seq1 = pF1KB5454.tfa, 1542 bp
seq2 = pF1KB5454/gi568815597f_109113993.tfa (gi568815597f:109113993_109337885), 223893 bp

>pF1KB5454 1542
>gi568815597f:109113993_109337885 (Chr1)

1-136  (100001-100136)   100% ->
137-207  (109986-110056)   100% ->
208-288  (114360-114440)   100% ->
289-447  (115422-115580)   100% ->
448-591  (116886-117029)   100% ->
592-747  (117639-117794)   100% ->
748-969  (121218-121439)   100% ->
970-1099  (121985-122114)   100% ->
1100-1257  (122399-122556)   100% ->
1258-1387  (123252-123381)   100% ->
1388-1542  (123739-123893)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTGGATCTGGATTTGTTTCGGGTGGATAAAGGAGGGGACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCTGGATCTGGATTTGTTTCGGGTGGATAAAGGAGGGGACCCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCATCCGAGAGACGCAGGAGAAGCGCTTCAAGGACCCGGGACTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCATCCGAGAGACGCAGGAGAAGCGCTTCAAGGACCCGGGACTAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAGCTGGTGAAGGCAGACAGCGAGTGGCGACGAT         GTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100101 ACCAGCTGGTGAAGGCAGACAGCGAGTGGCGACGATGTA...TAGGTAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCGGGCAGACAACTTGAACAAGCTGAAGAACCTATGCAGCAAGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109991 TTTCGGGCAGACAACTTGAACAAGCTGAAGAACCTATGCAGCAAGACAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGGAGAGAAAATGAAG         AAAAAAGAGCCAGTGGGAGATGATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 110041 CGGAGAGAAAATGAAGGTA...CAGAAAAAAGAGCCAGTGGGAGATGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTCTGTCCCAGAGAATGTGCTGAGTTTCGATGACCTTACTGCAGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114385 AGTCTGTCCCAGAGAATGTGCTGAGTTTCGATGACCTTACTGCAGACGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTAGCT         AACCTGAAAGTCTCACAAATCAAAAAAGTCCGACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114435 TTAGCTGTA...CAGAACCTGAAAGTCTCACAAATCAAAAAAGTCCGACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTCATTGATGAAGCCATCCTGAAGTGTGACGCGGAGCGGATAAAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115457 CCTCATTGATGAAGCCATCCTGAAGTGTGACGCGGAGCGGATAAAGTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGCAGAGCGGTTTGAGAACCTCCGAGAGATTGGGAACCTTCTGCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115507 AAGCAGAGCGGTTTGAGAACCTCCGAGAGATTGGGAACCTTCTGCACCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTGTACCCATCAGTAACGATGAG         GATGTGGACAACAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115557 TCTGTACCCATCAGTAACGATGAGGTA...TAGGATGTGGACAACAAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAGAGGATTTGGGGTGATTGTACAGTCAGGAAGAAGTACTCTCATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116903 AGAGAGGATTTGGGGTGATTGTACAGTCAGGAAGAAGTACTCTCATGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCTGGTGGTGATGGTAGATGGCTTTGAAGGCGAAAAGGGGGCCGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116953 ACCTGGTGGTGATGGTAGATGGCTTTGAAGGCGAAAAGGGGGCCGTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTGGGAGTCGAGGGTACTTCTTGAAG         GGGGTCCTGGTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117003 GCTGGGAGTCGAGGGTACTTCTTGAAGGTA...TAGGGGGTCCTGGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTGGAACAGGCTCTCATCCAGTATGCCCTTCGCACCTTGGGAAGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117653 CCTGGAACAGGCTCTCATCCAGTATGCCCTTCGCACCTTGGGAAGTCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTACATTCCCATTTATACCCCCTTTTTCATGAGGAAGGAGGTCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117703 GCTACATTCCCATTTATACCCCCTTTTTCATGAGGAAGGAGGTCATGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGTGGCACAGCTCAGCCAGTTTGATGAAGAACTTTATAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117753 GAGGTGGCACAGCTCAGCCAGTTTGATGAAGAACTTTATAAGGTG...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    748  GTGATTGGCAAAGGCAGTGAAAAGTCTGATGACAACTCCTATGATGAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121217 GGTGATTGGCAAAGGCAGTGAAAAGTCTGATGACAACTCCTATGATGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGTACCTGATTGCCACCTCAGAGCAGCCCATTGCTGCCCTGCACCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121267 AGTACCTGATTGCCACCTCAGAGCAGCCCATTGCTGCCCTGCACCGGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGTGGCTCCGGCCGGAGGACCTGCCCATCAAGTATGCTGGCCTGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121317 GAGTGGCTCCGGCCGGAGGACCTGCCCATCAAGTATGCTGGCCTGTCTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGCTTCCGTCAGGAGGTGGGCTCCCATGGCCGTGACACCCGTGGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121367 CTGCTTCCGTCAGGAGGTGGGCTCCCATGGCCGTGACACCCGTGGCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCGAGTCCATCAGTTTGAGAAG         ATTGAACAGTTTGTGTAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 121417 TCCGAGTCCATCAGTTTGAGAAGGTG...CAGATTGAACAGTTTGTGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCATCACCCCATGACAACAAGTCATGGGAGATGTTTGAAGAGATGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122003 TCATCACCCCATGACAACAAGTCATGGGAGATGTTTGAAGAGATGATTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACCGCAGAGGAGTTCTACCAGTCCCTGGGGATTCCTTACCACATTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122053 CACCGCAGAGGAGTTCTACCAGTCCCTGGGGATTCCTTACCACATTGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATATTGTCTCAG         GTTCTTTGAATCATGCTGCCAGTAAGAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 122103 ATATTGTCTCAGGTA...CAGGTTCTTTGAATCATGCTGCCAGTAAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTTGACCTGGAGGCCTGGTTTCCGGGCTCAGGAGCCTTCCGTGAGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122428 CTTGACCTGGAGGCCTGGTTTCCGGGCTCAGGAGCCTTCCGTGAGTTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTCCTGTTCTAATTGCACGGATTACCAGGCTCGCCGGCTTCGAATCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122478 CTCCTGTTCTAATTGCACGGATTACCAGGCTCGCCGGCTTCGAATCCGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATGGGCAAACCAAGAAGATGATGGACAAG         GTGGAGTTTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122528 ATGGGCAAACCAAGAAGATGATGGACAAGGTA...CAGGTGGAGTTTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CATATGCTCAATGCTACCATGTGCGCCACTACCCGTACCATCTGCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123264 CATATGCTCAATGCTACCATGTGCGCCACTACCCGTACCATCTGCGCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTGGAGAACTACCAGACAGAGAAGGGCATCACTGTGCCTGAGAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123314 CCTGGAGAACTACCAGACAGAGAAGGGCATCACTGTGCCTGAGAAATTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGGAGTTCATGCCGCCAG         GACTGCAAGAACTGATCCCCTTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 123364 AGGAGTTCATGCCGCCAGGTA...CAGGACTGCAAGAACTGATCCCCTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGAAGCCTGCGCCCATTGAGCAGGAGCCATCAAAGAAGCAGAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123762 GTGAAGCCTGCGCCCATTGAGCAGGAGCCATCAAAGAAGCAGAAGAAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ACATGAGGGCAGCAAAAAGAAAGCAGCAGCAAGAGACGTCACCCTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123812 ACATGAGGGCAGCAAAAAGAAAGCAGCAGCAAGAGACGTCACCCTAGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :
   1511 ACAGGCTGCAGAACATGGAGGTCACCGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 123862 ACAGGCTGCAGAACATGGAGGTCACCGATGCT