seq1 = pF1KB5306.tfa, 1938 bp
seq2 = pF1KB5306/gi568815587r_122957737.tfa (gi568815587r:122957737_123161324), 203588 bp

>pF1KB5306 1938
>gi568815587r:122957737_123161324 (Chr11)

(complement)

1-205  (100001-100205)   100% ->
206-411  (100527-100732)   100% ->
412-564  (101057-101209)   100% ->
565-1120  (101297-101852)   100% ->
1121-1323  (102064-102266)   100% ->
1324-1522  (102495-102693)   100% ->
1523-1755  (102841-103073)   100% ->
1756-1938  (103406-103588)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAAGGGACCTGCAGTTGGTATTGATCTTGGCACCACCTACTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAAGGGACCTGCAGTTGGTATTGATCTTGGCACCACCTACTCTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGGGTGTTTTCCAGCACGGAAAAGTCGAGATAATTGCCAATGATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGGGTGTTTTCCAGCACGGAAAAGTCGAGATAATTGCCAATGATCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAACCGAACCACTCCAAGCTATGTCGCCTTTACGGACACTGAACGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAACCGAACCACTCCAAGCTATGTCGCCTTTACGGACACTGAACGGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCGGTGATGCCGCAAAGAATCAAGTTGCAATGAACCCCACCAACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCGGTGATGCCGCAAAGAATCAAGTTGCAATGAACCCCACCAACACAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTG         ATGCCAAACGTCTGATTGGACGCAGATTTGATGATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTTGGTG...CAGATGCCAAACGTCTGATTGGACGCAGATTTGATGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTTGTCCAGTCTGATATGAAACATTGGCCCTTTATGGTGGTGAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100563 CTGTTGTCCAGTCTGATATGAAACATTGGCCCTTTATGGTGGTGAATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGGCAGGCCCAAGGTCCAAGTAGAATACAAGGGAGAGACCAAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100613 GCTGGCAGGCCCAAGGTCCAAGTAGAATACAAGGGAGAGACCAAAAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTATCCAGAGGAGGTGTCTTCTATGGTTCTGACAAAGATGAAGGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100663 CTATCCAGAGGAGGTGTCTTCTATGGTTCTGACAAAGATGAAGGAAATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGAAGCCTACCTTGGGAAG         ACTGTTACCAATGCTGTGGTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100713 CAGAAGCCTACCTTGGGAAGGTG...TAGACTGTTACCAATGCTGTGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAGTGCCAGCTTACTTTAATGACTCTCAGCGTCAGGCTACCAAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101078 ACAGTGCCAGCTTACTTTAATGACTCTCAGCGTCAGGCTACCAAAGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGAACTATTGCTGGTCTCAATGTACTTAGAATTATTAATGAGCCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101128 TGGAACTATTGCTGGTCTCAATGTACTTAGAATTATTAATGAGCCAACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGCTGCTATTGCTTACGGCTTAGACAAAAAG         GTTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101178 CTGCTGCTATTGCTTACGGCTTAGACAAAAAGGTA...CAGGTTGGAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAAGAAACGTGCTCATCTTTGACCTGGGAGGTGGCACTTTTGATGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101306 GAAAGAAACGTGCTCATCTTTGACCTGGGAGGTGGCACTTTTGATGTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AATCCTCACTATTGAGGATGGAATCTTTGAGGTCAAGTCTACAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101356 AATCCTCACTATTGAGGATGGAATCTTTGAGGTCAAGTCTACAGCTGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACACCCACTTGGGTGGAGAAGATTTTGACAACCGAATGGTCAACCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101406 ACACCCACTTGGGTGGAGAAGATTTTGACAACCGAATGGTCAACCATTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATTGCTGAGTTTAAGCGCAAGCATAAGAAGGACATCAGTGAGAACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101456 ATTGCTGAGTTTAAGCGCAAGCATAAGAAGGACATCAGTGAGAACAAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGCTGTAAGACGCCTCCGTACTGCTTGTGAACGTGCTAAGCGTACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101506 AGCTGTAAGACGCCTCCGTACTGCTTGTGAACGTGCTAAGCGTACCCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTTCCAGCACCCAGGCCAGTATTGAGATCGATTCTCTCTATGAAGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101556 CTTCCAGCACCCAGGCCAGTATTGAGATCGATTCTCTCTATGAAGGAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GACTTCTATACCTCCATTACCCGTGCCCGATTTGAAGAACTGAATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101606 