seq1 = pF1KB5400.tfa, 1413 bp
seq2 = pF1KB5400/gi568815575f_71190638.tfa (gi568815575f:71190638_71400073), 209436 bp

>pF1KB5400 1413
>gi568815575f:71190638_71400073 (ChrX)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-348  (101142-101335)   100% ->
349-650  (103590-103891)   100% ->
651-746  (105928-106023)   100% ->
747-943  (106214-106410)   100% ->
944-1028  (106740-106824)   100% ->
1029-1131  (107199-107301)   100% ->
1132-1171  (107832-107871)   100% ->
1172-1281  (108070-108179)   100% ->
1282-1413  (109305-109436)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAGTAATAAAACTTTTAACTTGGAGAAGCAAAACCATACTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAGTAATAAAACTTTTAACTTGGAGAAGCAAAACCATACTCCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGCATCATCAACATCACCACCAGCAGCAGCACCACCAGCAGCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAGCATCATCAACATCACCACCAGCAGCAGCACCACCAGCAGCAACAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGCCGCCACCACCGCCAATACCTGCAAATGGGCAACAGGCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGCCGCCACCACCGCCAATACCTGCAAATGGGCAACAGGCCAGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAAA         ATGAAGGCTTGACTATTGACCTGAAGAATTTTAGAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAAAGTG...CAGATGAAGGCTTGACTATTGACCTGAAGAATTTTAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCAGGAGAGAAGACCTTCACCCAACGAAGCCGTCTTTTTGTGGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101179 ACCAGGAGAGAAGACCTTCACCCAACGAAGCCGTCTTTTTGTGGGAAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCCTCCCGACATCACTGAGGAAGAAATGAGGAAACTATTTGAGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101229 TTCCTCCCGACATCACTGAGGAAGAAATGAGGAAACTATTTGAGAAATAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGAAAGGCAGGCGAAGTCTTCATTCATAAGGATAAAGGATTTGGCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101279 GGAAAGGCAGGCGAAGTCTTCATTCATAAGGATAAAGGATTTGGCTTTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCGCTTG         GAAACCCGAACCCTAGCGGAGATTGCCAAAGTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101329 CCGCTTGGTG...TAGGAAACCCGAACCCTAGCGGAGATTGCCAAAGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCTGGACAATATGCCACTCCGTGGAAAGCAGCTGCGTGTGCGCTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103624 AGCTGGACAATATGCCACTCCGTGGAAAGCAGCTGCGTGTGCGCTTTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCCATAGTGCATCCCTTACAGTTCGAAACCTTCCTCAGTATGTGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103674 TGCCATAGTGCATCCCTTACAGTTCGAAACCTTCCTCAGTATGTGTCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGAACTGCTGGAAGAAGCCTTTTCTGTGTTTGGCCAGGTAGAGAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103724 CGAACTGCTGGAAGAAGCCTTTTCTGTGTTTGGCCAGGTAGAGAGGGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAGTCATTGTGGATGATCGAGGAAGGCCCTCAGGAAAAGGCATTGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103774 TAGTCATTGTGGATGATCGAGGAAGGCCCTCAGGAAAAGGCATTGTTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTCTCAGGGAAGCCAGCTGCTCGGAAAGCTCTGGACAGATGCAGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103824 TTCTCAGGGAAGCCAGCTGCTCGGAAAGCTCTGGACAGATGCAGTGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTCCTTCCTGCTAACCAC         ATTTCCTCGTCCTGTGACTGTGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103874 CTCCTTCCTGCTAACCACGTA...CAGATTTCCTCGTCCTGTGACTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGCCCATGGACCAGTTAGATGATGAAGAGGGACTTCCAGAGAAGCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105951 AGCCCATGGACCAGTTAGATGATGAAGAGGGACTTCCAGAGAAGCTGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATAAAAAACCAGCAATTTCACAA         GGAACGAGAGCAGCCACC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106001 ATAAAAAACCAGCAATTTCACAAGTA...TAGGGAACGAGAGCAGCCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAGATTTGCACAGCCTGGCTCCTTTGAGTATGAATATGCCATGCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106232 CAGATTTGCACAGCCTGGCTCCTTTGAGTATGAATATGCCATGCGCTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGCACTCATTGAGATGGAGAAGCAGCAGCAGGACCAAGTGGACCGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106282 AGGCACTCATTGAGATGGAGAAGCAGCAGCAGGACCAAGTGGACCGCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATCAAGGAGGCTCGTGAGAAGCTGGAGATGGAGATGGAAGCTGCACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106332 ATCAAGGAGGCTCGTGAGAAGCTGGAGATGGAGATGGAAGCTGCACGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGAGCACCAGGTCATGCTAATGAGACAGG         ATTTGATGAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106382 TGAGCACCAGGTCATGCTAATGAGACAGGGTG...TAGATTTGATGAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCCAAGAAGAACTTCGGAGGATGGAAGAGCTGCACAACCAAGAGGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106752 GCCAAGAAGAACTTCGGAGGATGGAAGAGCTGCACAACCAAGAGGTGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AAACGAAAGCAACTGGAGCTCAG         GCAGGAGGAAGAGCGCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106802 AAACGAAAGCAACTGGAGCTCAGGTA...TAGGCAGGAGGAAGAGCGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCGCCGTGAAGAAGAGATGCGGCGGCAGCAAGAAGAAATGATGCGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107217 GCGCCGTGAAGAAGAGATGCGGCGGCAGCAAGAAGAAATGATGCGGCGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGCAGGAAGGATTCAAGGGAACCTTCCCTGATGCG         AGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107267 AGCAGGAAGGATTCAAGGGAACCTTCCCTGATGCGGTA...CAGAGAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGGAGATTCGGATGGGTCAGATGGCTATGGGAG         GTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107838 CAGGAGATTCGGATGGGTCAGATGGCTATGGGAGGTA...TAGGTGCTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGGCATAAACAACAGAGGTGCCATGCCCCCTGCTCCTGTGCCAGCTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108077 GGGCATAAACAACAGAGGTGCCATGCCCCCTGCTCCTGTGCCAGCTGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCCCAGCTCCTCCAGGACCTGCCACTATGATGCCGGATGGAACTTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108127 CCCCAGCTCCTCCAGGACCTGCCACTATGATGCCGGATGGAACTTTGGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTG         ACCCCACCAACAACTGAACGCTTTGGTCAGGCTGCTAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108177 TTGGTA...AAGACCCCACCAACAACTGAACGCTTTGGTCAGGCTGCTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AATGGAAGGAATTGGGGCAATTGGTGGAACTCCTCCTGCATTCAACCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109343 AATGGAAGGAATTGGGGCAATTGGTGGAACTCCTCCTGCATTCAACCGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGCTCCTGGAGCTGAATTTGCCCCAAACAAACGTCGCCGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109393 CAGCTCCTGGAGCTGAATTTGCCCCAAACAAACGTCGCCGATAC