seq1 = pF1KB5444.tfa, 2172 bp
seq2 = pF1KB5444/gi568815592f_44148630.tfa (gi568815592f:44148630_44353595), 204966 bp

>pF1KB5444 2172
>gi568815592f:44148630_44353595 (Chr6)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-354  (100748-100954)   100% ->
355-514  (101046-101205)   100% ->
515-648  (101392-101525)   100% ->
649-957  (101662-101970)   100% ->
958-1123  (102419-102584)   100% ->
1124-1314  (102789-102979)   100% ->
1315-1462  (103108-103255)   100% ->
1463-1731  (103370-103638)   100% ->
1732-2065  (104416-104749)   100% ->
2066-2172  (104860-104966)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGAGGAAGTGCACCATGGAGAGGAGGAGGTGGAGACTTTTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGAGGAAGTGCACCATGGAGAGGAGGAGGTGGAGACTTTTGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGGCAGAAATTGCCCAACTCATGTCCCTCATCATCAATACCTTCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGGCAGAAATTGCCCAACTCATGTCCCTCATCATCAATACCTTCTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAACAAGGAGATTTTCCTTCGGGAGTTGATCTCTAATGCTTCTGAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 CCAACAAGGAGATTTTCCTTCGGGAGTTGATCTCTAATGCTTCTGATGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       GCCTTGGACAAGATTCGCTATGAGAGCCTGACAGACCCTTCGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...CAGGCCTTGGACAAGATTCGCTATGAGAGCCTGACAGACCCTTCGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTGGACAGTGGTAAAGAGCTGAAAATTGACATCATCCCCAACCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100792 GTTGGACAGTGGTAAAGAGCTGAAAATTGACATCATCCCCAACCCTCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACGTACCCTGACTTTGGTAGACACAGGCATTGGCATGACCAAAGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100842 AACGTACCCTGACTTTGGTAGACACAGGCATTGGCATGACCAAAGCTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCATAAATAATTTGGGAACCATTGCCAAGTCTGGTACTAAAGCATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100892 CTCATAAATAATTTGGGAACCATTGCCAAGTCTGGTACTAAAGCATTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAGGCTCTTCAG         GCTGGTGCAGACATCTCCATGATTGGGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100942 GGAGGCTCTTCAGGTA...CAGGCTGGTGCAGACATCTCCATGATTGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTTTGGTGTTGGCTTTTATTCTGCCTACTTGGTGGCAGAGAAAGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101074 AGTTTGGTGTTGGCTTTTATTCTGCCTACTTGGTGGCAGAGAAAGTGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGATCACAAAGCACAACGATGATGAACAGTATGCTTGGGAGTCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101124 GTGATCACAAAGCACAACGATGATGAACAGTATGCTTGGGAGTCTTCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGAGGTTCCTTCACTGTGCGTGCTGACCATG         GTGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101174 TGGAGGTTCCTTCACTGTGCGTGCTGACCATGGTA...TAGGTGAGCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGGCAGGGGTACCAAAGTGATCCTCCATCTTAAAGAAGATCAGACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TTGGCAGGGGTACCAAAGTGATCCTCCATCTTAAAGAAGATCAGACAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACCTAGAAGAGAGGCGGGTCAAAGAAGTAGTGAAGAAGCATTCTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TACCTAGAAGAGAGGCGGGTCAAAGAAGTAGTGAAGAAGCATTCTCAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATAGGCTATCCCATCACCCTTTAT         TTGGAGAAGGAACGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101501 CATAGGCTATCCCATCACCCTTTATGTG...TAGTTGGAGAAGGAACGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGAAGGAAATTAGTGATGATGAGGCAGAGGAAGAGAAAGGTGAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101678 AGAAGGAAATTAGTGATGATGAGGCAGAGGAAGAGAAAGGTGAGAAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGGAAGATAAAGATGATGAAGAAAAACCCAAGATCGAAGATGTGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101728 GAGGAAGATAAAGATGATGAAGAAAAACCCAAGATCGAAGATGTGGGTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGATGAGGAGGATGACAGCGGTAAGGATAAGAAGAAGAAAACTAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101778 AGATGAGGAGGATGACAGCGGTAAGGATAAGAAGAAGAAAACTAAGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCAAAGAGAAATACATTGATCAGGAAGAACTAAACAAGACCAAGCCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101828 TCAAAGAGAAATACATTGATCAGGAAGAACTAAACAAGACCAAGCCTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGGACCAGAAACCCTGATGACATCACCCAAGAGGAGTATGGAGAATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101878 TGGACCAGAAACCCTGATGACATCACCCAAGAGGAGTATGGAGAATTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAAGAGCCTCACTAATGACTGGGAAGACCACTTGGCAGTCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101928 CAAGAGCCTCACTAATGACTGGGAAGACCACTTGGCAGTCAAGGTG...