seq1 = pF1KB5497.tfa, 1437 bp
seq2 = pF1KB5497/gi568815592f_28171920.tfa (gi568815592f:28171920_28377093), 205174 bp

>pF1KB5497 1437
>gi568815592f:28171920_28377093 (Chr6)

1-420  (100001-100420)   100% ->
421-538  (100751-100868)   100% ->
539-1437  (104276-105174)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACAGCATTGGTGAGTGCCCATTCCCTGGCTCCCCTGAATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACAGCATTGGTGAGTGCCCATTCCCTGGCTCCCCTGAATCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAGGGGCTTCGGGTAGTGAGGGAGGATCACTACTCTACTTGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAGGGGCTTCGGGTAGTGAGGGAGGATCACTACTCTACTTGGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGATTCAAGCTGCAAGGAAACAGTAAAGGCCTTGGACAGGAGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGATTCAAGCTGCAAGGAAACAGTAAAGGCCTTGGACAGGAGCCATTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCAAACAATTCAGGCAGTTGCGTTATGAAGAGACCACAGGACCTCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCAAACAATTCAGGCAGTTGCGTTATGAAGAGACCACAGGACCTCGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCACTAAGTCGGCTCCGGGAGCTCTGTCAACAGTGGCTACAGCCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCACTAAGTCGGCTCCGGGAGCTCTGTCAACAGTGGCTACAGCCCGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCATACCAAGGAGCAGATCCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCATACCAAGGAGCAGATCCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCATCCTGCCTAAGGAGCTCCAGGCCCGGGTGCAGGAGCATCACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCATCCTGCCTAAGGAGCTCCAGGCCCGGGTGCAGGAGCATCACCCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGCAGGGAGGACGTGGTTGTTGTTCTGGAGGATTTGCAGCTGGATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGCAGGGAGGACGTGGTTGTTGTTCTGGAGGATTTGCAGCTGGATCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GAGAAACAGGACAACAGGTG         GACCCAGACCAGCCAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100401 GAGAAACAGGACAACAGGTGGTA...TAGGACCCAGACCAGCCAAAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAAAAAATACTTGTGGAGGAGATGGCCCCTCTGAAAGGAGTACAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100772 CAAAAAATACTTGTGGAGGAGATGGCCCCTCTGAAAGGAGTACAGGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCAGGTTCGGCATGAGTGTGAAGTTACAAAGCCTGAGAAAGAGAAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100822 GCAGGTTCGGCATGAGTGTGAAGTTACAAAGCCTGAGAAAGAGAAGGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539       GTGAGGAGACAAGGATTGAGAATGGGAAGCTTATTGTAGTAACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100872 ...CAGGTGAGGAGACAAGGATTGAGAATGGGAAGCTTATTGTAGTAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACTCTTGTGGAAGAGTAGAGTCATCTGGGAAAATATCTGAACCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104320 GACTCTTGTGGAAGAGTAGAGTCATCTGGGAAAATATCTGAACCCATGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGCTCATAATGAGGGCTCTAACTTGGAAAGGCATCAGGCCAAGCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104370 GGCTCATAATGAGGGCTCTAACTTGGAAAGGCATCAGGCCAAGCCCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGAAGATTGAGTATAAATGCTCAGAACGTGAGCAGAGATTCATCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104420 AGAAGATTGAGTATAAATGCTCAGAACGTGAGCAGAGATTCATCCAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTGGACCTGATTGAACATGCGAGTACACACACGGGAAAGAAACTCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104470 TTGGACCTGATTGAACATGCGAGTACACACACGGGAAAGAAACTCTGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GTCTGATGTGTGTCAGAGTTCCAGTCTTACAGGACATAAGAAAGTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104520 GTCTGATGTGTGTCAGAGTTCCAGTCTTACAGGACATAAGAAAGTCCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTAGAGAGAAAGGTCATCAGTGTCATGAGTGTGGGAAAGCCTTTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104570 CTAGAGAGAAAGGTCATCAGTGTCATGAGTGTGGGAAAGCCTTTCAGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AGTTCACACCTCGTCAGACATCAGAAAATCCATCTTGGTGAGAAGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104620 AGTTCACACCTCGTCAGACATCAGAAAATCCATCTTGGTGAGAAGCCTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCAGTGCAATGAGTGTGGCAAAGTCTTTAGCCAGAATGCAGGCCTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104670 TCAGTGCAATGAGTGTGGCAAAGTCTTTAGCCAGAATGCAGGCCTTTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AACATCTCAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTATCTATGTATCCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104720 AACATCTCAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTATCTATGTATCCATTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGAAAAAATTTTAGGCGCAGCTCTCACCTTAATCGACATCAGAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104770 GGAAAAAATTTTAGGCGCAGCTCTCACCTTAATCGACATCAGAGAATTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAGTCAGGAGGAGCCCTGTGAGTGCAAGGAGTGTGGAAAAACCTTTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104820 CAGTCAGGAGGAGCCCTGTGAGTGCAAGGAGTGTGGAAAAACCTTTAGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGGCCTTACTCCTCACCCACCATCAGAGAATCCATAGTCACTCCAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104870 AGGCCTTACTCCTCACCCACCATCAGAGAATCCATAGTCACTCCAAAAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CATCAATGTAACGAGTGTGGAAAAGCTTTCAGTTTGACCTCAGACCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104920 CATCAATGTAACGAGTGTGGAAAAGCTTTCAGTTTGACCTCAGACCTTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TCGACACCACAGAATTCATACTGGAGAAAAACCTTTCAAGTGTAACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104970 TCGACACCACAGAATTCATACTGGAGAAAAACCTTTCAAGTGTAACATAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GCCAGAAAGCCTTCCGACTAAACTCACACCTTGCTCAGCATGTAAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105020 GCCAGAAAGCCTTCCGACTAAACTCACACCTTGCTCAGCATGTAAGAATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CACAATGAAGAAAAACCCTATCAGTGTAGTGAATGTGGAGAAGCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105070 CACAATGAAGAAAAACCCTATCAGTGTAGTGAATGTGGAGAAGCCTTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GCAAAGGTCAGGTCTTTTTCAACATCAGAGATATCACCACAAAGACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105120 GCAAAGGTCAGGTCTTTTTCAACATCAGAGATATCACCACAAAGACAAAC

   1450     .
   1433 TGGCT
        |||||
 105170 TGGCT