seq1 = pF1KB5318.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KB5318/gi568815575r_16745038.tfa (gi568815575r:16745038_16969220), 224183 bp

>pF1KB5318 1275
>gi568815575r:16745038_16969220 (ChrX)

(complement)

1-16  (99168-99183)   100% ->
17-161  (100001-100145)   100% ->
162-307  (106121-106266)   100% ->
308-481  (110372-110545)   100% ->
482-597  (111512-111627)   100% ->
598-758  (115379-115539)   100% ->
759-885  (116346-116472)   100% ->
886-963  (116593-116670)   100% ->
964-1040  (117099-117175)   100% ->
1041-1098  (119920-119977)   100% ->
1099-1209  (123283-123393)   100% ->
1210-1275  (124118-124183)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAGTAAAGAGA         TGTTTGAAGATACTGTGGAGGAGCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  99168 ATGGCGAGTAAAGAGAGTA...CAGTGTTTGAAGATACTGTGGAGGAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTCATCAATGAAGAATATAAAATCTGGAAGAAGAATACACCGTTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 TGTCATCAATGAAGAATATAAAATCTGGAAGAAGAATACACCGTTTCTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGACCTGGTTATGACCCATGCTCTTCAGTGGCCCAGTCTTACCGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100076 ATGACCTGGTTATGACCCATGCTCTTCAGTGGCCCAGTCTTACCGTTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGCTTCCTGAAGTGACTAA         ACCTGAAGGAAAAGATTATGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100126 TGGCTTCCTGAAGTGACTAAGTA...CAGACCTGAAGGAAAAGATTATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTTCATTGGCTAGTGCTGGGGACTCATACGTCTGATGAGCAGAATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106142 CCTTCATTGGCTAGTGCTGGGGACTCATACGTCTGATGAGCAGAATCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTGGTTGCTCGAGTACATATTCCCAATGATGATGCACAGTTTGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106192 TGGTGGTTGCTCGAGTACATATTCCCAATGATGATGCACAGTTTGATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCCATTGTGACAGTGACAAGGGTG         AATTTGGTGGCTTTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106242 TCCCATTGTGACAGTGACAAGGGTGGTA...TAGAATTTGGTGGCTTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCTGTAACAGGAAAAATTGAATGTGAAATTAAAATCAATCACGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110388 TTCTGTAACAGGAAAAATTGAATGTGAAATTAAAATCAATCACGAAGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGTAAACCGTGCTCGTTACATGCCGCAGAATCCTCACATCATTGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110438 AAGTAAACCGTGCTCGTTACATGCCGCAGAATCCTCACATCATTGCTACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAACACCATCTTCTGATGTGTTGGTTTTTGACTATACAAAACACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110488 AAAACACCATCTTCTGATGTGTTGGTTTTTGACTATACAAAACACCCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAAACCAG         ACCCAAGTGGAGAATGTAATCCTGATCTCAGAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110538 TAAACCAGGTA...TAGACCCAAGTGGAGAATGTAATCCTGATCTCAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAAGAGGTCACCAGAAGGAAGGCTATGGTCTCTCCTGGAATTCAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111545 TAAGAGGTCACCAGAAGGAAGGCTATGGTCTCTCCTGGAATTCAAATTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGTGGACATCTCCTAAGTGCATCTGATGACCAT         ACTGTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111595 AGTGGACATCTCCTAAGTGCATCTGATGACCATGTG...TAGACTGTTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCTGTGGGATATAAACGCAGGACCAAAAGAAGGCAAAATTGTGGATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115387 TCTGTGGGATATAAACGCAGGACCAAAAGAAGGCAAAATTGTGGATGCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGCCATCTTTACTGGCCACTCAGCTGTTGTAGAGGATGTGGCCTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115437 AAGCCATCTTTACTGGCCACTCAGCTGTTGTAGAGGATGTGGCCTGGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCTGCACGAGTCATTGTTTGGATCTGTTGCTGATGATCAGAAACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115487 CTGCTGCACGAGTCATTGTTTGGATCTGTTGCTGATGATCAGAAACTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAT         ATGGGACACCAGGTCCAATACCACCTCCAAGCCGAGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115537 GATGTA...TAGATGGGACACCAGGTCCAATACCACCTCCAAGCCGAGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTTGGTGGATGCGCACACTGCCGAAGTCAACTGCCTCTCATTCAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116384 ACTTGGTGGATGCGCACACTGCCGAAGTCAACTGCCTCTCATTCAATCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TACAGCGAATTTATTCTAGCCACCGGCTCTGCGGATAAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 116434 TACAGCGAATTTATTCTAGCCACCGGCTCTGCGGATAAGGTT...TAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGTAGCTTTATGGGATCTGCGTAACTTAAAATTAAAACTCCATACCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116595 CGTAGCTTTATGGGATCTGCGTAACTTAAAATTAAAACTCCATACCTTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AATCTCATAAAGATGAAATTTTCCAG         GTCCACTGGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116645 AATCTCATAAAGATGAAATTTTCCAGGTA...TAGGTCCACTGGTCTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CATAATGAAACTATTCTGGCTTCAAGTGGTACTGACCGCCGCCTGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117114 CATAATGAAACTATTCTGGCTTCAAGTGGTACTGACCGCCGCCTGAATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTGGGATTTAAG         TAAAATTGGGGAAGAACAATCAGCAGAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 117164 GTGGGATTTAAGGTA...CAGTAAAATTGGGGAAGAACAATCAGCAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGCAGAAGATGGGCCTCCAGAACTCCTG         TTTATTCATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119949 ATGCAGAAGATGGGCCTCCAGAACTCCTGGTA...CAGTTTATTCATGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGACACACTGCTAAGATTTCAGATTTTAGCTGGAACCCCAATGAGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123295 GGACACACTGCTAAGATTTCAGATTTTAGCTGGAACCCCAATGAGCCTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGTCATTTGCTCAGTGTCTGAGGATAACATCATGCAGATATGGCAAATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123345 GGTCATTTGCTCAGTGTCTGAGGATAACATCATGCAGATATGGCAAATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210         GCTGAAAATATTTACAATGATGAAGAGTCAGATGTCACGACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123395 TG...CAGGCTGAAAATATTTACAATGATGAAGAGTCAGATGTCACGACA

   1350     .    :    .    :
   1252 TCCGAACTGGAGGGACAAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||
 124160 TCCGAACTGGAGGGACAAGGATCT