seq1 = pF1KB5406.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KB5406/gi568815586r_48902902.tfa (gi568815586r:48902902_49113111), 210210 bp

>pF1KB5406 993
>gi568815586r:48902902_49113111 (Chr12)

(complement)

9-58  (100001-100050)   100% ->
59-168  (107260-107369)   100% ->
169-250  (107569-107650)   100% ->
251-309  (107748-107806)   100% ->
310-355  (107947-107992)   100% ->
356-410  (108094-108148)   100% ->
411-537  (108479-108605)   100% ->
538-703  (109190-109355)   100% ->
704-741  (109517-109554)   100% ->
742-888  (109822-109968)   100% ->
889-993  (110106-110210)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 GGTCATTTCTTCAGATAGCTCCCCAGCTGTGGAAAATGAGCATCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GGTCATTTCTTCAGATAGCTCCCCAGCTGTGGAAAATGAGCATCCTCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59          AGACCCCAGAATCCAACAATAGCGTGTATACTTCCTTCATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTA...CAGAGACCCCAGAATCCAACAATAGCGTGTATACTTCCTTCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 AAGTCTCATCGCTGCTATGACCTGATTCCCACAAGCTCCAAATTGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107301 AAGTCTCATCGCTGCTATGACCTGATTCCCACAAGCTCCAAATTGGTTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 ATTTGATACGTCCCTGCAG         GTGAAGAAAGCTTTTTTTGCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107351 ATTTGATACGTCCCTGCAGGTG...CAGGTGAAGAAAGCTTTTTTTGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 TGGTGACTAACGGTGTACGAGCTGCCCCTTTATGGGATAGTAAGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107591 TGGTGACTAACGGTGTACGAGCTGCCCCTTTATGGGATAGTAAGAAGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 AGTTTTGTGG         GCATGCTGACCATCACTGATTTCATCAATAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107641 AGTTTTGTGGGTA...TAGGCATGCTGACCATCACTGATTTCATCAATAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 CCTGCACCGCTACTATAAATCAGCCTTG         GTACAGATCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107779 CCTGCACCGCTACTATAAATCAGCCTTGGTA...CAGGTACAGATCTATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 AGCTAGAAGAACACAAGATAGAAACTTGGAGAG         AGGTGTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107960 AGCTAGAAGAACACAAGATAGAAACTTGGAGAGGTA...CAGAGGTGTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364 CTCCAGGACTCCTTTAAACCGCTTGTCTGCATTTCTCCTAATGCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108102 CTCCAGGACTCCTTTAAACCGCTTGTCTGCATTTCTCCTAATGCCAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    411       CTTGTTTGATGCTGTCTCTTCATTAATTCGGAACAAGATCCACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108152 ...CAGCTTGTTTGATGCTGTCTCTTCATTAATTCGGAACAAGATCCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455 GGCTGCCAGTTATTGACCCAGAATCAGGCAATACTTTGTACATCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108523 GGCTGCCAGTTATTGACCCAGAATCAGGCAATACTTTGTACATCCTCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 CACAAGCGCATTCTGAAGTTCCTCAAATTGTTT         ATCACTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108573 CACAAGCGCATTCTGAAGTTCCTCAAATTGTTTGTA...CAGATCACTGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 GTTCCCCAAGCCAGAGTTCATGTCCAAGTCTCTGGAAGAGCTACAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109198 GTTCCCCAAGCCAGAGTTCATGTCCAAGTCTCTGGAAGAGCTACAGATTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596 GCACCTATGCCAATATTGCTATGGTTCGCACTACCACCCCCGTCTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109248 GCACCTATGCCAATATTGCTATGGTTCGCACTACCACCCCCGTCTATGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646 GCTCTGGGGATTTTTGTACAGCATCGAGTCTCAGCCCTGCCAGTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109298 GCTCTGGGGATTTTTGTACAGCATCGAGTCTCAGCCCTGCCAGTGGTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696 TGAGAAGG         GGCGTGTGGTGGACATCTACTCCAAGTTTGATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109348 TGAGAAGGGTG...TAGGGCGTGTGGTGGACATCTACTCCAAGTTTGATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 TTATC         AATCTGGCAGCAGAAAAGACCTACAACAACCTAGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109550 TTATCGTG...CAGAATCTGGCAGCAGAAAAGACCTACAACAACCTAGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    778 GTATCTGTGACTAAAGCCTTGCAACATCGATCACATTACTTTGAGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109858 GTATCTGTGACTAAAGCCTTGCAACATCGATCACATTACTTTGAGGGTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 TCTCAAGTGCTACCTGCATGAGACTCTGGAGACCATCATCAACAGGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109908 TCTCAAGTGCTACCTGCATGAGACTCTGGAGACCATCATCAACAGGCTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 TGGAAGCAGAG         GTTCACCGACTTGTAGTGGTGGATGAAAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109958 TGGAAGCAGAGGTA...CAGGTTCACCGACTTGTAGTGGTGGATGAAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919 GATGTGGTCAAGGGAATTGTATCACTGTCTGACATCCTGCAGGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110136 GATGTGGTCAAGGGAATTGTATCACTGTCTGACATCCTGCAGGCCCTGGT

   1050     .    :    .    :    .
    969 GCTCACAGGTGGAGAGAAGAAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||
 110186 GCTCACAGGTGGAGAGAAGAAGCCC