seq1 = pF1KB5487.tfa, 744 bp
seq2 = pF1KB5487/gi568815594f_52762508.tfa (gi568815594f:52762508_52965802), 203295 bp

>pF1KB5487 744
>gi568815594f:52762508_52965802 (Chr4)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-199  (100761-100817)   100% ->
200-276  (101971-102047)   100% ->
277-744  (102828-103295)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCTCATTCAGAACATGTGCACCATCGCCGAGTACCCCGCGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCCTCATTCAGAACATGTGCACCATCGCCGAGTACCCCGCGCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACGCCGCGGCCTCCGACTGCTGTGTGGGCGCCGCCGGCCGCCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACGCCGCGGCCTCCGACTGCTGTGTGGGCGCCGCCGGCCGCCGCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAGATCGCCGTGGTGGGCGCCAGCGGCGTGGGCAAGACCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 TCAAGATCGCCGTGGTGGGCGCCAGCGGCGTGGGCAAGACCGGTG...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  CACTGGTGGTCCGGTTCCTCACCAAACGATTCATCGGTGACTATGAAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100760 GCACTGGTGGTCCGGTTCCTCACCAAACGATTCATCGGTGACTATGAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATGCAG         GTAATCTCTATACTAGACAAGTTCAGATAGAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100810 AAATGCAGGTG...TAGGTAATCTCTATACTAGACAAGTTCAGATAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGAAACCCTGGCTCTTCAGGTTCAAGACACTCCAGGTATTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102004 GTGAAACCCTGGCTCTTCAGGTTCAAGACACTCCAGGTATTCAGGTG...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277    GTCCATGAGAACAGCCTGAGCTGCAGTGAACAGCTGAATAGGTGCAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102825 CAGGTCCATGAGAACAGCCTGAGCTGCAGTGAACAGCTGAATAGGTGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGCTGGGCAGATGCTGTGGTGATCGTTTTCTCCATCACTGACTACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102875 TCGCTGGGCAGATGCTGTGGTGATCGTTTTCTCCATCACTGACTACAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTATGAACTCATCAGCCAGCTCCACCAGCACGTGCAGCAGCTACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102925 GCTATGAACTCATCAGCCAGCTCCACCAGCACGTGCAGCAGCTACACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCACCCGGCTGCCTGTGGTGGTCGTGGCCAACAAAGCTGACCTGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102975 GGCACCCGGCTGCCTGTGGTGGTCGTGGCCAACAAAGCTGACCTGTTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCAAACAGGTTGACCCTCAGCTTGGACTGCAGCTAGCCAGCATGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103025 CATCAAACAGGTTGACCCTCAGCTTGGACTGCAGCTAGCCAGCATGCTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTGCTCATTCTATGAAGTGTCTGTCAGTGAAAATTATAATGATGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103075 GCTGCTCATTCTATGAAGTGTCTGTCAGTGAAAATTATAATGATGTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGCGCCTTCCACGTCCTCTGTAAAGAGGTCAGTCACAAACAGCAGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103125 AGCGCCTTCCACGTCCTCTGTAAAGAGGTCAGTCACAAACAGCAGCCTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGTACACCCGAGAAGCGAAGAACCTCCCTCATTCCCAGGCCCAAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103175 CAGTACACCCGAGAAGCGAAGAACCTCCCTCATTCCCAGGCCCAAGTCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCAACATGCAGGACCTGAAGAGGAGGTTTAAGCAAGCCCTCTCTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103225 CCAACATGCAGGACCTGAAGAGGAGGTTTAAGCAAGCCCTCTCTGCCAAA

    750     .    :    .    :
    724 GTGAGGACTGTCACCTCCGTC
        |||||||||||||||||||||
 103275 GTGAGGACTGTCACCTCCGTC