seq1 = pF1KB5369.tfa, 1572 bp
seq2 = pF1KB5369/gi568815597f_21454082.tfa (gi568815597f:21454082_21677645), 223564 bp

>pF1KB5369 1572
>gi568815597f:21454082_21677645 (Chr1)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-181  (106545-106664)   100% ->
182-297  (107016-107131)   100% ->
298-472  (109029-109203)   98% ->
473-648  (109960-110135)   100% ->
649-792  (114023-114166)   100% ->
793-862  (116224-116293)   100% ->
863-997  (119584-119718)   100% ->
998-1189  (121652-121843)   100% ->
1190-1309  (122441-122560)   100% ->
1310-1572  (123302-123564)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTTCACCATTCTTAGTACTGGCCATTGGCACCTGCCTTACTAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTTCACCATTCTTAGTACTGGCCATTGGCACCTGCCTTACTAACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTAGTGCCAG         AGAAAGAGAAAGACCCCAAGTACTGGCGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTAGTGCCAGGTA...TAGAGAAAGAGAAAGACCCCAAGTACTGGCGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCAAGCGCAAGAGACACTGAAATATGCCCTGGAGCTTCAGAAGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106575 ACCAAGCGCAAGAGACACTGAAATATGCCCTGGAGCTTCAGAAGCTCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCAACGTGGCTAAGAATGTCATCATGTTCCTGGGAGATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106625 ACCAACGTGGCTAAGAATGTCATCATGTTCCTGGGAGATGGTG...CAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GATGGGTGTCTCCACAGTGACGGCTGCCCGCATCCTCAAGGGTCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107017 GATGGGTGTCTCCACAGTGACGGCTGCCCGCATCCTCAAGGGTCAGCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCACAACCCTGGGGAGGAGACCAGGCTGGAGATGGACAAGTTCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107067 ACCACAACCCTGGGGAGGAGACCAGGCTGGAGATGGACAAGTTCCCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGCCCTCTCCAAG         ACGTACAACACCAATGCCCAGGTCCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107117 GTGGCCCTCTCCAAGGTG...CAGACGTACAACACCAATGCCCAGGTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGACAGCGCCGGCACCGCCACCGCCTACCTGTGTGGGGTGAAGGCCAATG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109055 TGACAGTGCCGGCACCGCCACCGCCTACCTGTGTGGGGTGAAGGCCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGGCACCGTGGGGGTAAGCGCAGCCACTGAGCGTTCCCGGTGCAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109105 AGGGCACCGTGGGGGTAAGCGCAGCCACTGAGCGTTCCCGGTGCAACACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCAGGGGAACGAGGTCACCTCCATCCTGCACTGGGCCAAGGACGCTG 
        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||>
 109155 ACCCAGGGGAACGAGGTCACCTCCATCCTGCGCTGGGCCAAGGACGCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         GGAAATCTGTGGGCATTGTGACCACCACGAGAGTGAACCATG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109205 TG...CAGGGAAATCTGTGGGCATTGTGACCACCACGAGAGTGAACCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCACCCCCAGCGCCGCCTACGCCCACTCGGCTGACCGGGACTGGTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110002 CCACCCCCAGCGCCGCCTACGCCCACTCGGCTGACCGGGACTGGTACTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACAACGAGATGCCCCCTGAGGCCTTGAGCCAGGGCTGTAAGGACATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110052 GACAACGAGATGCCCCCTGAGGCCTTGAGCCAGGGCTGTAAGGACATCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTACCAGCTCATGCATAACATCAGGGACATTGAC         GTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110102 CTACCAGCTCATGCATAACATCAGGGACATTGACGTG...TAGGTGATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGGGGTGGCCGGAAATACATGTACCCCAAGAATAAAACTGATGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114030 TGGGGGGTGGCCGGAAATACATGTACCCCAAGAATAAAACTGATGTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATGAGAGTGACGAGAAAGCCAGGGGCACGAGGCTGGACGGCCTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114080 