGACAAGGAGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101863 TCCGGCTGCTGAAGAAAGCTCTGGAGAAGCACGCAGACAAGGAGGATCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCATTCTCTTCGCAGACAG         CTATGACGTGCTGTTTGCATC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101913 GTCATTCTCTTCGCAGACAGGTA...CAGCTATGACGTGCTGTTTGCATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGGCCCCGGGAGCTCCTGAAGAAGTTCCGGCAGGCCAGGAGCCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102404 GGGGCCCCGGGAGCTCCTGAAGAAGTTCCGGCAGGCCAGGAGCCAGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTTCTCTGCTGAGGAGCTCATCTACCCAGACCGCAGGCTGGAGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102454 TCTTCTCTGCTGAGGAGCTCATCTACCCAGACCGCAGGCTGGAGACCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATCCGGTGGTGTCCGATGGCAAGAGGTTCCTGGGCTCTGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102504 TATCCGGTGGTGTCCGATGGCAAGAGGTTCCTGGGCTCTGGAGGTG...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    467   GCTTCATCGGTTATGCCCCCAACCTCAGCAAACTGGTGGCCGAGTGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104647 AGGCTTCATCGGTTATGCCCCCAACCTCAGCAAACTGGTGGCCGAGTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGGCCAGGACAGCGACAGCGATCAGCTGTTTTACACCAAGATCTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104697 AGGGCCAGGACAGCGACAGCGATCAGCTGTTTTACACCAAGATCTTCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACCCGGAGAAGAGG         GAGCAGATCAATATCACCCTGGACCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104747 GACCCGGAGAAGAGGGTA...CAGGAGCAGATCAATATCACCCTGGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCGCTGCCGTATCTTCCAGAACCTGGATGGAGCCTTGG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106882 CCGCTGCCGTATCTTCCAGAACCTGGATGGAGCCTTGGGTG...CAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGTCGTGCTCAAGTTTGAAATGGGCCATGTGAGAGCGAGGAACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108946 AGGTCGTGCTCAAGTTTGAAATGGGCCATGTGAGAGCGAGGAACCTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TATGACACCCTCCCGGTCCTGATCCATGGCAACGGGCCAACCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108996 TATGACACCCTCCCGGTCCTGATCCATGGCAACGGGCCAACCAAGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742     CTGCAGTTGAACTACCTGGGCAACTACATCCCGCGCTTCTGGACCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109046 .CAGCTGCAGTTGAACTACCTGGGCAACTACATCCCGCGCTTCTGGACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCGAAACAGGCTGCACCGTGTGTGACGAAGGCTTGCGCAGCCTCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109914 TCGAAACAGGCTGCACCGTGTGTGACGAAGGCTTGCGCAGCCTCAAGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATTGGG         GATGAAGCTCTGCCCACGGTCCTGGTCGGCGTGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109964 ATTGGGGTG...CAGGATGAAGCTCTGCCCACGGTCCTGGTCGGCGTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATCGAACAGCCCACGCCGTTTGTGTCCCTGTTCTTCCAGCGGCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110577 CATCGAACAGCCCACGCCGTTTGTGTCCCTGTTCTTCCAGCGGCTCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGCTCCACTACCCCCAGAAACACATGCGACTTTTCATCCACAACCAC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110627 GGCTCCACTACCCCCAGAAACACATGCGACTTTTCATCCACAACCACGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    976       GAGCAGCACCACAAGGCTCAGGTGGAAGAGTTCCTGGCACAGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110677 ...CAGGAGCAGCACCACAAGGCTCAGGTGGAAGAGTTCCTGGCACAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGCAGCGAGTATCAGTCTGTGAAGCTGGTGGGCCCTGAGGTGCGGATGG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112716 TGGCAGCGAGTACCAGTCTGTGAAGCTGGTGGGCCCTGAGGTGCGGATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGAATGCAGATGCCAGGAACATGGGCGC         AGACCTGTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 112766 CGAATGCAGATGCCAGGAACATGGGCGCGTG...CAGAGACCTGTGCCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CAGGACCGCAGCTGCACCTACTACTTCAGCGTGGATGCTGACGTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115571 CAGGACCGCAGCTGCACCTACTACTTCAGCGTGGATGCTGACGTGGCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GACCGAGCCCAACAGCCTGCGGCTGCTGATCCAACAGAACAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115621 GACCGAGCCCAACAGCCTGCGGCTGCTGATCCAACAGAACAAGTG...CA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1203  GAATGTCATTGCCCCGCTGATGACCCGGCATGGGAGGCTGTGGTCGAAC
