seq1 = pF1KB5403.tfa, 2739 bp
seq2 = pF1KB5403/gi568815582r_28279801.tfa (gi568815582r:28279801_28503618), 223818 bp

>pF1KB5403 2739
>gi568815582r:28279801_28503618 (Chr16)

(complement)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-167  (102015-102080)   100% ->
168-357  (102223-102412)   100% ->
358-483  (102635-102760)   100% ->
484-538  (102950-103004)   100% ->
539-648  (103133-103242)   100% ->
649-776  (103621-103748)   100% ->
777-936  (111477-111639)   98% ->
937-1040  (111764-111867)   100% ->
1041-1182  (112638-112779)   100% ->
1183-1308  (112974-113099)   100% ->
1309-1402  (113235-113328)   100% ->
1403-1593  (114921-115111)   100% ->
1594-1818  (115337-115561)   100% ->
1819-2182  (120138-120501)   100% ->
2183-2342  (122828-122987)   100% ->
2343-2408  (123086-123151)   100% ->
2409-2496  (123240-123327)   100% ->
2497-2659  (123481-123643)   100% ->
2660-2739  (123739-123818)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCGGTTTTTCACCACCGGTTCGGACAGCGAGTCCGAGTCGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCGGTTTTTCACCACCGGTTCGGACAGCGAGTCCGAGTCGTCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCGGGGAGGAGCTCGTCACCAAACCTGTCGGAGGCAACTATGGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCGGGGAGGAGCTCGTCACCAAACCTGTCGGAGGCAACTATGGCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 A         GCCATTGTTGCTGAGCGAGGATGAAGAAGATACCAAGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTG...CAGGCCATTGTTGCTGAGCGAGGATGAAGAAGATACCAAGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTGTCCGCAGTGCCAAGGACAAGAG         GTTTGAGGAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102055 GTTGTCCGCAGTGCCAAGGACAAGAGGTA...CAGGTTTGAGGAGCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAACCTTATCCGGACCATCCGTAATGCCATGAAGATTCGTGATGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102238 CAACCTTATCCGGACCATCCGTAATGCCATGAAGATTCGTGATGTCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTGCCTGGAAGAGTTTGAGCTCCTGGGAAAAGCATATGGGAAGGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102288 AGTGCCTGGAAGAGTTTGAGCTCCTGGGAAAAGCATATGGGAAGGCCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCATTGTGGACAAAGAAGGTGTCCCCCGGTTCTATATCCGCATCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102338 AGCATTGTGGACAAAGAAGGTGTCCCCCGGTTCTATATCCGCATCCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCTAGAGGACTATCTTAATGAG         CTTTGGGAAGATAAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102388 TGACCTAGAGGACTATCTTAATGAGGTG...TAGCTTTGGGAAGATAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGGAAGAAGAAGATGAACAAGAACAATGCCAAGGCTCTGAGCACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 AAGGGAAGAAGAAGATGAACAAGAACAATGCCAAGGCTCTGAGCACCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGTCAGAAGATCCGAAAATACAACCGTGATTTCGAGTCCCATATCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 CGTCAGAAGATCCGAAAATACAACCGTGATTTCGAGTCCCATATCACAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTACAAGCAG         AACCCCGAGCAGTCTGCGGATGAAGATGCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102751 CTACAAGCAGGTG...CAGAACCCCGAGCAGTCTGCGGATGAAGATGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAAAATGAGGAGGATTCAGAAG         GCTCTTCAGATGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102981 AGAAAAATGAGGAGGATTCAGAAGGTG...TAGGCTCTTCAGATGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGATGAGGACGGAGTCAGTGCTGCAACTTTCTTGAAGAAGAAATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103150 GAGGATGAGGACGGAGTCAGTGCTGCAACTTTCTTGAAGAAGAAATCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCTCCTTCTGGGGAGAGTCGCAAGTTCCTCAAAAAGATGGAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103200 AGCTCCTTCTGGGGAGAGTCGCAAGTTCCTCAAAAAGATGGATGTA...A

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   GATGAAGATGAGGACTCAGAAGATTCCGAAGATGATGAAGACTGGGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103619 AGGATGAAGATGAGGACTCAGAAGATTCCGAAGATGATGAAGACTGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACAGGTTCCACATCTTCCGATTCCGACTCAGAGGAGGAAGAAGGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103669 ACAGGTTCCACATCTTCCGATTCCGACTCAGAGGAGGAAGAAGGGAAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AACCGCGCTGGCCTCAAGATTTCTTAAAAA         GGCACCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103719 AACCGCGCTGGCCTCAAGATTTCTTAAAAAGTA...CAGGGCACCCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGATGAGGACAAGAAGGCAGCCGAGAAGAAACGGGAGGACAAAGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111488 CAGATGAGGACAAGAAGGCAGCCGAGAAGAAACGGGAGGACAAAGCTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGAAGCACGACAGGAAATCCAAGCGCCTGGATGAGGAGGAGGAGGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||---
