seq1 = pF1KB5411.tfa, 1785 bp
seq2 = pF1KB5411/gi568815576f_29503999.tfa (gi568815576f:29503999_29794799), 290801 bp

>pF1KB5411 1785
>gi568815576f:29503999_29794799 (Chr22)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-240  (132753-132878)   100% ->
241-363  (135092-135214)   100% ->
364-447  (138204-138287)   100% ->
448-516  (150659-150727)   100% ->
517-599  (151596-151678)   100% ->
600-675  (154191-154266)   100% ->
676-810  (157207-157341)   100% ->
811-885  (160992-161066)   100% ->
886-999  (164335-164448)   100% ->
1000-1122  (167828-167950)   100% ->
1123-1340  (169271-169488)   100% ->
1341-1446  (170838-170943)   100% ->
1447-1574  (174198-174325)   100% ->
1575-1737  (177441-177603)   100% ->
1738-1785  (190754-190801)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGGCCATCGCTTCCCGCATGAGCTTCAGCTCTCTCAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGGGCCATCGCTTCCCGCATGAGCTTCAGCTCTCTCAAGAGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAACCCAAGACGTTCACCGTGAGGATCGTCACCATGGACGCCGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAACCCAAGACGTTCACCGTGAGGATCGTCACCATGGACGCCGAGATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTCAATTGCGAG         ATGAAGTGGAAAGGGAAGGACCTCTTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTCAATTGCGAGGTA...CAGATGAAGTGGAAAGGGAAGGACCTCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATTTGGTGTGCCGGACTCTGGGGCTCCGAGAAACCTGGTTCTTTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132780 GATTTGGTGTGCCGGACTCTGGGGCTCCGAGAAACCTGGTTCTTTGGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGTACACAATCAAGGACACAGTGGCCTGGCTCAAAATGGACAAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 132830 GCAGTACACAATCAAGGACACAGTGGCCTGGCTCAAAATGGACAAGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GTACTGGATCATGATGTTTCAAAGGAAGAACCAGTCACCTTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132880 TT...CAGGTACTGGATCATGATGTTTCAAAGGAAGAACCAGTCACCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACTTCTTGGCCAAATTTTATCCTGAGAATGCTGAAGAGGAGCTGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135134 CACTTCTTGGCCAAATTTTATCCTGAGAATGCTGAAGAGGAGCTGGTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGATCACACAACATTTATTCTTCTTACAG         GTAAAGAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 135184 GGAGATCACACAACATTTATTCTTCTTACAGGTA...CAGGTAAAGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGATTTTAGATGAAAAGATCTACTGCCCTCCTGAGGCTTCTGTGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138214 AGATTTTAGATGAAAAGATCTACTGCCCTCCTGAGGCTTCTGTGCTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTTCTTACGCCGTCCAGGCCAAG         TATGGTGACTACGACCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 138264 GCTTCTTACGCCGTCCAGGCCAAGGTA...CAGTATGGTGACTACGACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGTGTTCACAAGCGGGGATTTTTGGCCCAAGAGGAATTGCTTCCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150676 CAGTGTTCACAAGCGGGGATTTTTGGCCCAAGAGGAATTGCTTCCAAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GG         GTAATAAATCTGTATCAGATGACTCCGGAAATGTGGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150726 GGGTA...TAGGTAATAAATCTGTATCAGATGACTCCGGAAATGTGGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGAGAATTACTGCTTGGTACGCAGAGCACCGAGGCCGAGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 151635 GAGAGAATTACTGCTTGGTACGCAGAGCACCGAGGCCGAGCCAGGTG...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600    GGATGAAGCTGAAATGGAATATCTGAAGATAGCTCAGGACCTGGAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154188 CAGGGATGAAGCTGAAATGGAATATCTGAAGATAGCTCAGGACCTGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTACGGTGTGAACTACTTTGCAATCCGG         AATAAAAAGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 154238 TGTACGGTGTGAACTACTTTGCAATCCGGGTG...CAGAATAAAAAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACAGAGCTGCTGCTTGGAGTGGATGCCCTGGGGCTTCACATTTATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157219 ACAGAGCTGCTGCTTGGAGTGGATGCCCTGGGGCTTCACATTTATGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAGAACAGACTGACCCCCAAGATCTCCTTCCCGTGGAATGAAATCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157269 TGAGAACAGACTGACCCCCAAGATCTCCTTCCCGTGGAATGAAATCCGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACATCTCGTACAGTGACAAGGAG         TTTACTATTAAACCACTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 