seq1 = pF1KB5311.tfa, 1398 bp
seq2 = pF1KB5311/gi568815575r_154679180.tfa (gi568815575r:154679180_154905373), 226194 bp

>pF1KB5311 1398
>gi568815575r:154679180_154905373 (ChrX)

(complement)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-246  (113089-113232)   99% ->
247-325  (113527-113605)   98% ->
326-411  (114306-114391)   100% ->
412-480  (115352-115420)   100% ->
481-677  (118974-119170)   100% ->
678-784  (120217-120323)   100% ->
785-865  (121266-121346)   100% ->
866-946  (121867-121947)   100% ->
947-1149  (123572-123774)   100% ->
1150-1224  (124061-124135)   100% ->
1225-1398  (126021-126194)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCTCAAGGCGAGCGAGGGCGAGAGTGGGGGCAGCATGCACACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCCTCAAGGCGAGCGAGGGCGAGAGTGGGGGCAGCATGCACACGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTCCGACCTCTACCTGGAGCATTTGCTGCAGAAGCGTAGTCGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCTCCGACCTCTACCTGGAGCATTTGCTGCAGAAGCGTAGTCGGCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         GCTGTATCGCATCCATTGAATACTGTGACCGAGGACATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTG...CAGGCTGTATCGCATCCATTGAATACTGTGACCGAGGACATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACACTAACGGGTCTCCTGCCCCAGGTAGCCCTGCCCAGGTCAAGGGACA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113128 TACACCAACGGGTCTCCTGCCCCAGGTAGCCCTGCCCAGGTCAAGGGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGGTGCGGAAAGTGCGACTCATACAGTTTGAGAAGGTCACAGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113178 GGAGGTGCGGAAAGTGCGACTCATACAGTTTGAGAAGGTCACAGAAGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATG         GGAATCACTCTGAAGCTGAATGAAAAACAGTCCTGT
        |||||>>>...>>>|||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 113228 CCATGGTA...CAGGGAATCACGCTGAAGCTGAATGAAAAACAGTCCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGGTGGCCAGAATTCTTCATGGTGGCATGATCCATAGACAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113563 ACGGTGGCCAGAATTCTTCATGGTGGCATGATCCATAGACAAGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   GCTCCCTTCACGTGGGGGATGAGATCCTAGAAATCAATGGCACAAATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114304 AGGCTCCCTTCACGTGGGGGATGAGATCCTAGAAATCAATGGCACAAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACAAATCATTCAGTGGATCAGCTGCAGAAGGCGATG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114354 TGACAAATCATTCAGTGGATCAGCTGCAGAAGGCGATGGTG...TAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAACCAAAGGAATGATCTCATTAAAAGTAATTCCCAACCAGCAAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115355 GAAACCAAAGGAATGATCTCATTAAAAGTAATTCCCAACCAGCAAAGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTTCCTGCACTACAG         ATGTTCATGAGAGCGCAGTTTGACT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115405 TCTTCCTGCACTACAGGTG...TAGATGTTCATGAGAGCGCAGTTTGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGATCCCAAAAAGGACAATCTGATCCCTTGCAAGGAGGCGGGACTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118999 ATGATCCCAAAAAGGACAATCTGATCCCTTGCAAGGAGGCGGGACTGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTGCTACTGGGGACATTATCCAGATTATCAACAAGGATGACAGCAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119049 TTTGCTACTGGGGACATTATCCAGATTATCAACAAGGATGACAGCAATTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTGGCAGGGACGGGTGGAAGGCTCCTCCAAGGAGTCAGCAGGATTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119099 GTGGCAGGGACGGGTGGAAGGCTCCTCCAAGGAGTCAGCAGGATTGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTTCCCCTGAGCTGCAGGAATG         GCGAGTGGCAAGTATGGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 119149 CTTCCCCTGAGCTGCAGGAATGGTG...CAGGCGAGTGGCAAGTATGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGTCAGCTCCTAGCGAAGCCCCGAGCTGCAGTCCCTTTGGGAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120236 CAGTCAGCTCCTAGCGAAGCCCCGAGCTGCAGTCCCTTTGGGAAGAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAGTACAAAGACAAATATCTGGCCAAGCACAGCTCGA         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 120286 GAAGTACAAAGACAAATATCTGGCCAAGCACAGCTCGAGTA...TAGTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGATCAGTTGGATGTTGTTTCCTACGAGGAAGTCGTTCGGCTCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121269 TTGATCAGTTGGATGTTGTTTCCTACGAGGAAGTCGTTCGGCTCCCTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTCAAGAGGAAGACCCTGGTGCTGATCG         GAGCCAGTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121319 TTCAAGAGGAAGACCCTGGTGCTGATCGGTA...CAGGAGCCAGTGGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGGTCGCAGCCACATTAAGAATGCCCTGCTCAGCCAGAATCCGGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121880 GGGTCGCAGCCACATTAAGAATGCCCTGCTCAGCCAGAATCCGGAGAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGTGTACCCTGTCCCAT         ATACAACACGGCCGCCAAGGAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 121930 TTGTGTACCCTGTCCCATGTA...CAGATACAACACGGCCGCCAAGGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGTGAGGAAGATGGGAAGGAGTACCACTTTATCTCAACGGAGGAGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123595 AGTGAGGAAGATGGGAAGGAGTACCACTTTATCTCAACGGAGGAGATGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAGGAACATCTCTGCCAATGAGTTCTTGGAGTTTGGCAGCTACCAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123645 GAGGAACATCTCTGCCAATGAGTTCTTGGAGTTTGGCAGCTACCAAGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACATGTTTGGCACCAAATTTGAAACAGTGCACCAGATCCATAAGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123695 ACATGTTTGGCACCAAATTTGAAACAGTGCACCAGATCCATAAGCAGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGATTGCCATCCTTGACATTGAGCCCCAG         ACCCTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 123745 AAGATTGCCATCCTTGACATTGAGCCCCAGGTG...TAGACCCTGAAAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGTTCGGACAGCAGAACTTTCGCCTTTCATTGTGTTCATTGCACCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124072 TGTTCGGACAGCAGAACTTTCGCCTTTCATTGTGTTCATTGCACCTACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACCAGGGCACTCAG         ACAGAAGCCCTGCAGCAGCTGCAGAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 124122 ACCAGGGCACTCAGGTG...CAGACAGAAGCCCTGCAGCAGCTGCAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GACTCTGAGGCCATCCGCAGCCAGTACGCTCACTACTTTGACCTCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126048 GACTCTGAGGCCATCCGCAGCCAGTACGCTCACTACTTTGACCTCTCACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGTCAATAATGGTGTTGATGAAACCCTTAAGAAATTACAAGAAGCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126098 GGTCAATAATGGTGTTGATGAAACCCTTAAGAAATTACAAGAAGCCTTCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1352 ACCAAGCGTGCAGTTCTCCACAGTGGGTGCCTGTCTCCTGGGTTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126148 ACCAAGCGTGCAGTTCTCCACAGTGGGTGCCTGTCTCCTGGGTTTAC