seq1 = pF1KB5348.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KB5348/gi568815597r_88882657.tfa (gi568815597r:88882657_89083826), 201170 bp

>pF1KB5348 1170
>gi568815597r:88882657_89083826 (Chr1)

(complement)

1-1170  (100001-101170)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGAAGCAGATCGCCCAGGAAAGCTCTTCATTGGTGGGCTTAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGAAGCAGATCGCCCAGGAAAGCTCTTCATTGGTGGGCTTAATAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAACAAATGAGAAAGCTCTTGAAACAGTATTTGGCAAATATGGACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAACAAATGAGAAAGCTCTTGAAACAGTATTTGGCAAATATGGACGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGTGGAAGTACTCTTGATAAAAGACCGTGAAACCAACAAATCAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGTGGAAGTACTCTTGATAAAAGACCGTGAAACCAACAAATCAAGAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTGCTTTTGTCACCTTTGAAAGCCCAGCAGACGCTAAGGATGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTGCTTTTGTCACCTTTGAAAGCCCAGCAGACGCTAAGGATGCAGCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGACATGAATGGAAAGTCATTAGATGGAAAAGCCATCAAGGTGGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGACATGAATGGAAAGTCATTAGATGGAAAAGCCATCAAGGTGGAACAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACCAAACCATCATTTGAAAGAGGTAGACATGGACCGCCCCCACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCACCAAACCATCATTTGAAAGAGGTAGACATGGACCGCCCCCACCTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGAAGTAGAGGTCCTCCAAGAGGTTTTGGAGCTGGAAGAGGAGGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGAAGTAGAGGTCCTCCAAGAGGTTTTGGAGCTGGAAGAGGAGGAAGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGAACCAGGGGACCTCCTTCACGAGGAGGACACATGGATGATGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGGAACCAGGGGACCTCCTTCACGAGGAGGACACATGGATGATGGTGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATTCCATGAATTTTAACATGAGTTCTTCCAGGGGACCACTCCCAGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATTCCATGAATTTTAACATGAGTTCTTCCAGGGGACCACTCCCAGTAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGAGGACCACCACCAAGAAGTGGGGGTCCTTCTCCTAAGAGATCTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGAGGACCACCACCAAGAAGTGGGGGTCCTTCTCCTAAGAGATCTGCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTCAGGACTAGTTCGCAGCAGCAGTGGAATGGGAGGAAGAGCTCCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTCAGGACTAGTTCGCAGCAGCAGTGGAATGGGAGGAAGAGCTCCTCTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACGTGGAAGAGATAGTTATGGAGGTCCACCTCGAAGGGAACCGCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACGTGGAAGAGATAGTTATGGAGGTCCACCTCGAAGGGAACCGCTCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTCGTAGAGATGTTTATTTGTCCCCAAGAGATGATGGGTATTCTACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCTCGTAGAGATGTTTATTTGTCCCCAAGAGATGATGGGTATTCTACTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGACAGCTATTCAAGCAGAGATTACCCAAGTTCTCGTGATACAAGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGACAGCTATTCAAGCAGAGATTACCCAAGTTCTCGTGATACAAGAGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGCACCACCACCACGAGATTATACTTACCGTGATTATGGTCATTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGCACCACCACCACGAGATTATACTTACCGTGATTATGGTCATTCCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCACGTGATGACTATCCATCAAGAGGCTATGGCGATAGAGATGGATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCACGTGATGACTATCCATCAAGAGGCTATGGCGATAGAGATGGATATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCGTGATCGTGACTATTCAGATCATCCAAGTGGAGGTTCCTACAGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCGTGATCGTGACTATTCAGATCATCCAAGTGGAGGTTCCTACAGAGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CATATGAGAGTTATGGTAACTCACGTAGTGCTCCACTTACACGAGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CATATGAGAGTTATGGTAACTCACGTAGTGCTCCACTTACACGAGGGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCGCCATCTTATGGTGGAAGCAGTCGCTATGATGATTATAGCAGCTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCGCCATCTTATGGTGGAAGCAGTCGCTATGATGATTATAGCAGCTCACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGATGGATATGGTGGAAGTCGAGACAGTTACTCAAGCAGCCGAAGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGATGGATATGGTGGAAGTCGAGACAGTTACTCAAGCAGCCGAAGTGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCTACTCAAGTTGTGACAGGGTTGGCAGACAAGAAAGAGGGCTTCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCTACTCAAGTTGTGACAGGGTTGGCAGACAAGAAAGAGGGCTTCCCCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCTGTAGAAAGGGGGTACCCTTCTTCACGTGATTCCTACAGCAGTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCTGTAGAAAGGGGGTACCCTTCTTCACGTGATTCCTACAGCAGTTCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCGCGGAGCACCAAGAGGTGCTGGCCCTGGAGGAAGCCGATCTGATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCGCGGAGCACCAAGAGGTGCTGGCCCTGGAGGAAGCCGATCTGATAGAG

   1150     .    :    .    :
   1151 GGGGAGGCAGAAGCAGATAC
        ||||||||||||||||||||
 101151 GGGGAGGCAGAAGCAGATAC