seq1 = pF1KB5420.tfa, 1302 bp
seq2 = pF1KB5420/gi568815597r_8761363.tfa (gi568815597r:8761363_8974908), 213546 bp

>pF1KB5420 1302
>gi568815597r:8761363_8974908 (Chr1)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-181  (102923-103018)   100% ->
182-240  (104399-104457)   100% ->
241-310  (106852-106921)   100% ->
311-444  (107659-107792)   100% ->
445-667  (108408-108630)   100% ->
668-865  (109427-109624)   100% ->
866-1067  (110817-111018)   100% ->
1068-1176  (111566-111674)   100% ->
1177-1235  (111964-112022)   100% ->
1236-1302  (113480-113546)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTATTCTCAAGATCCATGCCAGGGAGATCTTTGACTCTCGCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTATTCTCAAGATCCATGCCAGGGAGATCTTTGACTCTCGCGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCCACTGTTGAGGTTGATCTCTTCACCTCAAAAG         GTCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 TCCCACTGTTGAGGTTGATCTCTTCACCTCAAAAGGTA...CAGGTCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGAGCTGCTGTGCCCAGTGGTGCTTCAACTGGTATCTATGAGGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102929 TCAGAGCTGCTGTGCCCAGTGGTGCTTCAACTGGTATCTATGAGGCCCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTCCGGGACAATGATAAGACTCGCTATATGGGGAAGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102979 GAGCTCCGGGACAATGATAAGACTCGCTATATGGGGAAGGGTA...CAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTCTCAAAGGCTGTTGAGCACATCAATAAAACTATTGCGCCTGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104400 TGTCTCAAAGGCTGTTGAGCACATCAATAAAACTATTGCGCCTGCCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAGCAAG         AAACTGAACGTCACAGAACAAGAGAAGATTGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104450 TTAGCAAGGTA...TAGAAACTGAACGTCACAGAACAAGAGAAGATTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAACTGATGATCGAGATGGATGGAACAGAAAATAAAT         CTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106885 AAACTGATGATCGAGATGGATGGAACAGAAAATAAATGTG...TAGCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GTTTGGTGCGAACGCCATTCTGGGGGTGTCCCTTGCCGTCTGCAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107663 GTTTGGTGCGAACGCCATTCTGGGGGTGTCCCTTGCCGTCTGCAAAGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTGCCGTTGAGAAGGGGGTCCCCCTGTACCGCCACATCGCTGACTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107713 GTGCCGTTGAGAAGGGGGTCCCCCTGTACCGCCACATCGCTGACTTGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGCAACTCTGAAGTCATCCTGCCAGTCCCG         GCGTTCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107763 GGCAACTCTGAAGTCATCCTGCCAGTCCCGGTG...CAGGCGTTCAATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CATCAATGGCGGTTCTCATGCTGGCAACAAGCTGGCCATGCAGGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108419 CATCAATGGCGGTTCTCATGCTGGCAACAAGCTGGCCATGCAGGAGTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGATCCTCCCAGTCGGTGCAGCAAACTTCAGGGAAGCCATGCGCATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108469 TGATCCTCCCAGTCGGTGCAGCAAACTTCAGGGAAGCCATGCGCATTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAGAGGTTTACCACAACCTGAAGAATGTCATCAAGGAGAAATATGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108519 GCAGAGGTTTACCACAACCTGAAGAATGTCATCAAGGAGAAATATGGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGATGCCACCAATGTGGGGGATGAAGGCGGGTTTGCTCCCAACATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108569 AGATGCCACCAATGTGGGGGATGAAGGCGGGTTTGCTCCCAACATCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAATAAAGAAG         GCCTGGAGCTGCTGAAGACTGCTATTGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108619 AGAATAAAGAAGGTA...CAGGCCTGGAGCTGCTGAAGACTGCTATTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAAGCTGGCTACACTGATAAGGTGGTCATCGGCATGGACGTAGCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109456 AAAGCTGGCTACACTGATAAGGTGGTCATCGGCATGGACGTAGCGGCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGAGTTCTTCAGGTCTGGGAAGTATGACCTGGACTTCAAGTCTCCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109506 CGAGTTCTTCAGGTCTGGGAAGTATGACCTGGACTTCAAGTCTCCCGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCCCAGCAGGTACATCTCGCCTGACCAGCTGGCTGACCTGTACAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109556 ACCCCAGCAGGTACATCTCGCCTGACCAGCTGGCTGACCTGTACAAGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCATCAAGGACTACCCAG         TGGTGTCTATCGAAGATCCCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109606 TTCATCAAGGACTACCCAGGTG...TAGTGGTGTCTATCGAAGATCCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGACCAGGATGACTGGGGAGCTTGGCAGAAGTTCACAGCCAGTGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110839 TGACCAGGATGACTGGGGAGCTTGGCAGAAGTTCACAGCCAGTGCAGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCAGGTAGTGGGGGATGATCTCACAGTGACCAACCCAAAGAGGATCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110889 TCCAGGTAGTGGGGGATGATCTCACAGTGACCAACCCAAAGAGGATCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGGCCGTGAACGAGAAGTCCTGCAACTGCCTCCTGCTCAAAGTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110939 AAGGCCGTGAACGAGAAGTCCTGCAACTGCCTCCTGCTCAAAGTCAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATTGGCTCCGTGACCGAGTCTCTTCAGGC         GTGCAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110989 GATTGGCTCCGTGACCGAGTCTCTTCAGGCGTA...CAGGTGCAAGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCAGGCCAATGGTTGGGGCGTCATGGTGTCTCATCGTTCGGGGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111577 CCCAGGCCAATGGTTGGGGCGTCATGGTGTCTCATCGTTCGGGGGAGACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAGATACCTTCATCGCTGACCTGGTTGTGGGGCTGTGCACTGGGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111627 GAAGATACCTTCATCGCTGACCTGGTTGTGGGGCTGTGCACTGGGCAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1177        ATCAAGACTGGTGCCCCTTGCCGATCTGAGCGCTTGGCCAAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111677 A...TAGATCAAGACTGGTGCCCCTTGCCGATCTGAGCGCTTGGCCAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACAACCAGCTCCTCAG         AATTGAAGAGGAGCTGGGCAGCAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112007 ACAACCAGCTCCTCAGGTA...AAGAATTGAAGAGGAGCTGGGCAGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCTAAGTTTGCCGGCAGGAACTTCAGAAACCCCTTGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113505 GCTAAGTTTGCCGGCAGGAACTTCAGAAACCCCTTGGCCAAG