seq1 = pF1KB5300.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KB5300/gi568815575f_78004341.tfa (gi568815575f:78004341_78225827), 221487 bp

>pF1KB5300 1251
>gi568815575f:78004341_78225827 (ChrX)

1-65  (100001-100065)   100% ->
66-116  (105527-105577)   100% ->
117-272  (109404-109559)   100% ->
273-417  (109676-109820)   100% ->
418-521  (112972-113075)   100% ->
522-641  (113711-113830)   100% ->
642-756  (118495-118609)   100% ->
757-936  (118855-119034)   100% ->
937-1114  (120534-120711)   100% ->
1115-1213  (120987-121085)   100% ->
1214-1251  (121450-121487)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCTTTCTAACAAGCTGACGCTGGACAAGCTGGACGTTAAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCTTTCTAACAAGCTGACGCTGGACAAGCTGGACGTTAAAGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGTCGTTATGAG         AGTCGACTTCAATGTTCCTATGAAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGGTCGTTATGAGGTA...TAGAGTCGACTTCAATGTTCCTATGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAACCAGATAACAAACAACCAGAG         GATTAAGGCTGCTGTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105553 ACAACCAGATAACAAACAACCAGAGGTA...CAGGATTAAGGCTGCTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCAAGCATCAAATTCTGCTTGGACAATGGAGCCAAGTCGGTAGTCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109420 CCAAGCATCAAATTCTGCTTGGACAATGGAGCCAAGTCGGTAGTCCTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAGCCACCTAGGCCGGCCTGATGGTGTGCCCATGCCTGACAAGTACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109470 GAGCCACCTAGGCCGGCCTGATGGTGTGCCCATGCCTGACAAGTACTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGAGCCAGTTGCTGTAGAACTCAAATCTCTGCTGGGCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109520 TAGAGCCAGTTGCTGTAGAACTCAAATCTCTGCTGGGCAAGTA...CAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGTTCTGTTCTTGAAGGACTGTGTAGGCCCAGAAGTGGAGAAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109677 GATGTTCTGTTCTTGAAGGACTGTGTAGGCCCAGAAGTGGAGAAAGCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCCAACCCAGCTGCTGGGTCTGTCATCCTGCTGGAGAACCTCCGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109727 TGCCAACCCAGCTGCTGGGTCTGTCATCCTGCTGGAGAACCTCCGCTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGTGGAGGAAGAAGGGAAGGGAAAAGATGCTTCTGGGAACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109777 ATGTGGAGGAAGAAGGGAAGGGAAAAGATGCTTCTGGGAACAAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418    GTTAAAGCCGAGCCAGCCAAAATAGAAGCTTTCCGAGCTTCACTTTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112969 TAGGTTAAAGCCGAGCCAGCCAAAATAGAAGCTTTCCGAGCTTCACTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAGCTAGGGGATGTCTATGTCAATGATGCTTTTGGCACTGCTCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113019 CAAGCTAGGGGATGTCTATGTCAATGATGCTTTTGGCACTGCTCACAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCACAG         CTCCATGGTAGGAGTCAATCTGCCACAGAAGGCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113069 CCCACAGGTA...TAGCTCCATGGTAGGAGTCAATCTGCCACAGAAGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGTGGGTTTTTGATGAAGAAGGAGCTGAACTACTTTGCAAAGGCCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113745 GGTGGGTTTTTGATGAAGAAGGAGCTGAACTACTTTGCAAAGGCCTTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAGCCCAGAGCGACCCTTCCTGGCCATCCTGGGCGG         AGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113795 GAGCCCAGAGCGACCCTTCCTGGCCATCCTGGGCGGGTA...TAGAGCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGTTGCAGACAAGATCCAGCTCATCAATAATATGCTGGACAAAGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118500 AAGTTGCAGACAAGATCCAGCTCATCAATAATATGCTGGACAAAGTCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGATGATTATTGGTGGTGGAATGGCTTTTACCTTCCTTAAGGTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118550 GAGATGATTATTGGTGGTGGAATGGCTTTTACCTTCCTTAAGGTGCTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAACATGGAG         ATTGGCACTTCTCTGTTTGATGAAGAGGGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118600 CAACATGGAGGTA...TAGATTGGCACTTCTCTGTTTGATGAAGAGGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCAAGATTGTCAAAGACCTAATGTCCAAAGCTGAGAAGAATGGTGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118886 CCAAGATTGTCAAAGACCTAATGTCCAAAGCTGAGAAGAATGGTGTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATTACCTTGCCTGTTGACTTTGTCACTGCTGACAAGTTTGATGAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118936 ATTACCTTGCCTGTTGACTTTGTCACTGCTGACAAGTTTGATGAGAATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAGACTGGCCAAGCCACTGTGGCTTCTGGCATACCTGCTGGCTGGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 118986 CAAGACTGGCCAAGCCACTGTGGCTTCTGGCATACCTGCTGGCTGGATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937         GGCTTGGACTGTGGTCCTGAAAGCAGCAAGAAGTATGCTGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119036 TG...CAGGGCTTGGACTGTGGTCCTGAAAGCAGCAAGAAGTATGCTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCTGTCACTCGGGCTAAGCAGATTGTGTGGAATGGTCCTGTGGGGGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120576 GCTGTCACTCGGGCTAAGCAGATTGTGTGGAATGGTCCTGTGGGGGTATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAATGGGAAGCTTTTGCCCGGGGAACCAAAGCTCTCATGGATGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120626 TGAATGGGAAGCTTTTGCCCGGGGAACCAAAGCTCTCATGGATGAGGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAAAGCCACTTCTAGGGGCTGCATCACCATCATAG         GTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120676 TGAAAGCCACTTCTAGGGGCTGCATCACCATCATAGGTA...CAGGTGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGAGACACTGCCACTTGCTGTGCCAAATGGAACACGGAGGATAAAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120992 GGAGACACTGCCACTTGCTGTGCCAAATGGAACACGGAGGATAAAGTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCATGTGAGCACTGGGGGTGGTGCCAGTTTGGAGCTCCTGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 121042 CCATGTGAGCACTGGGGGTGGTGCCAGTTTGGAGCTCCTGGAAGGTG...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1214    GTAAAGTCCTTCCTGGGGTGGATGCTCTCAGCAATATT
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121447 CAGGTAAAGTCCTTCCTGGGGTGGATGCTCTCAGCAATATT