seq1 = pF1KB5464.tfa, 798 bp
seq2 = pF1KB5464/gi568815585f_48133361.tfa (gi568815585f:48133361_48361221), 227861 bp

>pF1KB5464 798
>gi568815585f:48133361_48361221 (Chr13)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-246  (120448-120576)   100% ->
247-453  (122817-123023)   100% ->
454-564  (124766-124876)   100% ->
565-715  (125437-125587)   100% ->
716-798  (127779-127861)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAAGGTGACGTTCAACTCCGCTCTGGCCCAGAAGGAGGCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGAAGGTGACGTTCAACTCCGCTCTGGCCCAGAAGGAGGCCAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGAGCCCAAGAGCGGCGAGGAGGCGCTCATCATCCCCCCCGACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACGAGCCCAAGAGCGGCGAGGAGGCGCTCATCATCCCCCCCGACGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGCGGTGGACTGCAAG         GACCCAGATGATGTGGTACCAGTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGCGGTGGACTGCAAGGTC...TAGGACCCAGATGATGTGGTACCAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCAAAGAAGAGCCTGGTGTTGGTGCATGTGCTTTGGACTAGCATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120472 GGCCAAAGAAGAGCCTGGTGTTGGTGCATGTGCTTTGGACTAGCATTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTTGCAGGTGTTATTCTAGGAGGAGCATACTTGTACAAATATTTTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120522 GCTTGCAGGTGTTATTCTAGGAGGAGCATACTTGTACAAATATTTTGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCAA         CCAGATGACGTGTACTACTGTGGAATAAAGTACATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120572 TTCAAGTA...TAGCCAGATGACGTGTACTACTGTGGAATAAAGTACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGATGATGTCATCTTAAATGAGCCCTCTGCAGATGCCCCAGCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122853 AAAGATGATGTCATCTTAAATGAGCCCTCTGCAGATGCCCCAGCTGCTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACCAGACAATTGAAGAAAATATTAAAATCTTTGAAGAAGAAGAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122903 CTACCAGACAATTGAAGAAAATATTAAAATCTTTGAAGAAGAAGAAGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AATTTATCAGTGTGCCTGTCCCAGAGTTTGCAGATAGTGATCCTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122953 AATTTATCAGTGTGCCTGTCCCAGAGTTTGCAGATAGTGATCCTGCCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTGTTCATGACTTTAACAAG         AAACTTACAGCCTATTTAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 123003 ATTGTTCATGACTTTAACAAGGTG...CAGAAACTTACAGCCTATTTAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTTAACCTGGATAAGTGCTATGTGATCCCTCTGAACACTTCCATTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124786 TCTTAACCTGGATAAGTGCTATGTGATCCCTCTGAACACTTCCATTGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCCACCCAGAAACCTACTGGAGTTACTTATTAACATCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 124836 TGCCACCCAGAAACCTACTGGAGTTACTTATTAACATCAAGGTA...TAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTGGAACCTATTTGCCTCAGTCCTATCTGATTCATGAGCACATGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125437 GCTGGAACCTATTTGCCTCAGTCCTATCTGATTCATGAGCACATGGTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TACTGATCGCATTGAAAACATTGATCACCTGGGTTTCTTTATTTATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125487 TACTGATCGCATTGAAAACATTGATCACCTGGGTTTCTTTATTTATCGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTGTCATGACAAGGAAACTTACAAACTGCAACGCAGAGAAACTATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125537 TGTGTCATGACAAGGAAACTTACAAACTGCAACGCAGAGAAACTATTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         GTATTCAGAAACGTGAAGCCAGCAATTGTTTCGCAATTCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125587 GGTA...CAGGTATTCAGAAACGTGAAGCCAGCAATTGTTTCGCAATTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCATTTTGAAAACAAATTTGCCGTGGAAACTTTAATTTGTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127819 GCATTTTGAAAACAAATTTGCCGTGGAAACTTTAATTTGTTCT