GACTTCTATACCTCCATTACCCGTGCCCGATTTGAAGAACTGAATGCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCTGTTCCGTGGCACCCTGGACCCAGTAGAGAAAGCCCTTCGAGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101656 CCTGTTCCGTGGCACCCTGGACCCAGTAGAGAAAGCCCTTCGAGATGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AACTAGACAAGTCACAGATTCATGATATTGTCCTGGTTGGTGGTTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101706 AACTAGACAAGTCACAGATTCATGATATTGTCCTGGTTGGTGGTTCTACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGTATCCCCAAGATTCAGAAGCTTCTCCAAGACTTCTTCAATGGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101756 CGTATCCCCAAGATTCAGAAGCTTCTCCAAGACTTCTTCAATGGAAAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ACTGAATAAGAGCATCAACCCTGATGAAGCTGTTGCTTATGGTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101806 ACTGAATAAGAGCATCAACCCTGATGAAGCTGTTGCTTATGGTGCAGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1121       CTGTCCAGGCAGCCATCTTGTCTGGAGACAAGTCTGAGAATGTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101856 ...TAGCTGTCCAGGCAGCCATCTTGTCTGGAGACAAGTCTGAGAATGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CAAGATTTGCTGCTCTTGGATGTCACTCCTCTTTCCCTTGGTATTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102108 CAAGATTTGCTGCTCTTGGATGTCACTCCTCTTTCCCTTGGTATTGAAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGCTGGTGGAGTCATGACTGTCCTCATCAAGCGTAATACCACCATTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102158 TGCTGGTGGAGTCATGACTGTCCTCATCAAGCGTAATACCACCATTCCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CCAAGCAGACACAGACCTTCACTACCTATTCTGACAACCAGCCTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102208 CCAAGCAGACACAGACCTTCACTACCTATTCTGACAACCAGCCTGGTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CTTATTCAG         GTTTATGAAGGCGAGCGTGCCATGACAAAGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102258 CTTATTCAGGTA...AAGGTTTATGAAGGCGAGCGTGCCATGACAAAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TAACAACCTGCTTGGCAAGTTTGAACTCACAGGCATACCTCCTGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102527 TAACAACCTGCTTGGCAAGTTTGAACTCACAGGCATACCTCCTGCACCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GAGGTGTTCCTCAGATTGAAGTCACTTTTGACATTGATGCCAATGGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102577 GAGGTGTTCCTCAGATTGAAGTCACTTTTGACATTGATGCCAATGGTATA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CTCAATGTCTCTGCTGTGGACAAGAGTACGGGAAAAGAGAACAAGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102627 CTCAATGTCTCTGCTGTGGACAAGAGTACGGGAAAAGAGAACAAGATTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 TATCACTAATGACAAGG         GCCGTTTGAGCAAGGAAGACATTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102677 TATCACTAATGACAAGGGTA...TAGGCCGTTTGAGCAAGGAAGACATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AACGTATGGTCCAGGAAGCTGAGAAGTACAAAGCTGAAGATGAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102865 AACGTATGGTCCAGGAAGCTGAGAAGTACAAAGCTGAAGATGAGAAGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AGGGACAAGGTGTCATCCAAGAATTCACTTGAGTCCTATGCCTTCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102915 AGGGACAAGGTGTCATCCAAGAATTCACTTGAGTCCTATGCCTTCAACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GAAAGCAACTGTTGAAGATGAGAAACTTCAAGGCAAGATTAACGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102965 GAAAGCAACTGTTGAAGATGAGAAACTTCAAGGCAAGATTAACGATGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 ACAAACAGAAGATTCTGGACAAGTGTAATGAAATTATCAACTGGCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103015 ACAAACAGAAGATTCTGGACAAGTGTAATGAAATTATCAACTGGCTTGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 AAGAATCAG         ACTGCTGAGAAGGAAGAATTTGAACATCAACA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103065 AAGAATCAGGTT...CAGACTGCTGAGAAGGAAGAATTTGAACATCAACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GAAAGAGCTGGAGAAAGTTTGCAACCCCATCATCACCAAGCTGTACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103438 GAAAGAGCTGGAGAAAGTTTGCAACCCCATCATCACCAAGCTGTACCAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 GTGCAGGAGGCATGCCAGGAGGAATGCCTGGGGGATTTCCTGGTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103488 GTGCAGGAGGCATGCCAGGAGGAATGCCTGGGGGATTTCCTGGTGGTGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 GCTCCTCCCTCTGGTGGTGCTTCCTCAGGGCCCACCATTGAAGAGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103538 GCTCCTCCCTCTGGTGGTGCTTCCTCAGGGCCCACCATTGAAGAGGTTGA

   2000 
   1938 T
        |
 103588 T