 111538 AAGAAGCACGACAGGAAATCCAAGCGCCTGGATGAGGAGGAGGAGGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    885 CAATGAAGGCGGGGAGTGGGAAAGGGTCCGGGGCGGAGTGCCGTTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111588 CAATGAAGGCGGGGAGTGGGAAAGGGTCCGGGGCGGAGTGCCGTTGGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    935 AG         GAGAAGCCAAAAATGTTTGCCAAGGGAACTGAGATCACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111638 AGGTG...CAGGAGAAGCCAAAAATGTTTGCCAAGGGAACTGAGATCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    976 CATGCTGTTGTTATCAAGAAACTGAATGAGATCCTACAGGCACGAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111803 CATGCTGTTGTTATCAAGAAACTGAATGAGATCCTACAGGCACGAGGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1026 GAAGGGAACTGATCG         TGCTGCCCAGATTGAGCTGCTGCAAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111853 GAAGGGAACTGATCGGTA...TAGTGCTGCCCAGATTGAGCTGCTGCAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067 TGCTGGTTCAGATTGCAGCGGAAAACAACCTGGGAGAGGGCGTCATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112664 TGCTGGTTCAGATTGCAGCGGAAAACAACCTGGGAGAGGGCGTCATTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1117 AAGATCAAGTTCAATATCATCGCCTCTCTCTATGACTACAACCCCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112714 AAGATCAAGTTCAATATCATCGCCTCTCTCTATGACTACAACCCCAACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1167 GGCAACCTACATGAAG         CCAGAGATGTGGGGGAAGTGCCTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112764 GGCAACCTACATGAAGGTG...CAGCCAGAGATGTGGGGGAAGTGCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1208 ACTGCATCAATGAGCTGATGGATATCCTGTTTGCAAATCCCAACATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112999 ACTGCATCAATGAGCTGATGGATATCCTGTTTGCAAATCCCAACATTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1258 GTTGGAGAGAATATTCTGGAAGAGAGTGAGAACCTGCACAACGCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113049 GTTGGAGAGAATATTCTGGAAGAGAGTGAGAACCTGCACAACGCTGACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1308 G         CCACTGCGTGTCCGTGGCTGCATCCTAACTCTGGTGGAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113099 GGTA...CAGCCACTGCGTGTCCGTGGCTGCATCCTAACTCTGGTGGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1349 GAATGGATGAAGAATTTACCAAAATAATGCAAAATACTGACCCTCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113275 GAATGGATGAAGAATTTACCAAAATAATGCAAAATACTGACCCTCACTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1399 CAAG         AGTACGTGGAGCACTTGAAGGATGAGGCCCAGGTGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113325 CAAGGTG...CAGAGTACGTGGAGCACTTGAAGGATGAGGCCCAGGTGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1440 TGCCATCATCGAGCGTGTGCAGCGCTACCTGGAGGAGAAGGGCACTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114958 TGCCATCATCGAGCGTGTGCAGCGCTACCTGGAGGAGAAGGGCACTACCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1490 AGGAGGTCTGCCGCATCTACCTGCTGCGCATCCTGCACACCTACTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115008 AGGAGGTCTGCCGCATCTACCTGCTGCGCATCCTGCACACCTACTACAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1540 TTTGATTACAAGGCCCATCAGCGACAGCTGACCCCGCCTGAGGGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115058 TTTGATTACAAGGCCCATCAGCGACAGCTGACCCCGCCTGAGGGCTCCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1590 AAAG         TCTGAGCAAGACCAGGCAGAAAATGAGGGCGAGGACT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115108 AAAGGTG...CAGTCTGAGCAAGACCAGGCAGAAAATGAGGGCGAGGACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1631 CGGCTGTGTTGATGGAGAGACTGTGCAAGTACATCTACGCCAAGGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115374 CGGCTGTGTTGATGGAGAGACTGTGCAAGTACATCTACGCCAAGGACCGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1681 ACAGACCGGATCCGCACATGTGCCATCCTCTGCCACATCTACCACCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115424 ACAGACCGGATCCGCACATGTGCCATCCTCTGCCACATCTACCACCATGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1731 TCTGCACTCGCGCTGGTACCAGGCCCGCGACCTCATGCTCATGAGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115474 