        >||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116200 GGAACGTCATTGCCCCGCTGATGACCCGGCATGGGAGGCTGTGGTCGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTCTGGGGGGCTCTCAGTGCAGATGGCTACTATGCCCGTTCCGAGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116250 TTCTGGGGGGCTCTCAGTGCAGATGGCTACTATGCCCGTTCCGAGGACTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGTGGACATTGTGCAGGGGCGGCGTGT         TGGTGTCTGGAATG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116300 CGTGGACATTGTGCAGGGGCGGCGTGTGTG...CAGTGGTGTCTGGAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGCCCTATATTTCAAACATCTACTTGATCAAGGGCAGTGCCCTGCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116684 TGCCCTATATTTCAAACATCTACTTGATCAAGGGCAGTGCCCTGCGGGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGCTGCAGTCCTCAGATCTCTTCCACCACAGCAAGCTGGACCCCGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116734 GAGCTGCAGTCCTCAGATCTCTTCCACCACAGCAAGCTGGACCCCGACAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGCCTTCTGTGCCAACATCCGGCAGCAG         GATGTGTTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116784 GGCCTTCTGTGCCAACATCCGGCAGCAGGTC...CAGGATGTGTTCATGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TCCTGACCAACCGGCACACCCTTGGCCATCTGCTCTCCCTAGACAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117519 TCCTGACCAACCGGCACACCCTTGGCCATCTGCTCTCCCTAGACAGCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CGCACCACCCACCTGCACAACGACCTCTGGGAGGTGTTCAGCAACCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117569 CGCACCACCCACCTGCACAACGACCTCTGGGAGGTGTTCAGCAACCCCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 G         GACTGGAAGGAGAAGTACATCCACCAGAACTACACCAAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117619 GGTG...CAGGACTGGAAGGAGAAGTACATCCACCAGAACTACACCAAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCCTGGCAGGGAAGCTGGTGGAGACG         CCCTGCCCGGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118317 CCCTGGCAGGGAAGCTGGTGGAGACGGTA...CAGCCCTGCCCGGATGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TATTGGTTCCCCATCTTCACGGAGGTGGCCTGTGATGAGCTGGTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119028 TATTGGTTCCCCATCTTCACGGAGGTGGCCTGTGATGAGCTGGTGGAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GATGGAGCACTTTGGCCAGTGGTCTCTGGGCAACAACAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 119078 GATGGAGCACTTTGGCCAGTGGTCTCTGGGCAACAACAAGGTG...CAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 ACAACCGCATCCAGGGTGGCTACGAGAACGTGCCGACTATTGACATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122697 ACAACCGCATCCAGGGTGGCTACGAGAACGTGCCGACTATTGACATCCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 ATGAACCAGATCGGCTTTGAGCGGGAGTGGCACAAATTCCTGCTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122747 ATGAACCAGATCGGCTTTGAGCGGGAGTGGCACAAATTCCTGCTGGAGTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CATTGCGCCCATGACGGAGAAGCTCTACCCCGGCTACTACACCAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 122797 CATTGCGCCCATGACGGAGAAGCTCTACCCCGGCTACTACACCAGGGTG.

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1903      GCCCAGTTTGACCTGGCCTTTGTCGTCCGCTACAAGCCTGATGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122847 ..CAGGCCCAGTTTGACCTGGCCTTTGTCGTCCGCTACAAGCCTGATGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 CAGCCCTCACTGATGCCACACCATGATGCCTCCACCTTCACCATCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124943 CAGCCCTCACTGATGCCACACCATGATGCCTCCACCTTCACCATCAACAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CGCCCTGAACCGAGTCGGGGTGGATTACGAG         GGCGGGGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124993 CGCCCTGAACCGAGTCGGGGTGGATTACGAGGTG...CAGGGCGGGGGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 GTCGGTTCCTGCGCTACAACTGTTCCATCCGAGCCCCAAGGAAGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126689 GTCGGTTCCTGCGCTACAACTGTTCCATCCGAGCCCCAAGGAAGGGCTGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 ACCCTCATGCACCCTGGACGACTCACGCATTACCATGAGGGGCTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126739 ACCCTCATGCACCCTGGACGACTCACGCATTACCATGAGGGGCTCCCCAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 CACCAGGGGCACCCGCTACATCGCAGTCTCCTTCGTCGATCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126789 CACCAGGGGCACCCGCTACATCGCAGTCTCCTTCGTCGATCCC