TATGAGAGTGACGAGAAAGCCAGGGGCACGAGGCTGGACGGCCTGGACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGTTGACACCTGGAAGAGCTTCAAACCGAGATACAAG         CACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114130 CGTTGACACCTGGAAGAGCTTCAAACCGAGATACAAGGTA...TAGCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCCACTTCATCTGGAACCGCACGGAACTCCTGACCCTTGACCCCCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116228 CCCACTTCATCTGGAACCGCACGGAACTCCTGACCCTTGACCCCCACAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGGACTACCTATTGG         GTCTCTTCGAGCCAGGGGACATGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116278 GTGGACTACCTATTGGGTA...CAGGTCTCTTCGAGCCAGGGGACATGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTACGAGCTGAACAGGAACAACGTGACGGACCCGTCACTCTCCGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119609 GTACGAGCTGAACAGGAACAACGTGACGGACCCGTCACTCTCCGAGATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGTGGTGGCCATCCAGATCCTGCGGAAGAACCCCAAAGGCTTCTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119659 TGGTGGTGGCCATCCAGATCCTGCGGAAGAACCCCAAAGGCTTCTTCTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGGTGGAAG         GAGGCAGAATTGACCACGGGCACCATGAAGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 119709 CTGGTGGAAGGTA...AAGGAGGCAGAATTGACCACGGGCACCATGAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AAAAGCCAAGCAGGCCCTGCATGAGGCGGTGGAGATGGACCGGGCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121683 AAAAGCCAAGCAGGCCCTGCATGAGGCGGTGGAGATGGACCGGGCCATCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGCAGGCAGGCAGCTTGACCTCCTCGGAAGACACTCTGACCGTGGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121733 GGCAGGCAGGCAGCTTGACCTCCTCGGAAGACACTCTGACCGTGGTCACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCGGACCATTCCCACGTCTTCACATTTGGTGGATACACCCCCCGTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121783 GCGGACCATTCCCACGTCTTCACATTTGGTGGATACACCCCCCGTGGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTCTATCTTTG         GTCTGGCCCCCATGCTGAGTGACACAGACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 121833 CTCTATCTTTGGTA...CAGGTCTGGCCCCCATGCTGAGTGACACAGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGAAGCCCTTCACTGCCATCCTGTATGGCAATGGGCCTGGCTACAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122471 AGAAGCCCTTCACTGCCATCCTGTATGGCAATGGGCCTGGCTACAAGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGGGCGGTGAACGAGAGAATGTCTCCATGGTGGACTATG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122521 GTGGGCGGTGAACGAGAGAATGTCTCCATGGTGGACTATGGTG...CAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TCACAACAACTACCAGGCGCAGTCTGCTGTGCCCCTGCGCCACGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123303 TCACAACAACTACCAGGCGCAGTCTGCTGTGCCCCTGCGCCACGAGACCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACGGCGGGGAGGACGTGGCCGTCTTCTCCAAGGGCCCCATGGCGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123353 ACGGCGGGGAGGACGTGGCCGTCTTCTCCAAGGGCCCCATGGCGCACCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTGCACGGCGTCCACGAGCAGAACTACGTCCCCCACGTGATGGCGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123403 CTGCACGGCGTCCACGAGCAGAACTACGTCCCCCACGTGATGGCGTATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGCCTGCATCGGGGCCAACCTCGGCCACTGTGCTCCTGCCAGCTCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123453 AGCCTGCATCGGGGCCAACCTCGGCCACTGTGCTCCTGCCAGCTCGGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCAGCCTTGCTGCAGGCCCCCTGCTGCTCGCGCTGGCCCTCTACCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123503 GCAGCCTTGCTGCAGGCCCCCTGCTGCTCGCGCTGGCCCTCTACCCCCTG

   1650     .    :
   1561 AGCGTCCTGTTC
        ||||||||||||
 123553 AGCGTCCTGTTC