seq1 = pF1KB5437.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KB5437/gi568815585f_52552921.tfa (gi568815585f:52552921_52787832), 234912 bp

>pF1KB5437 999
>gi568815585f:52552921_52787832 (Chr13)

1-38  (100001-100038)   100% ->
39-96  (100126-100183)   100% ->
97-187  (104612-104702)   100% ->
188-257  (105479-105548)   100% ->
258-328  (106259-106329)   100% ->
329-382  (109729-109782)   100% ->
383-399  (110176-110192)   100% ->
400-422  (111115-111137)   100% ->
423-519  (112717-112813)   100% ->
520-627  (113892-113999)   100% ->
628-718  (123310-123400)   100% ->
719-900  (127054-127235)   100% ->
901-999  (134814-134912)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCTGCAGCAGGAACTGCAACATCCCAGAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100001 ATGGCGGCGGCTGCAGCAGGAACTGCAACATCCCAGAGGTG...CAGGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTTCCAGAGCTTCTCGGATGCCCTAATCGACGAGGACCCCCAGGCGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100129 TTTCCAGAGCTTCTCGGATGCCCTAATCGACGAGGACCCCCAGGCGGCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGAG         GAGCTGACTAAGGCTTTGGAACAGAAACCAGATGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100179 TAGAGGTG...TAGGAGCTGACTAAGGCTTTGGAACAGAAACCAGATGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCACAGTATTATTGTCAAAGAGCTTATTGTCACATTCTTCTTGGGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104648 GCACAGTATTATTGTCAAAGAGCTTATTGTCACATTCTTCTTGGGAATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGTG         TTGCTGTTGCTGATGCAAAGAAGTCTCTAGAACTCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104698 CTGTGGTA...CAGTTGCTGTTGCTGATGCAAAGAAGTCTCTAGAACTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATCCAAATAATTCCACTGCTATGCTGAGAAAAGG         AATATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105515 ATCCAAATAATTCCACTGCTATGCTGAGAAAAGGGTA...CAGAATATGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAATACCATGAAAAAAACTATGCTGCTGCCCTAGAAACTTTTACAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106266 GAATACCATGAAAAAAACTATGCTGCTGCCCTAGAAACTTTTACAGAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ACAAAAATTAGATA         GTGCAGATGCTAATTTCAGTGTCTGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106316 ACAAAAATTAGATAGTA...TAGGTGCAGATGCTAATTTCAGTGTCTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTAAAAGGTGTCAAGAAGCTCAGAATG         GCTCAGAATCTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109756 TTAAAAGGTGTCAAGAAGCTCAGAATGGTA...TAGGCTCAGAATCTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 GTG         TGGACTCATCAGTCAAAAATCAA         GTATGA
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110190 GTGGTA...CAGTGGACTCATCAGTCAAAAATCAAGTG...TAGGTATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429 CTGGTATCAAACAGAATCTCAAGTAGTCATTACACTTATGATCAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112723 CTGGTATCAAACAGAATCTCAAGTAGTCATTACACTTATGATCAAGAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479 TTCAGAAGAATGATGTAAATGTGGAATTTTCAGAAAAAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112773 TTCAGAAGAATGATGTAAATGTGGAATTTTCAGAAAAAGAGGTC...TAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520 TTGTCTGCTTTGGTTAAACTTCCTTCTGGAGAGGATTACAATTTGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113892 TTGTCTGCTTTGGTTAAACTTCCTTCTGGAGAGGATTACAATTTGAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 GGAACTTCTTCATCCTATAATACCAGAACAGAGCACGTTTAAAGTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113942 GGAACTTCTTCATCCTATAATACCAGAACAGAGCACGTTTAAAGTACTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 CAACAAAG         ATTGAAATTAAACTGAAAAAGCCAGAGGCTGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113992 CAACAAAGGTA...CAGATTGAAATTAAACTGAAAAAGCCAGAGGCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 AGATGGGAAAAGCTAGAGGGGCAAGGAGATGTGCCTACGCCAAAACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123343 AGATGGGAAAAGCTAGAGGGGCAAGGAGATGTGCCTACGCCAAAACAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 CGTAGCAG         ATGTAAAGAACCTATATCCATCATCATCTCCTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 123393 CGTAGCAGGTT...TAGATGTAAAGAACCTATATCCATCATCATCTCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 ATACAAGAAATTGGGATAAATTGGTTGGTGAGATCAAAGAAGAAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127087 ATACAAGAAATTGGGATAAATTGGTTGGTGAGATCAAAGAAGAAGAAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 AATGAAAAGTTGGAGGGAGATGCAGCTTTAAACAGATTATTTCAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127137 AATGAAAAGTTGGAGGGAGATGCAGCTTTAAACAGATTATTTCAGCAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 CTATTCAGATGGTTCTGATGAAGTGAAACGTGCCATGAACAAATCCTTT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 127187 CTATTCAGATGGTTCTGATGAAGTGAAACGTGCCATGAACAAATCCTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901         ATGGAGTCGGGTGGTACAGTTTTGAGTACCAACTGGTCTGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127237 TA...CAGATGGAGTCGGGTGGTACAGTTTTGAGTACCAACTGGTCTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 GTAGGTAAAAGGAAAGTTGAAATCAATCCTCCTGATGATATGGAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134856 GTAGGTAAAAGGAAAGTTGAAATCAATCCTCCTGATGATATGGAATGGAA

   1100     .
    993 AAAGTAC
        |||||||
 134906 AAAGTAC