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958   CACTTTTCTGTAGAAGGTCAGTTGGAATTCAGGGCATTGCTATTTATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102417 AGCACTTTTCTGTAGAAGGTCAGTTGGAATTCAGGGCATTGCTATTTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCTCGTCGGGCTCCCTTTGACCTTTTTGAGAACAAGAAGAAAAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102467 CCTCGTCGGGCTCCCTTTGACCTTTTTGAGAACAAGAAGAAAAAGAACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CATCAAACTCTATGTCCGCCGTGTGTTCATCATGGACAGCTGTGATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102517 CATCAAACTCTATGTCCGCCGTGTGTTCATCATGGACAGCTGTGATGAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGATACCAGAGTATCTCA         ATTTTATCCGTGGTGTGGTTGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102567 TGATACCAGAGTATCTCAGTG...CAGATTTTATCCGTGGTGTGGTTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TCTGAGGATCTGCCCCTGAACATCTCCCGAGAAATGCTCCAGCAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102812 TCTGAGGATCTGCCCCTGAACATCTCCCGAGAAATGCTCCAGCAGAGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AATCTTGAAAGTCATTCGCAAAAACATTGTTAAGAAGTGCCTTGAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102862 AATCTTGAAAGTCATTCGCAAAAACATTGTTAAGAAGTGCCTTGAGCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCTCTGAGCTGGCAGAAGACAAGGAGAATTACAAGAAATTCTATGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102912 TCTCTGAGCTGGCAGAAGACAAGGAGAATTACAAGAAATTCTATGAGGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTCTCTAAAAATCTCAAG         CTTGGAATCCACGAAGACTCCAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102962 TTCTCTAAAAATCTCAAGGTA...AAGCTTGGAATCCACGAAGACTCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TAACCGCCGCCGCCTGTCTGAGCTGCTGCGCTATCATACCTCCCAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103131 TAACCGCCGCCGCCTGTCTGAGCTGCTGCGCTATCATACCTCCCAGTCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GAGATGAGATGACATCTCTGTCAGAGTATGTTTCTCGCATGAAGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103181 GAGATGAGATGACATCTCTGTCAGAGTATGTTTCTCGCATGAAGGAGACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CAGAAGTCCATCTATTACATCACTG         GTGAGAGCAAAGAGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103231 CAGAAGTCCATCTATTACATCACTGGTG...CAGGTGAGAGCAAAGAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGTGGCCAACTCAGCTTTTGTGGAGCGAGTGCGGAAACGGGGCTTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103386 GGTGGCCAACTCAGCTTTTGTGGAGCGAGTGCGGAAACGGGGCTTCGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGGTATATATGACCGAGCCCATTGACGAGTACTGTGTGCAGCAGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103436 TGGTATATATGACCGAGCCCATTGACGAGTACTGTGTGCAGCAGCTCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GAATTTGATGGGAAGAGCCTGGTCTCAGTTACCAAGGAGGGTCTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103486 GAATTTGATGGGAAGAGCCTGGTCTCAGTTACCAAGGAGGGTCTGGAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GCCTGAGGATGAGGAGGAGAAGAAGAAGATGGAAGAGAGCAAGGCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103536 GCCTGAGGATGAGGAGGAGAAGAAGAAGATGGAAGAGAGCAAGGCAAAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TTGAGAACCTCTGCAAGCTCATGAAAGAAATCTTAGATAAGAAGGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103586 TTGAGAACCTCTGCAAGCTCATGAAAGAAATCTTAGATAAGAAGGTTGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 AAG         GTGACAATCTCCAATAGACTTGTGTCTTCACCTTGCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103636 AAGGTA...CAGGTGACAATCTCCAATAGACTTGTGTCTTCACCTTGCTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CATTGTGACCAGCACCTACGGCTGGACAGCCAATATGGAGCGGATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104454 CATTGTGACCAGCACCTACGGCTGGACAGCCAATATGGAGCGGATCATGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AAGCCCAGGCACTTCGGGACAACTCCACCATGGGCTATATGATGGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104504 AAGCCCAGGCACTTCGGGACAACTCCACCATGGGCTATATGATGGCCAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AAGCACCTGGAGATCAACCCTGACCACCCCATTGTGGAGACGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104554 AAGCACCTGGAGATCAACCCTGACCACCCCATTGTGGAGACGCTGCGGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GAAGGCTGAGGCCGACAAGAATGATAAGGCAGTTAAGGACCTGGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104604 GAAGGCTGAGGCCGACAAGAATGATAAGGCAGTTAAGGACCTGGTGGTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TGCTGTTTGAAACCGCCCTGCTATCTTCTGGCTTTTCCCTTGAGGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104654 TGCTGTTTGAAACCGCCCTGCTATCTTCTGGCTTTTCCCTTGAGGATCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 CAGACCCACTCCAACCGCATCTATCGCATGATCAAGCTAGGTCTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104704 CAGACCCACTCCAACCGCATCTATCGCATGATCAAGCTAGGTCTAGGTA.

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066      GTATTGATGAAGATGAAGTGGCAGCAGAGGAACCCAATGCTGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104754 ..CAGGTATTGATGAAGATGAAGTGGCAGCAGAGGAACCCAATGCTGCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TTCCTGATGAGATCCCCCCTCTCGAGGGCGATGAGGATGCGTCTCGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104905 TTCCTGATGAGATCCCCCCTCTCGAGGGCGATGAGGATGCGTCTCGCATG

   2250     .    :
   2161 GAAGAAGTCGAT
        ||||||||||||
 104955 GAAGAAGTCGAT