157319 ACATCTCGTACAGTGACAAGGAGGTA...CAGTTTACTATTAAACCACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GATAAGAAAATTGATGTCTTCAAGTTTAACTCCTCAAAGCTTCGTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161010 GATAAGAAAATTGATGTCTTCAAGTTTAACTCCTCAAAGCTTCGTGTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TAAGCTG         ATTCTCCAGCTATGTATCGGGAACCATGATCTAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161060 TAAGCTGGTA...CAGATTCTCCAGCTATGTATCGGGAACCATGATCTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTATGAGGAGAAGGAAAGCCGATTCTTTGGAAGTTCAGCAGATGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164369 TTATGAGGAGAAGGAAAGCCGATTCTTTGGAAGTTCAGCAGATGAAAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGGCCAGGGAGGAGAAGGCTAGAAAGCAG         ATGGAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 164419 CAGGCCAGGGAGGAGAAGGCTAGAAAGCAGGTG...CAGATGGAGCGGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GCGCCTCGCTCGAGAGAAGCAGATGAGGGAGGAGGCTGAACGCACGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167839 GCGCCTCGCTCGAGAGAAGCAGATGAGGGAGGAGGCTGAACGCACGAGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATGAGTTGGAGAGGAGGCTGCTGCAGATGAAAGAAGAAGCAACAATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167889 ATGAGTTGGAGAGGAGGCTGCTGCAGATGAAAGAAGAAGCAACAATGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AACGAAGCACTG         ATGCGGTCTGAGGAGACAGCTGACCTGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 167939 AACGAAGCACTGGTG...CAGATGCGGTCTGAGGAGACAGCTGACCTGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGCTGAAAAGGCCCAGATCACCGAGGAGGAGGCAAAACTTCTGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169300 GGCTGAAAAGGCCCAGATCACCGAGGAGGAGGCAAAACTTCTGGCCCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGGCCGCAGAGGCTGAGCAGGAAATGCAGCGCATCAAGGCCACAGCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169350 AGGCCGCAGAGGCTGAGCAGGAAATGCAGCGCATCAAGGCCACAGCGATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CGCACGGAGGAGGAGAAGCGCCTGATGGAGCAGAAGGTGCTGGAAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169400 CGCACGGAGGAGGAGAAGCGCCTGATGGAGCAGAAGGTGCTGGAAGCCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGTGCTGGCACTGAAGATGGCTGAGGAGTCAGAGAGGAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 169450 GGTGCTGGCACTGAAGATGGCTGAGGAGTCAGAGAGGAGGTG...CAGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCAAAGAGGCAGATCAGCTGAAGCAGGACCTGCAGGAAGCACGCGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170840 CCAAAGAGGCAGATCAGCTGAAGCAGGACCTGCAGGAAGCACGCGAGGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGCGAAGAGCCAAGCAGAAGCTCCTGGAGATTGCCACCAAGCCCACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170890 GAGCGAAGAGCCAAGCAGAAGCTCCTGGAGATTGCCACCAAGCCCACGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCCG         CCCATGAACCCAATTCCAGCACCGTTGCCTCCTGACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170940 CCCGGTG...CAGCCCATGAACCCAATTCCAGCACCGTTGCCTCCTGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TACCAAGCTTCAACCTCATTGGTGACAGCCTGTCTTTCGACTTCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174235 TACCAAGCTTCAACCTCATTGGTGACAGCCTGTCTTTCGACTTCAAAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACTGACATGAAGCGGCTTTCCATGGAGATAGAGAAAGAAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 174285 ACTGACATGAAGCGGCTTTCCATGGAGATAGAGAAAGAAAAGTA...CAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AGTGGAATACATGGAAAAGAGCAAGCATCTGCAGGAGCAGCTCAATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177441 AGTGGAATACATGGAAAAGAGCAAGCATCTGCAGGAGCAGCTCAATGAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCAAGACAGAAATCGAGGCCTTGAAACTGAAAGAGAGGGAGACAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177491 TCAAGACAGAAATCGAGGCCTTGAAACTGAAAGAGAGGGAGACAGCTCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GATATTCTGCACAATGAGAACTCCGACAGGGGTGGCAGCAGCAAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177541 GATATTCTGCACAATGAGAACTCCGACAGGGGTGGCAGCAGCAAGCACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TACCATTAAAAAG         CTCACCTTGCAGAGCGCCAAGTCCCGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 177591 TACCATTAAAAAGGTA...CAGCTCACCTTGCAGAGCGCCAAGTCCCGAG

   1900     .    :    .    :
   1766 TGGCCTTCTTTGAAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||
 190782 TGGCCTTCTTTGAAGAGCTC