TCTGCACTCGCGCTGGTACCAGGCCCGCGACCTCATGCTCATGAGCCACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1781 TGCAGGACAACATTCAGCATGCAGACCCGCCAGTGCAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115524 TGCAGGACAACATTCAGCATGCAGACCCGCCAGTGCAGGTA...CAGATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1822 CTTTACAACCGCACCATGGTGCAGCTGGGCATCTGTGCCTTCCGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120141 CTTTACAACCGCACCATGGTGCAGCTGGGCATCTGTGCCTTCCGCCAAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1872 CCTGACCAAGGACGCACACAACGCCCTGCTGGACATCCAGTCGAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120191 CCTGACCAAGGACGCACACAACGCCCTGCTGGACATCCAGTCGAGTGGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1922 GAGCCAAGGAGCTTCTGGGCCAGGGCCTGCTGCTGCGCAGCCTGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120241 GAGCCAAGGAGCTTCTGGGCCAGGGCCTGCTGCTGCGCAGCCTGCAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1972 CGCAACCAGGAGCAGGAGAAGGTGGAGCGGCGCCGTCAGGTCCCCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120291 CGCAACCAGGAGCAGGAGAAGGTGGAGCGGCGCCGTCAGGTCCCCTTCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2022 CCTGCACATCAACCTGGAGCTGCTGGAGTGTGTCTACCTGGTGTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120341 CCTGCACATCAACCTGGAGCTGCTGGAGTGTGTCTACCTGGTGTCTGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2072 TGCTCCTGGAGATCCCCTACATGGCCGCCCATGAGAGCGATGCCCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120391 TGCTCCTGGAGATCCCCTACATGGCCGCCCATGAGAGCGATGCCCGCCGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2122 CGCATGATCAGCAAGCAGTTCCACCACCAGCTGCGCGTGGGCGAGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120441 CGCATGATCAGCAAGCAGTTCCACCACCAGCTGCGCGTGGGCGAGCGACA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2172 GCCCCTGCTGG         GTCCCCCTGAGTCCATGCGGGAACATGTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120491 GCCCCTGCTGGGTG...CAGGTCCCCCTGAGTCCATGCGGGAACATGTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2213 TCGCTGCCTCCAAGGCCATGAAGATGGGTGACTGGAAGACCTGTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122858 TCGCTGCCTCCAAGGCCATGAAGATGGGTGACTGGAAGACCTGTCACAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2263 TTTATCATCAATGAGAAGATGAATGGGAAAGTGTGGGACCTTTTCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122908 TTTATCATCAATGAGAAGATGAATGGGAAAGTGTGGGACCTTTTCCCCGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2313 GGCTGACAAAGTCCGCACCATGCTGGTTAG         GAAGATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122958 GGCTGACAAAGTCCGCACCATGCTGGTTAGGTG...CAGGAAGATCCAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2354 AAGAGTCACTGAGGACCTACCTCTTCACCTACAGCAGTGTCTATGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123097 AAGAGTCACTGAGGACCTACCTCTTCACCTACAGCAGTGTCTATGACTCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2404 ATCAG         CATGGAGACGCTGTCAGACATGTTTGAGCTGGATCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123147 ATCAGGTA...CAGCATGGAGACGCTGTCAGACATGTTTGAGCTGGATCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2445 GCCCACTGTGCACTCCATCATCAGCAAAATGATCATTAATGAGGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123276 GCCCACTGTGCACTCCATCATCAGCAAAATGATCATTAATGAGGAGCTGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2495 TG         GCCTCCCTGGACCAGCCAACACAGACAGTGGTGATGCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123326 TGGTA...CAGGCCTCCCTGGACCAGCCAACACAGACAGTGGTGATGCAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2536 CGCACTGAGCCCACTGCCCAGCAGAACCTGGCTCTGCAGCTGGCCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123520 CGCACTGAGCCCACTGCCCAGCAGAACCTGGCTCTGCAGCTGGCCGAGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2586 GCTGGGCAGCCTGGTGGAGAACAACGAACGGGTGTTTGACCACAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123570 GCTGGGCAGCCTGGTGGAGAACAACGAACGGGTGTTTGACCACAAGCAGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2636 GCACCTACGGGGGCTACTTCCGAG         ACCAGAAGGACGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123620 GCACCTACGGGGGCTACTTCCGAGGTG...CAGACCAGAAGGACGGCTAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2677 CGCAAAAACGAGGGCTACATGCGCCGCGGTGGCTACCGCCAGCAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123756 CGCAAAAACGAGGGCTACATGCGCCGCGGTGGCTACCGCCAGCAGCAGTC

   2900     .    :
   2727 TCAGACGGCCTAC
        |||||||||||||
 123806 TCAGACGGCCTAC