seq1 = pF1KB5476.tfa, 441 bp
seq2 = pF1KB5476/gi568815594r_102697418.tfa (gi568815594r:102697418_102909857), 212440 bp

>pF1KB5476 441
>gi568815594r:102697418_102909857 (Chr4)

(complement)

1-24  (83350-83373)   100% ->
25-88  (100003-100066)   100% ->
89-120  (100155-100186)   100% ->
121-198  (107220-107297)   100% ->
199-304  (108299-108404)   100% ->
305-398  (110358-110451)   100% ->
399-441  (112398-112440)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGAAACGGATTAATAAG         GAACTTAGTGATTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  83350 ATGGCGCTGAAACGGATTAATAAGGTA...TAGGAACTTAGTGATTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCGTGACCCTCCAGCACAATGTTCTGCAGGTCCAGTTGGGGATGATA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100020 CCGTGACCCTCCAGCACAATGTTCTGCAGGTCCAGTTGGGGATGATAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     89       TGTTTCATTGGCAAGCCACAATTATGGGACCT         AAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100070 ...TAGTGTTTCATTGGCAAGCCACAATTATGGGACCTGTA...CAGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 GACAGCCCATATCAAGGCGGTGTATTCTTTTTGACAATTCATTTTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107223 GACAGCCCATATCAAGGCGGTGTATTCTTTTTGACAATTCATTTTCCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AGACTACCCCTTCAAACCACCTAAG         GTTGCATTTACAACAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107273 AGACTACCCCTTCAAACCACCTAAGGCA...TAGGTTGCATTTACAACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 GAATTTATCATCCAAATATTAACAGTAATGGCAGCATTTGTCTCGATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108315 GAATTTATCATCCAAATATTAACAGTAATGGCAGCATTTGTCTCGATATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CTAAGATCACAGTGGTCGCCTGCTTTAACAATTTCTAAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108365 CTAAGATCACAGTGGTCGCCTGCTTTAACAATTTCTAAAGGTA...CAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 TCTTTTATCCATTTGTTCACTGCTATGTGATCCAAACCCAGATGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110359 TCTTTTATCCATTTGTTCACTGCTATGTGATCCAAACCCAGATGACCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TAGTGCCAGAGATTGCACGGATCTATAAAACAGACAGAGATAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110409 TAGTGCCAGAGATTGCACGGATCTATAAAACAGACAGAGATAAGTA...C

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    399   GTACAACAGAATATCTCGGGAATGGACTCAGAAGTATGCCATG
        >>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112396 AGGTACAACAGAATATCTCGGGAATGGACTCAGAAGTATGCCATG